وی تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در شهرستان ورامین گذراند و پس از اخذ دیپلم در سال 1348 به خدمت سربازی اعزام شد.
اردستانی خدمت سربازی را به عنوان سپاه دانش در یکی از روستاهای اسفراین انجام داد. شرایط جغرافیایی منطقه در آن زمان برای کشت خشخاش مساعد بود و اهالی روستا به صورت فراگیر مبادرت به کشت آن میکردند اما اردستانی آنها را از این کار باز می‌داشت.
پس از انجام خدمت سربازی در سال 1350 وارد دانشکده خلبانی نیروی هوایی شد، پس از گذراندن مقدمات آموزش پرواز در ایران، به منظور تکمیل دوره خلبانی به کشور آمریکا اعزام شد و پس از اخذ دانشنامه خلبانی به ایران بازگشت و با درجه ستوان دومی در پایگاه چهارم شکاری دزفول به عنوان خلبان هواپیمای « اف 5» مشغول به خدمت شد.
مصطفی اردستانی در سال 1354 به عنوان یکی از خلبانان منتخب نیروی هوایی، برای انجام یک سری مسابقات تیراندازی با هواپیما عازم پاکستان شد. در بین خلبانان پاکستانی، سرگرد خلبانی بود که در جنگ بین هندوستان و پاکستان، چندین هواپیمای هندی را سرنگون ساخته بود و در آن زمان قهرمان نیروی هوایی پاکستان شناخته می‌شد. لذا با غرور خاصی راه می‌رفت و هنگام عبور از کنار دیگران، به اصطلاح به عالم و آدم فخر می فروخت.
سرانجام روز مسابقه فرا رسید. کلیه هواپیماها که برای مسابقه آمده بودند، پرواز می کنند. مصطفی که علیرغم جوانی، مهارت بالایی در پرواز داشت، تصمیم می گیرد در آسمان با سرگرد پاکستانی به یک نبرد هوایی آزمایشی بپردازد. نبرد هوایی شروع می‌شود و بعد از چند لحظه، در میان حیرت حاضران، مصطفی با چند مانور ماهرانه از سرگرد پاکستانی شات می‌گیرد. (شات یعنی هواپیما را طوری هدایت کنی که پشت سر هواپیمای دیگر قرار بگیرد و به عبارت بهتر، در تیررس باشد. در رشته خلبانی گرفتن شات یعنی هدف قرار دادن هواپیمای حریف.)
پس از پایان پرواز، سرگرد خلبان به نزد مصطفی - که در آن زمان ستوان دوم بود - می‌آید و می‌گوید:
- تو قهرمانی، نه من.
مصطفی اردستانی با توجه به هوش بالا و به دلیل اندام ورزیده‌ای که داشت، به تدریج به یکی از بهترین خلبانان نیروی هوایی تبدیل شد. بعد از یک سال از این پایگاه به پایگاه ششم شکاری منتقل شد و تا سال 1356 در این پایگاه و بعضا در پایگاه چهارم شکاری دزفول، خدمت کرد.
با اوج‌گیری انقلاب شکوهمند اسلامی و حتی قبل از آن جزء نخستین خلبانان حزب اللهی بود که در به ثمر رسیدن انقلاب اسلامی و آگاه کردن سایر قشرهای پرسنل نیروی هوایی نقش بسزایی داشت.
مصطفی اردستانی پس از انقلاب با جمعی از همکاران، اقدام به انتشار یک نشریه درون گروهی به نام «مخلصین» کرده بود که حاوی مطالب اعتقادی و فرهنگی بود و علیرغم تیراژ محدود، بسیار جالب توجه و در آگاه‌سازی پرسنل مؤثر بود.
مصطفی اردستانی از روز دوم مهر ماه سال 1359، پروازهای جنگی خود را آغاز کرد. با توجه به شهامت مثال زدنی‌اش و انجام عملیات غیر ممکنی که در طول یک سال اول جنگ انجام داد، در سال 1360 به درجه سرهنگ دومی مفتخر شد و بلافاصله به عنوان فرمانده پایگاه پنجم شکاری امیدیه اهواز منصوب شد.
