او با همراهی هوشنگ ظریف، ارسلان کامکار و فردین خلعتبری در جایگاه شورای فنی ارکستر ملی قرار داشتند. عضو سابق شورای فنی ارکستر ملی درباره وضعیت ارکستر ملی گفت: قطعا چرایی این مسئله را باید از مسئولان بپرسید نه از من؛ چون من و دیگرانی که از آنها نام بردید آمدیم که بمانیم اما نشد یا به‌عبارت بهتر نگذاشتند که بمانیم، البته ما برای همیشه خواهیم ماند. شاید تلخ‌ترین حرف‌های آهنگساز قطعه نینوا به عدم‌مدیریت برمی‌گردد: «به گواه تاریخ به‌خصوص در این سی و چند سال هیچ‌گاه هیچ پدیده فرهنگی عمر درازمدت نداشته است و نمی‌توان برای هیچ موضوع فرهنگی برنامه‌ای چندین ساله درنظر گرفت و آن را اجرایی کرد.»
سال 1388اجرای کنسرت ارکستر ملی به تعویق افتاد و پس از آن، خبر استعفای فرهاد فخرالدینی رهبر ارکستر ملی به گوش رسید؛ خبری که سریعاً توسط روابط عمومی دفتر موسیقی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی تکذیب شد. این تکذیب از سوی فخرالدینی با سکوت همراه بود تا اینکه اواخر آذر‌ماه سال 1389طی نشستی اعلام شد که بردیا کیارس جایگزین فرهاد فخرالدینی شده‌است. در همان نشست اعلام شد که حسین علیزاده و هوشنگ ظریف در شورای فنی ارکستر ملی سابق حضور داشته اند؛ حضوری که بعد از گذشت مدتی کمرنگ و ناپدید شد. همان زمان این موضوع این سؤال را ایجاد کرد که چه تضمینی وجود دارد که شورای فنی ارکستر ملی دوباره متلاشی نشود خصوصا که در آن زمان دفتر موسیقی با حضور سرپرست اداره می‌شد و این نگرانی وجود داشت که با آمدن مدیرکل دفتر موسیقی این اساسنامه قدرت اجرایی خود را از دست بدهد یا کمرنگ شود.
در همان نشست علی ترابی که به‌عنوان سرپرست در دفتر موسیقی فعالیت می‌کرد اعلام کرد که اساسنامه‌ای که به تصویب رسیده در سطوح بالاتر از دفتر موسیقی و زیرنظر معاونت هنری مورد تأیید است، لذا هیچ رفت‌وآمد و تغییری در ترکیب مدیریت دفتر موسیقی نمی‌تواند خدشه‌ای به‌فعالیت‌های این شورا و همچنین ارکستر ملی وارد کند. یکی از مهم‌ترین وظایف رئیس دفتر موسیقی در این مسیر حمایت از این شوراست. هرچند ترابی اعلام کرده بود که اساسنامه زیرنظر معاونت هنری تأیید شده اما حمید شاه‌آبادی در مقام معاون هنری بدون درنظر گرفتن اساسنامه در آبان‌ماه امسال اعلام کرد که مؤسسه ارکسترهای ایرانی برای سر وسامان دادن به وضعیت ارکسترهای ایران تشکیل شده است؛ همان مؤسسه‌ای که علیزاده به‌عنوان عضو شورای فنی ارکستر ملی از تشکیل آن بی‌اطلاع است: «من شخصا این مؤسسه و مدیر این مؤسسه را نمی‌شناسم و مسئله من فرد نیست. به اعتقاد من مشکل اصلی گزینش است به این معنا که مسئولان به این نقطه‌نظر مشترک رسیده‌اند که هم در هنر موسیقی و هم در هنرهای دیگر باید به تولید اهداف خود بپردازند. در واقع در حال حاضر اینگونه اندیشه می‌شود که بودجه و امکانات را باید صرف افرادی کرد که سلیقه شخصی مسئولان را پیش می‌برند. در واقع فقط فرمان‌بردار هستند نه خلاق.»
مسئولان هنری از حضور این هنرمندان در جایگاه شورای فنی ارکستر همواره به نیکی یاد می‌کردند و حضور این افراد را پشتوانه محکمی برای رشد این ارکستر می‌دانستند اما جالب اینجاست که برای این تغییرات با هیچ کدام از این هنرمندان پیشکسوت مشورت نکرده‌اند.
علیزاده در این‌باره گفت: « وقتی تصمیم به تغییر در سیستم اداره ارکستر گرفته شد با هیچ‌یک از اعضای ارکستر مشورت نکردند این در حالی است که افتخار من این بود که یک عده جوان که با شوق کار می‌کردند را به‌کار گرفتیم و در مدت زمان کوتاه کنسرت‌های خوبی را نیز اجرا کردیم. ما می‌توانستیم استعدادهای خوبی را کشف کنیم اما متأسفانه به این کشف استعداد بها داده نشد. به‌نظر من اهمیت دادن واقعی به ارکستر زمانی رخ داد که مردم ایستادند و تشویق کردند.»
علیزاده که تعطیلی ارکستر ملی را از طریق رسانه‌ها متوجه شده‌است به نکته دیگری اشاره دارد: «درحالی‌که اخلاق حکم می‌کرد که مشورتی انجام شود اما هیچ حرفی رد و بدل نشد. حال اگر تعبیر به کودتا می‌کنم، به‌دلیل همین بی‌اخلاقی‌های آنهاست. البته منظور من کودتا از سر ضعف بود و نه کودتا از جایگاه قدرت.» به‌نظر می‌رسد که علیزاده در جایگاه هنرمندی که سال‌هاست مشغول به فعالیت است، نگاه خوشی به این تغییرات ندارد؛ «تجربه نشان داده است که این خوش‌بینی نتیجه‌ای ندارد و شاید در دوره‌ای هرچند کوتاه به‌عنوان مُسکن کاربرد داشته باشد اما در نهایت مطمئن هستم این شیوه اداره ارکستر راه به جایی نمی برد و به همین دلیل است که از مسئولان هیچ انتظاری ندارم و این به شعار من تبدیل شده است.»