در دوران امام هادی (ع) که اوج اقتدار عباسیان بود، ظلم و فشار بیش از اندازه‌ای بر شیعیان بود، لذا موقعیت اجرایی این امام همام متفاوت از سایر ائمه است. با اینکه فضای فکری و عقیدتی جامعه در زمان امام علی‌النقی (ع) با حضور شاگردان امام باقر و امام صادق(ع) تا حدودی تثبیت شده بود، اما فضای سیاسی این دوران برای شیعیان بسیار ملتهب و مضطرب بود.
متوکل در برابر امام هادی (ع) همان خصلتی را که مامون عباسی در برابر امام رضا و امام جواد علیهما‌السلام در پیش گرفته بود، اتخاذ کرده بود. متوکل بسیار عرصه را بر امام دهم تنگ کرده بود و تمام کارهای امام به وسیله جاسوسان گزارش داده می‌شد و امام‌هادی(ع) ناگزیر بودند که خودشان را در روزهای دوشنبه و پنجشنبه هر هفته به دربار متوکل برسانند. ایجاد آمادگی فکری شیعه برای ورود به عصر غیبت -به‌طوری که روایات فراوانی در مورد غیبت و بشارت ولادت امام‌زمان(عج) از امام‌هادی(ع) نقل شده است- همچنین ارجاع شیعیان به وکیلان و تایید برخی از کتاب‌های فقهی و اصول روایی که در سایه آن مردم به نوعی ارتباط با امام را یاد می‌گرفتند، از جمله فعالیت‌های مهم امام به‌شمار می‌آیند.
بدین طریق مردم متوجه شدند که بایدبیشتر به علما و بزرگان دینی مراجعه کنند؛ چرا که امام هادی (ع) با توجه به فشارهایی که از طرف عباسیان وارد می‌شد، ارتباط خود را با شیعیان به حداقل رساندند. امام هادی(ع) می‌خواست اوضاع را به‌گونه‌ای مدیریت کند که تمرینی برای شیعیان باشد تا در دوران غیبت بلاتکلیف نمانند و در آن دوران به علمای دینی مراجعه کنند.
حفظ شیعیان و نگهداری از آنان دغدغه اصلی امام‌هادی(ع) بود. با این دغدغه امام‌هادی(ع)، موجب شد2 زیارت‌نامه «غدیریه» و «زیارت جامعه کبیره» از طرف ایشان در اختیار شیعه قرار گیرد، یعنی امام‌علی‌النقی(ع) استراتژی‌ای را طرح‌ریزی کردند که به‌واسطه آن در دوران غیبت، شیعیان راه خود را پیدا کنند.
تقویت و حمایت از نیروهای انقلابی از دیگر اقدامات امام‌هادی(ع) است. این امام همام با حمایت خود سعی داشتند نیروهای انقلابی، پویا، با‌نشاط و مجهزی در صحنه حضور داشته باشند که در عین حال به امام پایبند و وفادار بوده و جلوی زور و ستم هم بایستند. البته در این حین امام بر تقیه شیعیان تاکید بسزایی داشتند.
با توجه به تشکیل سازمان وکالت- و به تعبیر بعضی از مورخین عرب گروه مخفی و سری- که از زمان امام صادق(ع) پایه‌گذاری شده بود، امام‌دهم(ع) با گسترش نهاد وکالت زمینه را برای ورود شیعه به دوران جدید مهیا ساختند.تبیین نزدیکی ولادت امام مهدی (عج) و روایات بسیار در رابطه با حضرت ولی‌عصر ارواحناه فداه از سوی این امام همام انجام شده است، به‌طوری که در کتاب «کمال‌الدین و تمام النعمه» جلد دوم صفحه 383 از امام هادی (ع) آمده است: «همانا امام پس از من، فرزندم، حسن و پس از او، فرزندش‌مهدی است که زمین را از قسط و عدل پر خواهد کرد و همانگونه که از ظلم و جور پر شده است».
همچنین هنگامی که عبدالعظیم حسنی رضوان‌الله تعالی علیه نزد امام‌علی‌النقی (ع) حاضربود، امام نسبت به معرفی جانشینان بعد از خود مطالبی را بیان کردند که نشان از دغدغه امام هادی (ع) نسبت به شیعیان عصر غیبت دارد.