باقری بعد از درخشش ملی‌پوشان وزنه‌برداری در المپیک به فکر پوست‌اندازی در تیم ملی افتاد و امروز بدون توجه به برنامه تیم ملی بزرگسالان، روی برگزاری اردوهای تیم ملی نوجوانان و جوانان تمرکز کرده است. او که علاوه بر تیم ملی بزرگسالان مسئولیت تیم‌های پایه را هم به‌عهده دارد، در گفت‌وگو با همشهری می‌گوید: «اصولا کمتر کسی به تیم‌های پایه توجه می‌کند و همه دنبال این هستند که در تیم ملی بزرگسالان چه اتفاقی می‌افتد و چه‌کسی قهرمان می‌شود اما تشکیل تیم نوجوانان و جوانان در شرایط فعلی کاری بود که ما خواستیم انجام بدهیم. ما قصد داریم از بین وزنه‌برداران جوان نفراتی را با خودمان به رقابت‌های جهانی مهرماه سال آینده ببریم. درواقع می‌خواهیم نفرات جدید و جوانی را به تیم ملی بزرگسالان تزریق کنیم. فکر می‌کنم کار عاقلانه‌ای باشد.»
به همین دلیل، باقری بعد از پایان لیگ برتر وزنه‌برداری نفراتی را به اردوی تیم ملی نوجوانان و جوانان دعوت کرد. این انتخاب البته با حاشیه‌هایی هم همراه بود که مهم‌ترین آن نیامدن رضا تیموری به اردو بود. این وزنه‌بردار دسته فوق‌سنگین که از استعدادهای این رشته به‌حساب می‌آید، از حضور در اردو سر باز زد. باقری در این رابطه عنوان می‌کند: «از وضعیت تیموری اطلاع چندانی ندارم. من آنهایی را به تیم ملی دعوت می‌کنم که قابلیت زیادی دارند و وقتی به اردو فراخوانده می‌شوند با افتخار بر سر تمرینات حاضر می‌شوند. برای من این موضوع مهم است اما نفراتی هم که نمی‌خواهند در اردو حضور پیدا کنند، مختار هستند.» او اضافه می‌کند: «ما نباید به آنهایی که دوست ندارند در اردوی تیم ملی شرکت کنند، اصرار کنیم. برای هر ورزشکاری حضور در تیم ملی باید افتخار باشد. تیموری با من تماس تلفنی نگرفت و فقط مربی‌اش به من اطلاع داد که با او تمرین می‌کند. البته تیموری قبل از اینکه به اردو بیاید، باید مثل بقیه ملی‌پوشان آزمایش‌هایی انجام می‌داد و بعد می‌توانست در تمرینات تیم جوانان شرکت کند.»
اشاره غیرمستقیم سرمربی تیم ملی به تست دوپینگ است. او که از زمان حضور در کادرفنی تیم ملی تلاش بسیاری برای جلوگیری از دوپینگ در اردوی تیم ملی کرده، عنوان می‌کند: «تیموری آزمایش دوپینگ نداده ولی بدون مدرک هم نمی‌توانیم او را متهم به دوپینگ کنیم. این وزنه‌بردار به هر دلیل نخواسته در اردوی تیم ملی باشد. بر این باور هستم که مسئله دوپینگ هیچ‌وقت ریشه‌کن نمی‌شود و هر زمان که ما غفلت کنیم، دوپینگ می‌تواند اتفاق بیفتد. اگر فرض کنیم که دوپینگ ریشه‌کن شده، همانجا مشکلات ما شروع می‌شود. به‌نظر من، باشگاه‌ها در جلوگیری از دوپینگ وزنه‌برداران می‌توانند کمک زیادی کنند.»
