براساس گزارش دیسکاوری، کشفیات علمی محدود و محصور به زمان نیستند، در هر زمانی تعداد غیرقابل پیش‌بینی رویداد‌های جدید علمی کشف می‌شوند که بخش‌هایی از این کشفیات در تایید یافته‌های گذشته بوده و بخشی دیگر از آنها به کل پدیده‌ای جدید را معرفی می‌کنند.
با این‌همه هنوز معما بسیار است و سوال بی‌پاسخ فراوان و انسان بدون تامل به مسیر خود برای دستیابی به پاسخ‌هایش ادامه می‌دهد. در سال 2013 نیز معماهای بسیاری مطرح بودند که پایان یافتن این سال موجب بسته شدن پرونده این پرسش‌ها نشد و تعدادی از این اسرار سر به مهر باقی ماندند.
دیسکاوری مجموعه‌ای از معماهای علمی را که تا پایان این سال هنوز برای آنها پاسخی یافت نشده به این شکل معرفی کرده است:
کپلر-78b، فراسیاره اسرار‌آمیزی که نباید باشد: این سیاره سنگی با ابعادی مشابه زمین و هسته‌ای از آهن در چنان فاصله‌ای نزدیکی از ستاره میزبانش در حرکت است که هر سالش 8.5 ساعت دوام میا‌ورد. کپلر 78b از آنجایی به معما تبدیل شده که دانشمندان هیچ راهی نیافته‌اند تا بتوانند توضیح دهند چگونه این جرم مذاب با توجه به نزدیکی بیش از اندازه‌اش به ستاره میزبان می‌تواند به وجود آمده باشد.
دیگر سیاره‌های غیرممکن: از دیگر معماهای موجود که ذهن شکارچیان سیاره را به خود مشغول کرده سیاره‌ای گازی و عظیم به نام HD 106906b است که 11 برابر بزرگتر از سیاره مشتری بوده و برخلاف کپلر 650 واحد نجومی از ستاره میزبانش فاصله دارد، یعنی برابر فاصله زمین تا خورشید. در حقیقت برزگی این فاصله مدار سیاره را بسیار بزرگتر از آنچه دانشمندان ممکن می‌پندارند ساخته‌است و دانشمندان درست مشابه موورد کپلر، نمی‌دانند این سیاره در چنین فاصله‌ای چگونه شکل گرفته است.
جمعیت مرموز: از ترکیب هموسپینس‌های باستانی و نئاندرتال‌ها، نمونه‌هایی که تا کنون برای انسان در زمین شناخته شده‌اند، دو گروه دنیسوان‌ها و نژادی دیگر از انسان‌ها به وجود آمده و منقرض شدند، جمعیتی که ردپای آنها در آمار DNA ثبت شده از انسان وجود ندارد.
اصوات ناشناخته: از دهه 1950 تاکنون گزارش‌های متعددی درباره افرادی به ثبت رسیده که صدایی "هوم" مانند(Hum) می‌شنوند. به گفته دانشمندان تنها دودرصد از انسان‌هایی که در مناطقی زندگی می‌کنند که این صدا شنیده می‌شود، قدرت شنیدن آن را دارند و اکثر این افراد نیز 55 تا 70 ساله هستند، صدایی که در شب‌ها بلند‌تر شده و در مناطق روستایی بیشتر شنیده می‌شود. این صدای مداوم از فرکانس پایینی برخوردار است و به گفته افراد بسیار آزاردهنده است. افرادی که این صدا را می شنوند آن را به صدای موتور دیزل تشبیه می‌کنند که هرگز خاموش نمی‌شود و در حد شکنجه آزاردهنده است. بریتانیا، نیومکزیکو، اونتاریو و سیدنی از جمله مناطقی هستند که این صدا شنیده می‌شود. دانشمندان هنوز دلیل اصلی این پدیده را کشف نکرده‌اند اما عواملی مانند مجتمع‌‌های صنعتی، تشعشعات الکترومغناطیسی با فرکانس پایین، بیماری وزوز گوش، فعالیت‌های لرزه‌ای زمین، آزمایش‌های نظامی و ارتباطات زیردریایی از جمله گزینه‌های احتمالی توضیح این معمای 40 ساله هستند که هنوز سربسته باقی مانده‌است.
