وی پس از گذراندن دوران دبستان در دبیرستان «مروی» ادامه تحصیل داد و با اخذ دیپلم در سال 54 در دانشگاه ارومیه در رشته دامپروری پذیرفته شد.
چندی بعد به دلیل فعالیتهای مذهبی و مبارزاتی از دانشگاه اخراج و در سال 56 به خدمت سربازی اعزام شد و سرانجام با فرمان حضرت امام(ره) مبنی بر فرار سربازان از پادگانها، سربازی را ترک کرد.
وی با پیروزی انقلاب اسلامی وارد فعالیتهای مختلف فرهنگی و اجتماعی از جمله خبرنگاری (روزنامه جمهوری اسلامی) شد و در سال 59 با شروع جنگ تحمیلی راهی جبهه‌های جنوب گشت.
باقری در بدو ورود به اهواز «واحد اطلاعات عملیات رزمی» را برای دستیابی دقیق به موقعیت دشمن راه‌اندازی کرد که این امر آغازی برای راه‌اندازی این واحد در ستاد عملیات جنوب شد.
شهید حسن باقری، دانشجوی 25 ساله‌ای که در باور هیچکس نمی‌گنجید با تاسیس واحد اطلاعات و عملیات سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، واحدی که بعدها نبض دفاع مقدس هشت ساله مردم ایران را به دست گرفت، مسیر جنگ را عوض کرد.
در عملیات بعدی که طریق‌القدس نام داشت، ایران با استفاده از این راهبرد شکست سختی به ارتش عراق وارد کرد. در این عملیات فقط 15 هزار افسر و سرباز عراقی به اسارت ایران درآمدند.
وقتی در نهم اردیبهشت سال 1361 فرماندهان جنگ 40 هزار نیروی جنگی را برای بازستانی خرمشهر از عراق آماده رزم کردند، صاحبنظران نظامی دنیا هیچگاه فکر نمی‌کردند با مدیریت و فرماندهی ایرانی، این عملیات بزرگ با موفقیت به پایان برسد.
راهبرد شهید باقری در این عملیات به اوج خود رسید و ایران با قدرت‌نمایی خیره‌کننده در طول یک نبرد 23 روزه، خرمشهر را از عراق بازپس گرفت، 16 هزار نفر از نیروهای دشمن را کشت و 19 هزار نفر را اسیر کرد.
حسن باقری یا غلامحسین افشردی با ارائه ایده‌های راهگشا و طراحی عملیات ماهرانه و... به عنوان معاون فرمانده نیروی زمینی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی برگزیده شده بود.
او در زمستان سال 1361 وقتی در جبهه فکه مشغول شناسایی منطقه دشمن و آماده‌سازی عملیات بعدی بود، در سنگر دیده‌بان مورد اصابت گلوله خمپاره عراقی‌ها قرار گرفت و به شهادت رسید.
شهید باقری در آن روز 27 سال داشت و جمله معروفی که از او به یادگار مانده این است: «باید به خود جرات داد، ما می‌توانیم.»
ویژگی‌های شهید باقری از زبان مادرش:
- دنیا آمدن ایشان (این گونه بود) که خداوند مثل اینکه برای خودش انتخاب کرده بود که مصادف بشود با سوم شعبان روز تولد امام حسین (ع) و بعد در همان خط پیش برود. در نهاد ایشان عشق به ائمه طاهرین (ع)، انبیا و اولیا (س) نهاده شده بود. ایشان از همان کودکی و نوجوانی ، عاشق جلسات مذهبی، قرآن، حدیث، اخبار، روایات و هیات و مسجد و نماز جماعت بودند.
- همانطور که سنش بالا می‌آمد هم نماز اول وقت؛ اهمیت به نماز اول وقت؛ به‌طوری که وقتی ایشان را من بیدار می‌کردم طوری از جای می‌جست که بعضاَ ناراحت می‌شدم. فکر می‌کردم ایشان را بد صدا کرده‌ام که اینطور برای نماز شتابزده بلند می‌شود. بعد دیدم نه! از آن علاقه و ایمانی که به نماز دارد اینطور می‌شتابد برای نماز. هرجا صداری اذان می‌شنید، دیگر طاقت از دست می‌داد. دائم‌الوضو بودن ایشان و بی‌اعتنا بودن به دنیا از خصوصیات ایشان بود. البته این را باید عرض کنم تمام شهیدان وقتی پای صحبت هر مادری بنشینی، همین صحبت‌ها هست، واقعاً شهدا همه‌شان برگزیده هستند.