رضا تیموری یکی از نفراتی بود که باقری در دسته فوق‌سنگین روی وی حساب می‌کرد ولی در این شرایط به‌نظر می‌رسد که او راه بازگشتی ندارد. باقری که برای رقابت‌های همبستگی کشورهای اسلامی و رقابت‌های جهانی روی نفرات مصدومی چون بهداد سلیمی و سجاد انوشیروانی حساب زیادی نکرده، در حال حاضر بهادر مولایی را در فوق‌سنگین دارد. باقری در این رابطه می‌گوید: «مولایی تا حدود یک‌ماه دیگر نمی‌تواند در اردوی تیم ملی جوانان حاضر شود. درواقع او کم‌کم شرایط حضور در تیم ملی جوانان را از دست می‌دهد. اما بهادر هم یکی از نفرات با استعداد تیم ملی به‌حساب می‌آید و در سال92 اگر وضعیت مناسبی داشته باشد به اردوی بزرگسالان دعوت می‌شود.»
رشید شریفی یکی دیگر وزنه‌برداران دسته فوق‌سنگین است. او بعد از چهارسال محرومیت به‌دلیل دوپینگ حالا می‌تواند وزنه‌برداری را از سر بگیرد. سرمربی تیم ملی درباره شریفی می‌گوید: «رشید شریفی جزو بهترین‌های ما بود. شاید خیلی‌ها ندانند که سال2009 وقتی شریفی قهرمان آسیا شد، بهداد سلیمی هم حضور داشت. یعنی او بالاتر از سلیمی قرار گرفت. محرومیت شریفی تمام شده. او چند دفعه با من صحبت کرد و اگر او هم آماده باشد، به تیم ملی دعوت می‌شود. ما وزنه‌برداران دوپینگی زیاد داشتیم. مثلا محسن داوودی، قهرمان نوجوانان هم دوره محرومیتش تمام‌شده و تمریناتش را دیده‌ام. او هم آماده باشد، حتما به اردوی تیم ملی دعوت می‌شود.»
در رقابت‌های لیگ برتر و در وزن 56کیلوگرم یعقوب پشتونی جزو بهترین‌ها بود. مجید عسگری در وزن 62کیلوگرم، رسول تبیان و علی میری در 77کیلو، یاسین باقری در 94کیلو و بهرام‌زاده در 105کیلو نیز از بهترین‌های لیگ هستند. گفته می‌شود باقری علاوه بر چهره‌های جوان روی این نفرات هم حساب خواهد کرد. او عنوان می‌کند: «قبل از رقابت‌های جهانی ما مسابقات همبستگی کشورهای اسلامی را در پیش داریم. من معتقدم هر کسی که می‌تواند باید کمک کند. فرقی هم نمی‌کند که چه‌کسی باشد؛ تیموری یا هر وزنه‌بردار دیگری که دلش با تیم ملی است.»
جالب اینجاست که کورش باقری فعلا برنامه‌ای برای اعضای تیم ملی در المپیک ندارد. باقری می‌گوید: «برنامه‌ای برای قهرمانان المپیکی ندارم. به‌طور کلی برای شخص خاصی برنامه‌ای ندارم و برنامه‌های من در قالب تیم است و خواهد بود. کسی که در قالب تیم نیست، در برنامه‌های من هم جایگاهی ندارد. به همین دلیل از قهرمانان المپیکی بی‌اطلاع هستم و این روزها تمام تمرکز من روی تیم ملی نوجوانان و جوانان است. البته تا یک‌ماه پیش با آنها در ارتباط بودم و برخی از آنها هم با مصدومیت روبه‌رو هستند و تحت درمان.»
البته نفرات مصدوم تیم ملی بر این باور هستند که تمرینات و سختگیری‌های کورش باقری سبب مصدومیت آنها شده است؛ موضوعی که به المپیک لندن برمی‌گردد و این نکته که قهرمانان ایران بعد از این رقابت‌ها با آسیب‌دیدگی جدی روبه‌رو شده‌اند و ظاهرا سرمربی تیم ملی را مقصر می‌دانند. باقری در پاسخ به این ادعا حرف‌های جالبی به زبان می‌آورد و عنوان می‌کند: «من هم با ملی‌پوشان موافق هستم. بله، تمرینات من عامل آسیب‌دیدگی قهرمانان المپیکی شده. این موضوع را قبول دارم اما اگر من باعث مصدومیت آنها شده‌ام، پس دلیل مدال‌آوری آنها هم من هستم. امیدوارم وقتی در مصاحبه‌های خودشان مشکل مصدومیت را عنوان می‌کنند، این مسئله را هم از قلم نیندازند.»
