قم پس از آنکه پذیرای خواهر امام هشتم شد و بعد از آنکه حضرت‌معصومه(س) در این شهر وفات یافت، چهر‌ه‌ای جدید پیدا کرد؛ از آنجا که خیلی از مردم به‌تدریج خانه‌های خود را در نزدیکی مزار آن بانوی یگانه، بنا کردند با همت علمای دینی کم‌کم شهر به محلی برای تحصیل علوم اسلامی تبدیل شد. قم تا اواخر قرن دوم هجری تابع اصفهان بود و حاکم مستقلی نداشت و در زمان هارون‌الرشید از اصفهان جدا شد. در زمان خلفای عباسی که اهل‌بیت(ع) مورد ظلم قرار می‌گرفتند بسیاری از سادات به قم پناه آوردند و از این تاریخ قم مرکز شیعیان شد. این شهر در تاریخ خود از فتنه‌های مغول و تیمور آسیب‌های سخت دید و در زمان صفویه رو به آبادی گذاشت. در حمله افاغنه نیز بار دیگر ویران شد اما دوباره سر برداشت و از عهد قاجاریه تاکنون رونق آن روزبه‌روز رو‌به‌افزایش است. به‌هرحال اکنون قم به‌خاطر جایگاه حرم حضرت معصومه(س)، مسجد مقدس جمکران و حوزه گرانقدر علمیه در بین شهرهای ایران شهرت بسیار پیدا کرده است. البته به غیر از خواهر گرامی امام رضا(ع)، دیگر امامزادگانی از فرزندان و نوادگان امام موسی کاظم(ع) و امام‌رضا(ع) به گواه منابع محلی و منابع موجود در اداره کل میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری این استان در قم زندگی کرده و پس از فوت در این شهر دفن شده‌اند.
حضرت معصومه(س)
حضرت معصومه(س) خیلی طاقت نیاورد که دوری برادر را تحمل کند و یک‌سال پس از هجرت امام‌رضا(ع) همراه جمعی از برادران و برادرزادگان عازم خراسان شد. این سفر برای خواهر معنی و هدف دیگری هم داشت؛ انتقال پیام مظلومیت و غربت برادر به مردم مؤمن و مسلمان و مخالفت اهل‌بیت(ع) با حکومت بنی‌عباس. بدین جهت تا کاروان حضرت به شهر ساوه رسید عده‌ای از مخالفان اهل‌بیت که از پشتیبانی مأموران حکومت برخوردار بودند، راه را بستند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند. در نتیجه تقریبا همه مردان کاروان به شهادت رسیدند، حتی بنابر نقلی حضرت‌معصومه(س) را نیز مسموم کردند.
به هر حال یا بر اثر اندوه و غم زیاد از این ماتم یا بر اثر مسمومیت از زهر جفا، حضرت فاطمه‌معصومه(س) بیمار شدند و چون دیگر امکان ادامه راه به طرف خراسان نبود به سمت قم (مرکز شیعیان) تغییر مسیر دادند. بزرگان شهر قم وقتی از این خبر مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند و حدودا در روز ٢٣ربیع‌الاول سال٢٠١ هجری‌قمری حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلی که امروز «میدان میر» نامیده می‌شود شتر آن حضرت جلوی در منزل «موسیبنخزرج» از بزرگان خاندان اشعری زانو زد و بدین‌ترتیب در این شهر و این محل ساکن شد. آن بزرگوار به‌مدت ١٧روز در قم زندگی کرد و در این مدت مشغول عبادت و راز‌ونیاز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در محلی که امروز به نام «بیت‌النور» معروف است، محل زیارت ارادتمندان آن حضرت است. سرانجام در روز دهم ربیع‌الثانی و بنا بر قولی دوازدهم ربیع‌الثانی سال٢٠١ هجری پیش از آنکه دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت دیده از جهان فروبست. مردم قم با تجلیل فراوان پیکر پاکش را به سوی محل فعلی که در آن روز بیرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع کردند. پس از دفن حضرت‌معصومه(س) موسیبنخزرج سایبانی از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا اینکه زینب فرزند امام جواد(ع) به سال٢٥٦ هجری‌قمری نخستین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد.