- خداوند اینها را برای خودش انتخاب کرده ولی خب، حسب‌الامر، این حقیر باید چند نکته‌ای را یادآور می‌شدم. اینکه دائم‌الوضو بودن ایشان و ایمانی که به اهل بیت (ع) داشتند بالاخص امام حسین (ع) و امام زمان (ع) و بعد خصوصیات دیگر ایشان. علاقه به پدر، ماد، اقوام و احترام خاصی که به پدر و مادر، علما و بزرگان داشتند. هر موقع ایشان می‌آمد دست پدر را می‌بوسید و می‌خواست برود هم دست پدر را می‌بوسید، بی‌اعتنایی به دنیای ایشان نه به این صورت که واقعاً دنیا را دوست نداشته باشد، خوبیهای دنیا را دوست نداشته باشد، نه، دوست داشت. خداوند دنیا را خلق کرده برای بندگانش ولی اسیر دنیا نبود. نمی‌خواست هم اسیر دنیا بشود، ولی خوب و تمیز زندگی می‌کرد. خوب زندگی می‌کرد. برای خانواده‌اش زندگی راحتی آماده می‌کرد.
- علاقه به ولی فقیه، واقعاً ایشان مرید واقعی بود، بطوری که وقتی اولین فرزندش یعنی تنها فرزندش می‌خواهد به دنیا بیاید، ایشان چون جلسه خصوصی و گزارش منطقه را به حضور امام رحمت الله علیه داشتند، رها می‌کنند و به تهران می‌آیند. وقتی این حقیر سؤال کردم شما چطور رها کردید در حالی که همسرت آن حال را داشت. ایشان به من گفت فرزند را خدا داده خودش هم حفظ می‌کند، من کاره‌ای نیستم.
- ... فعلاَ انقلاب ما همچون تیر زهرآگینی برای همه مستکبرین درآمده است و یاوری برای همه مستضعفین جهان ...
- ... ما با هیچ دولت و کشوری شوخی نداریم و با تمام مستکبرین جهان هم سرجنگ داریم و در این هدف جنگ با صدام یزید مقدمه است ...
- ... در این موقعیت زمانی و مکانی، جنگ ما جنگ اسلام و کفر است و هر لحظه مسامحه و غفلت، خیانت به پیامبر اکرم (صلی‌الله علیه و آله) و امام زمان (عج) و پشت پا زدن به خون شهداست و ملت ما باید خود را آماده هرگونه فداکاری بکند ...
- ... در چنین میدان سویع و این هدف رفیع انسانی و الهی، جان دادن و مال دادن و فداکاری امری بسیار ساده و پیش پا افتاده است و خدا کند که ما توفیق شهادت متعالی در راه اسلام با خلوص نیت را پیدا کنیم ...
- در مورد درآمدها، چیزی به آن صورت ندارم و همین بضاعت مزجات را هم خمسش را داده‌ام و بقیه را هم در راه کمک رساندن به جنگجویان و سربازان اسلام با سپاه کفر خرج کنند ... در صورت امکان با لباس سپاه مرا دفن کنید.
درود بر رهبر کبیر انقلاب اسلامی امام خمینی
اللهم عجل فی فرج مولانا صاحب الزمان (عج)
شهیدحسن باقری که به سقّای بسیجیان نیز شهرت داشت، جوان‌ترین فرمانده ایران در دوران جنگ تحمیلی بود و به‌عنوان فرمانده قرارگاه‌های نصر و کربلا نقش بسیاری در موفّقیّت نیروهای ایران در عملیات‌های فتح‌المبین و رمضان و بیت‌المقدس و آزادسازی خرمشهر داشت.
این شهید بزرگوار که درباره رشادت‌های او فیلم‌ها و کتاب‌های زیادی ساخته و به چاپ رسیده، در هنگام شهادت، سمت قائم‌مقامی فرمانده نیروی زمینی سپاه را برعهده داشت.
پیکر شهید باقری، در قطعه ۲۴ گلزار شهدای بهشت زهرای تهران دفن شده است.