کورش باقری که از برخی گفته‌ها گلایه دارد، در ادامه نکته‌های دیگری را به قهرمانان المپیکی یادآور می‌شود: «بحث من این است که چرا این قهرمانان قبل از من مدال نمی‌گرفتند؟ چرا سلیمی، انوشیروانی و رستمی چهارسال قبل از اینکه من سرمربی تیم ملی شوم، نتوانستند افتخارآفرینی کنند؟ این مسئله مهمی است و بهتر است که بقیه منتقدان هم بدانند. اگر تمرینات سخت من نبود، ممکن بود در المپیک مدال به‌دست نیاوریم.»
او که از دست برخی ملی‌پوشان شاکی است، مثالی از دوران حضورش در تیم ملی به زبان می‌آورد؛ به زمانی که ایوانف، سرمربی اهل بلغارستان هدایت تیم ملی وزنه‌برداری را به‌عهده داشت: «ما هم در دوره ایوانف سخت تمرین نمی‌کردیم و مصدوم نمی‌شدیم. من در برخی از مسائل با ایوانف اختلاف دارم و این موضوع را کتمان نمی‌کنم. اما واقعیت این است که اگر در دوره مربیگری او رضازاده را از تیم ملی کنار بگذاریم، قهرمانی کدام وزنه‌بردار دو سال دوام آورد؟ بدون تردید موفقیت هیچ‌یک از بچه‌ها. در حال حاضر شرایط فرق می‌کند و شاهد هستیم که موفقیت قهرمانان ما تداوم دارد. به‌نظر من، به این نکته هم باید توجه کرد.» کورش باقری که گاهی اوقات از برخی مسائل گلایه می‌کند، در ادامه منتقدانش را هم بی‌پاسخ نمی‌گذارد: «متأسفانه برخی منتقدان گوش به حرف‌های ما نمی‌دهند و من هم دلیلی برای پاسخگویی به آنها نمی‌بینم. الان هم چون سرذوق هستم، جواب دادم. من چند صباحی در تیم ملی خواهم بود و حضورم در این پست همیشگی نیست. منتقدان باید به این موضوع توجه کنند.»
یکی از اهداف سرمربی تیم ملی این است که با تیم کامل در رقابت‌های آسیایی و جهانی حضور پیدا کند. یکی از دلایلی که از این اتفاق جلوگیری می‌کند، نبود وزنه‌برداران سطح بالا در دسته سبک‌وزن است و دلیل دیگر آن به مسئله دوپینگ برمی‌گردد. کورش باقری البته دلیل دیگری را هم به آن اضافه می‌کند: «سال2010 تعداد ملی‌پوشان ما به هشت نفر نرسید تا با تیم کامل به جام جهانی برویم. مجبور شدیم هفت وزنه‌بردار را به جام‌جهانی اعزام کنیم، چون دوست داشتیم تیم سالمی داشته باشیم. می‌خواهم این مسئله را عنوان کنم که ما برای اعزام تیم ملی به رقابت‌های آسیایی و جهانی اگر لازم باشد با کمترین نفرات می‌رویم ولی ناز کسی را نمی‌کشیم. در عین حال، باید بگویم که هر کسی می‌تواند به ما کمک کند چون می‌خواهیم در رقابت‌های بین‌المللی دو، سه چهره جدید رو کنیم.» تیم ملی وزنه‌برداری به‌دلیل همزمانی رقابت‌های آسیایی با رقابت‌های همبستگی کشورهای اسلامی احتمالا در مسابقات دومی حضور پیدا خواهد کرد؛ رقابت‌هایی که تیرماه سال آینده برگزار می‌شود و نخستین حضور تیم ملی بعد از المپیک در این مسابقات خواهد بود. تیم ملی همچنین 26مهرماه سال آینده رقابت‌های جهانی ورشو را پیش رو خواهد داشت.