در این میان، امام محمد باقر (ع)، جدای از آنکه هر دو وجه آنچه را که گفته شد دارا بودند، صبغه علمی‌ای در سیره و روش ایشان نهفته بود که از جهات گوناگونی قابل اشاره و بحث است.تلفیق «بینش علمی» با «مبارزه سیاسی مستمر» در سیره این امام همام، نشانگر وجود یک قانون بنیادین در تفکر شیعی است.
در تفکر شیعی پراگماتیزم کورکورانه و صلاح‌اندیشانه همان قدر مذموم است که علم منفک شده از ساحت عمل ناپسند می‌نماید. فی‌الواقع در تفکر آل‌بیت رسول‌الله (ص)، آنکه از علمش انتفاع برای خلق حادث نشود و آنکه عملش عاری از گستره تفکر استعلایی و حق‌محور باشد هرگز شایستگی متصف شدن به عنوان «مومن» را ندارد.
در روش و منش امام باقر (ع) نیز همین امر نهفته است، از علم ایشان خلق متنعم می‌شد و عملشان نیز مابه ازای عینی همان علم بود. اینچنین بود که مبارزه سیاسی اهل بیت(ع) و شخص امام باقر(ع) تلفیقی از «علم و عمل» بود که کمتر در مبارزات عاری از تفکرات دینی دیده شده است.
تفکرات غیردینی که منشاء مبارزه سیاسی شدند، کمتر در ساحت عمل دست‌نخورده باقی ماندند و اسیر در اقتضائات تاریخی- اجتماعی، گاه عمل منبعث شده از آنان، در تباین تام با منبع نظری‌ای بود که به عنوان راهنما و منشور شناخته می‌شد.اما آنچه که امام باقر (ع) به ما می‌آموزد همانا، لحاظ علم در پراتیک سیاسی و منفصل نبودن آن از علم است.
بلاتردید، آن علمی که امام باقر (ع) مبلغ و شارح آن بود، هنگامی که در حیطه عمل خود را نشان داد، به خوبی «ذات دین» را آشکار می‌ساخت. ذاتی که متضمن اصل گرفتن «حق» و نه مصلحت‌سنجی شبهه‌ناک و حتی خود را به ورطه مهلکه در انداختن است و مبارزه سیاسی‌ای را سامان می‌بخشد که «حق» مستتر در آن، قابلیت اثبات شدن با «علم قدسی» را دارد.
این حق طلبی برآمده از حقانیت آن علم قدسی است که فارغ از «شرالامور حادثاتها» را «الخیر فی‌ما وقع»، «حق» را بنیاد ارزشگذاری دینی، اجتماعی و سیاسی می‌سازد که وجه ممیزه تفکر اسلامی اصیل و شیعی از هر سنخ جهت‌گیری غیراستعلایی و مصلحت‌محور است. مفهوم «حق» با «علم قدسی» تئوریزه می‌شود و با عمل برآمده از آن اثبات می‌شود تا «جاء‌الحق و زهق‌الباطل».