تاریخ حرم مطهر
در سال605 هجری‌قمری یکی از بزرگ‌ترین استادان کاشی‌ساز آن زمان به نام «محمدبن‌ابی طاهر کاشی قمی» به کاشیکاری مرقد مشغول شد. طبق منابع تاریخی کار وی هشت سال به طول انجامید. البته پس از انقلاب اسلامی نیز مرقد مطهر به شکل جدید که آمیخته‌ای از کاشی و سنگ است تجدید بنا شده و همچنین دیواره‌های داخلی با سنگ مرمر سبز آراسته شد. در سال965 هجری شاه طهماسب‌صفوی، در چهار طرف مرقد ضریحی آجری آراسته به کاشی‌های هفت‌رنگ و کتیبه‌های معرق بنا کرد و در اطراف آن منافذی باز بود تا هم مرقد دیده شود و هم زائران نذورات خود را داخل ضریح بریزند. در سال1230هجری‌قمری فتحعلی‌شاه همان ضریح را نقره‌پوش کرد که این ضریح به مرور زمان فرسوده شد و در سال1280 ضریحی که از نقره ضریح سابق و نقره‌های موجود در خزانه ساخته شده بود به جای آن نصب شد. این ضریح چندین مرتبه تجدید بنا و اصلاح شد و سال‌های متمادی روی مرقد حضرت باقی بود تا اینکه در سال1368 هجری شمسی به دستور تولیت آن زمان شکل ضریح را تغییر دادند و ضریحی را با ظرایف و شاهکارهای هنری ویژه به جای آن نصب کردند که آن ضریح همچنان بر فراز تربت حضرت برقرار است و در اسفند‌ماه1380 تمام قسمت‌های ضریح از بهترین نوع نقره اندود شده و چوب‌های زیر آن اعم از ستون ، پایه و. . . به‌دست استادکاران اصفهانی ساخته و قلمزنی شد. گفتنی است نخستین گنبدی که «پس از سایبان حصیری موسیبنخزرج» بر فراز تربت پاک فاطمه معصومه(س) بنا شد، قبه‌ای برجی شکل بود که به همت حضرت زینب دختر امام جواد(ع) از مصالح آجر، سنگ و گچ در اواسط قرن سوم هجری ساخته شد. به مرور زمان و پس از دفن بعضی از بانوان علوی در جوار فاطمه معصومه(س) دو گنبد دیگر در کنار گنبد اول ساخته شد. این سه گنبد تا سال 447هجری برقرار بودند تا اینکه در همان سال «میرابوالفضل عراقی» (وزیر طغرل‌کبیر) به تشویق شیخ طوسی(ره) به جای آن سه گنبد، گنبد مرتفعی آراسته به نقش‌های رنگ آمیزی و تزیینات آجری و کاشی بدون ایوان و حجره بنا نهاد که تمام قبور سادات و آن بانوان را فرا می‌گرفت. در سال925 هجری‌قمری همین گنبد به همت «شاه بیگی‌بیگم» دختر شاه‌اسماعیل تجدیدبنا و سطح خارجی گنبد با کاشی‌های معرق آراسته شد. در سال1380 به‌علت تخریب ظاهر و جهت جلوگیری از وارد شدن صدمات دیگر به ساختمان گنبد به همت تولیت آستانه مقدسه اقدام به بازسازی و تعمیرات اساسی گنبد حرم مطهر شد.
امامزاده هادی(ع)
در کنار جاده جمیزقان- قاهان در دامنه کوه بقعه‌ای به نام امامزاده هادی(ع) مشهور به شاهزاده هادی(ع) قرار دارد. بنای این زیارتگاه از 800سال پیش مانده است.
امامزاده شاهزاده اسحاق
ظاهراً نسب شریف او از این قرار است: اسحاق بن موسی بن اسحاق بن‌ابراهیم بن موسی بن ابراهیم بن موسی‌بن‌جعفر(ع) و بقعه او در زمین‌های قنات آب بالای قریه میم واقع است. مرحوم میرزای فیض می‌گوید: «در سال1280 مرد متدینی از اهل آن قریه، شیخ کاظم‌نام، مذاکره کرد که این مکان محل دفن امامزاده است. اهالی آن قریه حرف او را مطابق واقع نمی‌دانستند و با او همراهی نکردند. بالاخره گفت خوابی دیده‌ام که مأمور حفر این مکان شده‌ام. در این بین سیدعبدالعلی نایینی کتابی داشت در حالات امامزاده‌ها. به آن مکان آمد و آن مکان را گفت محل قبر امامزاده است. چند نفر را با خود همدست کرده آن زمین را بکاویدند. چون سه ذرع حفر کردند، یک نفر از آن مردم کلنگ را به زمین زد سوراخی پدیدار شد. چون بدان سوراخ نظر کردند جسد میتی را دیدند که سر کلنگ به‌صورت آن میت خورده به طرزی که صورت او را مجروح کرده بود و اعضای آن جسد به هیچ وجه عیب نکرده بود؛ حتی کفن او. اهالی آن قریه چون جسد آن امامزاده را ملاحظه نمودند آن مکان را عمارت نموده و بر سر مزار او بقعه بساختند».
شش امامزاده قمرود
مقبره این شش امامزاده تنها زیارتگاه شاخص و برجسته دهستان قمرود است که به سبکی ساده و با ویژگی‌های معماری بومی منطقه در سال1331هـ.ق (عصر ناصری) به همت مهندس الممالک غفاری بنا شده است. در این بقعه چنانچه از نام آن برمی‌آید، شش تن که همه از نوادگان امام موسی کاظم(ع) هستند، مدفونند. ویژگی شاخص بنا، کاشی‌های هفت‌رنگ عصر قاجاریه و کتیبه‌های کاشیکاری بر فراز قسمت ورودی بناست.