وی در سال 1324 موفق به اخذ مدرک دیپلم شد و در سال 1327 از دانشکده افسری با درجه ستوان دومی فارغ التحصیل گردید.
اسکندر افشار در سال 1347 به عنوان رئیس عملیات رادار دزفول مشغول به فعالیت شد و 2 سال بعد رئیس عملیات مشهد شد.
وی در سال 1350 مسئول(A.D.O.C) بود و در سال 1351 به عنوان فرمانده در ایستگاه رادار دزفول به فعالیت خود ادامه داد.
ناصر اسکندر افشار یک سال قبل از پیروزی انقلاب اسلامی به سمت معاونت پشتیبانی پایگاه هوایی بندر عباس منسوب و در سال 1358 به عنوان معاون اداری فرماندهی پدافند هوایی انتخاب شد.
وی پس از پیروزی انقلاب اسلامی و در سال 1359 به عنوان جانشین فرمانده پدافند هوایی انتخاب شد و در سال 1362به مدت 4 سال در سخت‌ترین شرایط دفاع مقدس مسئولیت فرماندهی پدافند هوایی را به عهده داشت.
سرهنگ کنترل شکاری، ناصر اسکندر افشار که به عنوان سومین فرمانده پدافند هوایی دوران انقلاب اسلامی شناخته می‌شود در تاریخ 1/11/1366 به افتخار بازنشستگی نایل آمد.