در تمام مدتی که فرمانده پایگاه هوایی امیدیه بود و تا چندی بعد از آن، به صورت داوطلبانه به پایگاه چهارم شکاری دزفول - که نزدیک‌ترین پایگاه به مرز عراق بود - می‌رفت و سخت‌ترین و خطرناک‌ترین عملیات‌ها را انجام میداد و همیشه این جمله ورد زبانش بود که:
- " دوستان! هر کس در حسرت حضور در کربلاست، بداند که این جا کربلاست. بدانید فرزند زهرا(س) و آقا امام زمان (عج) نظاره گر ما است".
در سال 1363 به سمت معاون عملیاتی پایگاه دوم شکاری منصوب شد. پس از 3 سال انجام وظیفه در این مسئولیت، در سال 1366 به عنوان مدیریت آموزش عملیات نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران منصوب شد.
پس از شهادت سرلشکر خلبان عباس بابایی که معاونت عملیات نیروی هوایی را عهده دار بود، شهید اردستانی به این سمت (معاونت عملیات نیروی هوایی) برگزیده شد و تا زمان شهادت (15/10/1373) عهده‌دار این مسئولیت مهم بود .
سرلشگر خلبان، شهید اردستانی، در طول جنگ تحمیلی، همواره داوطلب مأموریتهای مشکل بود و بارها اتفاق می‌افتاد که در یک روز، هفت بار به خاک دشمن حمله می‌برد و بدون شک او با انجام دادن 400 پرواز برون مرزی بر فراز خاک دشمن و 1724 ساعت پروازهای مختلف در خاک میهن اسلامی، یکی از قهرمانان جنگ به حساب می‌آید که چندین بار تا مرز شهادت پیش رفت تا سرانجام در تاریخ 15/10/73 بر اثر سانحه هوایی، به همراه فرمانده فقید نیروی هوایی، سرلشکر شهید منصور ستاری و چند تن دیگر از همرزمانش، به آروزی دیرینه‌اش رسید و به لقاء معبود پیوست .
شهید اردستانی به هنگام شهادت 46 سال سن داشت و از وی دو فرزند پسر و دو فرزند دختر به یادگار مانده است.
- وظیفه شناسی، دلاوری، شجاعت و دیگر خصوصیات ویژه این شهید بزرگوار تا حدی است که فرمانده کل قوا در مورد او چنین فرمودند: «شهید اردستانی یکی از پاک‌ترین، مخلص‌ترین و مومن‌ترین افراد تمام قشرها بود. او عنصری فدایی و شهیدی زنده بود و عزیزانی از قبیل شهید اردستانی و دیگر دوستانی که به شهادت رسیدند، داغی است بر دل هرکسی که نسبت به نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران احساس خویشاوندی و نزدیکی می‌کند. برای من و ملت عزیز این یک داغ بزرگ بود. با بودن شهید اردستانی در عملیات، قلب من آرام بود.»
هوا بسیار بد بود. باران شدیدی درحال باریدن بود. از سوی نیروی های سپاهی و بسیجی، درخواست شده بود به هر طریق ممکن عقبه دشمن بمباران شود. در این هنگام بابایی به دلیل بدی هوا، خود تصمیم به پرواز می گیرد که با اصرار اردستانی مواجه می شود که درخواست داشت او پرواز کند. ابتدا شهید بابایی مخالفت می کند و می گوید هوا اصلا مساعد پرواز نیست، ولی وقتی اصرار او را می بیند، رضایت می دهد و شهید اردستانی بدون فوت وقت به پرواز درمی‌آید. در همین هنگام شهید بابایی در کنار باند زیر باران، به انتظار او می ایستد و با چشمانی اشک‌بار، به خلبانی که در کنارش بود می‌گوید:
- مصطفی را از دست دادیم ...
ولی این پایان کار نبود. 20 دقیقه بعد چرخ‌های هواپیمای اردستانی باند فرودگاه را لمس می‌کند و او مورد استقبال شهید بابایی قرار می‌گیرد و بار دیگر به همگان ثابت می‌کند درحالی که مسئولیت‌های مهمی در نیروی هوایی دارد، ولی همچنان داوطلب انجام سخت ترین ماموریت‌هاست.
شیر نهاجا:
مصطفی اردستانی بارها در طول یک روز، تا 13 سورتی پرواز عملیاتی داشت که این خود به نوعی یک رکورد در نیروی هوایی محسوب می‌شود. به همین سبب بود که در نیروی هوایی، به او "شیرنهاجا" می‌گفتند.