مهاجران: کریستف کلمب اولین اروپایی نبود که در جهان جدید قدم گذاشت. وایکینگ‌ها پیش از او این‌کار را کرده بودند. و در سال 2013 مشخص شد گروهی مرموز از اروپایی‌ها 300 تا 500 سال پیش از وایکینگ‌ها قدم به خاک آمریکا گذاشته بودند. دانشمندان پیش از این گمان می‌بردند وایکینگ‌ها در قرن نهم پس از میلاد اولین مهاجران جزایر فارو بوده‌اند، اما کشفیات جدید نشان داد پیش از آنها نیز انسان‌هایی وارد این جزیره شده بودند. باوجود اینکه محققان هنوز درجستجوی مدارکی از هویت این گروه ناشناخته هستند، این احتمال وجود دارد که گروه کشف شده، مبلغان مذهبی ایرلندی، اقوامی از اسکاتلند و یا اسکاندیناوی بوده باشند.
معمای مونالیزا: پانصد سال پس از تکمیل پرتره مونالیزا، هنوز کسی نتوانسته هویت اصلی زنی را که در این نقاشی لئوناردو داوینچی ترسیم شده‌است بیابد. برای مدت‌های طولانی، لیزا گرادینی دل جیوکوندو همسر تاجر ثروتمند ابریشم مدل اصلی این تابلو درنظر گرفته شده بود و آزمایش‌های DNA بقایای اسکلت به جامانده در آرامگاهی در فلورانس می‌تواند استخوان متعلق به این زن را آشکار سازد. درصورتی که یکی از این استخوان‌ها متعلق به گرادینی باشد که در سال 1542 از جهان رفته است، محققان در نظر دارند با انجام شبیه‌سازی صورت وی و مقایسه آن با تابلوی داوینچی، هویت اصلی این زن را آشکار کنند.
در اعماق دریاچه: کشف ساختاری مدور و سنگی با کمک تجسس صوتی در اعماق دریاچه طبریه یا جلیل باستان‌شناسان را در شگفتی باقی گذاشت. دانشمندان هیچ ذهنیتی از اینکه سازه سنگی چیست و چه‌کسی آن را ساخته است ندارند. وزن این ستون درحدود 60 هزار تن تخمین زده شده و جنس آن بازالت است. به گفته دانشمندان فارغ از ابعاد این سازه سنگی (ارتفاع 10 متر و قطر 70 متر)، هیچ اطلاعات دیگری درباره آن وجود ندارد.
زباله‌دان تاریخ: در نزدیکی شهر ارسوف در نزدیکی تل‌آویو، گنجی از سکه‌های طلای بیزانسی و دیگر اجناس عتیقه در میان سطل زباله‌ای باستانی کشف شد. این گنج شامل 400 سکه طلای بیزانسی، 200 چراغ سامری و جواهرات و تزئین‌آلات طلایی بود که در میان انبوهی از استخوان حیوانات و خرده‌های سفال و شیشه در این زباله‌دان تاریخی کشف شد. بیشترین این اقلام به قرن پنجم تا هفتم میلادی تعلق داشتند و هنوز کسی نمی‌داند چرا باید چنین حجمی از اجسام ارزشمند درون زباله‌دان ریخته شده باشد.
معمای آمازون: دانشمندان این ساختار شبکه‌ای دو سانتیمتری را بارها در آمازون مشاهده کرده‌اند،ساختاری که به میدانی شباهت دارد که توسط فنس محصور شده‌است. حشره شناسی که این ساختار را کشف کرده بود، ابتدا فکر کرد یک قارچ جدید یا محافظ تخم عنکبوتی را کشف کرده‌است، اما در نهایت دریافتند این سازه توسط عنکبوت‌ها ساخته می‌شوند و این حشرات درون مخروط میانی تخم‌گذاری می‌کنند اما هنوز گونه این عنکبوت ناشناخته باقی مانده‌است.