ایمان، اخلاص، دین باوری، دوستداری اهل بیت، عشق به امام و انقلاب، شهامت و بی باکی اردستانی، از ویژگی‌های منحصر به فرد این شهید بزرگوار بود.
پاداش مقام معظم رهبری:
بعد از پایان جنگ، اردستانی و چند تن دیگر از خلبانان تیز پرواز نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی، مفتخر به دریافت مدال پرافتخار "فتح" از دستان مبارک مقام معظم رهبری شدند و به همراه این نشان، مبلغ یک میلیون تومان نیز به عنوان پاداش نقدی از سوی مقام معظم رهبری به او و دیگر خلبانان حاضر اهدا شد.
پس از گذشت چند روز، اردستانی برای کمک به ساخت مدرسه‌ای در استان سیستان و بلوچستان، مبلغ پانصد هزار تومان از پاداش خود را اهدا کرد و پانصد هزار تومان الباقی را نیز به حساب "بیت الزهرا(س)" واریز کرد تا برای خرید البسه جهت نیازمندان اختصاص یابد.
وصیتنامه سرلشکر خلبان شهید مصطفی اردستانی:
وصیتنامه بنده خدا مصطفی اردستانی
"اللهم اجعلنی من جندک فان جندک هم الغالبون و اجعلنی من حزبک فان حزبک هم المفلحون و اجعلنی من اولیائک فان اولیائک لاخوف علیهم و لا هم یحزنون
اللهم انی اسئلک تجعل وفاتی قتلا فی سبیلک تحت رایت نبیک مع اولیائک و اسئلک ان تقتل بی اعدائک و اعداء رسولک و اسئلک ان تکرمنی بهوان من شئت من خلقک و لا تنهی بکرامه احد من اولیائک اللهم اجعل لی مع الرسول سبیلا حسبی الله ماشاءالله"
الهی از عمق جانم و با تمام وجودم شهادت می دهم به وحدانیت تو و رسالت رسول محمد(ص) و امامت علی (ع) و اولاد طاهرین او و از تو می خواهم که به حق محمد و علی و فاطمه و حسن و حسین، پنج تن آل عبا که تمام جهان به خاطر آنها برپاست مرا از دوستان علی و اولاد علی قرار دهی. به حق علی بن حسین زین العابدین به من لذت عبادت و به حق باقرالعلوم لذت علم و به حق امام صادق لذت صداقت و به حق امام کاظم لذت فروبردن غضب و به حق امام رضا لذت رضایت از الله و به حق محمد بن علی لذت جود و ایثار و سخاوت و به حق علی بن محمد لذت هدایت و به حق امام حسن عسکری لذت سرباز و رزمنده اسلام بودن و به حق امام مهدی لذت فرماندهی بر سپاه اسلام را عنایت کن.
حال چند کلامی از خودم. من برای همسر و فرزندانم شوهر خوبی نبودم. چون خودم را مدیون انقلاب و اسلام می دانستم ولی همه را دوست داشتم به خاطر خدا اگر نتوانستم وقتم را صرف آنها بکنم به دلیل نیاز اسلام و ملت مسلمان بود. امیدوارم که مرا ببخشید و برایم دعا کنند. شاید خداوند از گناهان من بگذرد. بعد از من گریه و زاری نکنند و اگر دل شان می سوزد به حال محمد و آل محمد بسوزد.
و خواهش می کنم اصلا عکس مرا چاپ نکنید و برای من تبلغ نکنید و برای محمد و آل محمد و اسلا م تبلیغ کنید. اگر از من جنازه ای ماند در بهشت زهرا در بین بسیجی‌ها دفن کنید (البته این وصیت نامه پس از تدفین این شهید بزرگوار به دست آمد. لذا طبق خواسته خانواده ایشان محل دفنش در صحن حیاط امام زاده جعفر در شهرستان پیشوا از توابع ورامین که زادگاه وی نیز می باشد، بود.) و همه چیز مانند آنها باشد. من حاضر نیستم کسی بعد از من در رنج بیفتد. در هیچ مورد. هر چه بنیاد برای یک بسیجی ساده انجام می دهد بدهد و در بقیه امور طبق قوانین اسلام.
والسلام، محتاج دعای همه
خاطرات جنگی شهید سرلشگرخلبان مصطفی اردستانی:
در عملیات والفجر8 از طرف شهیدبابایی مسئول دسته پروازی بودم. روز سوم یا چهارم آزادسازی فاو بود عراقیها جلوی نیروهای پیاده ما مقاومت میکردند و آماده حمله شده بودند. در همین ایام نزد برادر رحیم صفوی فرمانده وقت نیروی زمینی سپاه رفتم ایشان گفتند:
- شما چکار می‌توانید بکنید؟
- هرچه شما بخواهید انجام می‌دهیم.
آن روز پس از مشخص شدن هدف با گروهم پرواز کردم. من آخرین هواپیمای دسته بودم که از زمین بلند شدم.وضع آشفته ای بود و از هر طرف گلوله می‌بارید. هرکدام از هواپیماها که می‌رفتند صدمه دیده برمی‌گشتند. من صدمه دیدن یکی از هواپیماهای خودی را دیدم آن هواپیمارا "سروان اسدزاده" هدایت می‌کرد. ناگهان آتش گرفت و درحالیکه از مسیر منحرف شده بود با سر به زمین خورد و اسدزاده درجا به شهادت رسید. با این خبرها شیطان وسوسه برگشتن را در دلم راه میداد ملی ایمان به خدا تقویتم می‌کرد. به هرحال با سرعت خیلی زیاد از اروند رود رد شدم. ناگهان در عمق 10 کیلومتری خاک عراق موشکی به هواپیمایم چنگ کشید و باک مرکزی هواپیما کنده شد و به سر بال هواپیما چسبید.
فکر نمی‌کنم تا الان چنین حادثه ای اتفاق افتاده باشد با دیدن این حالت شروع کردم به خواندن آیه "وجعلنا" و از اهل بیت (ع) کمک خواستم و بمب‌های خودم را رها کردم.
در این فکر بودم که بیرون بپرم یا نه. هواپیما از کنترل خارج شده بود در همین افکار دست و پا میزدم که ناگهان حس کردم هواپیما در کنترل من است. پرنده ام چرخشی 180 درجه کرد و متوجه شدم با سرعت کم و در ارتفاع پایین به سمت پایگاه در حرکت هستم. برایم عجیب بود. خودم هم نفهمیدم چطور هواپیما سریع چرخید و برگشت. به هرحال با یک موتور سالم و آرام روی باند نشستم.
وقتی پیاده شدم زیر هواپیما را نگاه کردم دیدم سوراخی حدود نیم متر زیر هواپیما ایجاد شده و موتور سمت چپ هم به کلی منهدم شده است. این سالم برگشتن را من جز با امداد غیبی تفسیر نکردم آن حادثه تأثیر زیادی بر روحم گذاشت.
کفش‌های گلی عباس
شهید اردستانی و شهید عباس بابایی از ابتدای آشنایی، ارادت خاصی به یکدیگر داشتند. روزی صبح زود برای رفتن به عملیات از ساختمان خارج می‌شدم که شهید اردستانی را دیدم. نشسته بود و یک پوتین گلی را می‌شست. جلوتر رفتم و گفتم: «حاج مصطفی! کجا رفتی اینقدر پوتین‌هات گلی شده؟»
کمی سکوت کرد، اما ناگهان شروع کرد به گریه کردن.
گفت: «این پوتین‌های عباس است! از منطقه عملیاتی برگشته، هر چه اصرار می‌کنم برای بازدید منطقه از هلی‌کوپتر پایگاه استفاده کند قبول نمی‌کنه و میگه اینها برای کارهای ضروریه. نزدیکی‌های صبح از منطقه برگشته و من می‌خوام حداقل کار کوچکی برایش انجام بدهم.»
ماکت فانتوم اف 5 در ورودی شهر پیشوا زادگاه شهید اردستانی برای یادبود این شهید
از روزهای آخر حیات شهید اردستانی هم نقل شده است که او در حالی که عکس شهید عباس بابایی را بر دست داشت، اشک می‌ریخت و می‌گفت: «عباس! تو رفتی و مرا تنها گذاشتی ... من در این قفس تنگ دنیا گرفتارشده ام.»
از زبان همسر و دخترش نیز نقل شده است که می‌گفت: «نمی‌خواهم در بستر بمیرم ... دوست دارم در هواپیما باشم و بدنم تکه تکه شود.»