او پس از سپری کردن مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری در دانشگاه تهران، از سال ۱۳۷۳ به عضویت هیئت علمی دانشکده اقتصاد دانشگاه تهران در آمد.
فرهاد رهبر دارای مدرک دکترای اقتصاد نظری از دانشگاه تهران و پدید آورنده رساله دکتری با موضوع «نحوه مصرف درآمدهای نفتی» است و اصلی‌ترین زمینه تدریس این استاد دانشگاه تهران، در زمینه اقتصاد خرد است.
مقاله‌هایی با عناوین زیر از وی در پرتال جامع علوم انسانی قابل دسترسی است:
- موانع سرمایه‌گذاری و تاثیر آن بر رشد اقتصادی در ایران
- مقایسه ارزیابی اقتصادی صادرات گاز از طریق خط لوله و LNG با صادرات فرآورده‌های پتروشیمی
- ارزیابی اثرات توسعه منطقه ای طرح‌های صنعتی، مورد مطالعاتی: طرح‌های خط لوله اتیلن مرکزی، ارزیابی استراتژی ملی و منطقه‌ای توسعه صنعت پتروشیمی کشور
- تبیین مدل رشد متکی به تجارت خارجی، موانع سرمایه‌گذاری و تاثیر آن بر رشد اقتصادی در ایران
- رویکردی نو به راهبرد امنیت غذایی (از منظر عرضه با ثبات مواد غذایی)
- زمینه‌های افزایش امنیت سرمایه‌گذاری و تأثیر آن بر رشد اقتصادی جمهوری اسلامی ایران
- تهدیدپذیری اقتصادی، تهدیدپذیری هویت ملی مطالعه موردی ایران و کشورهای منطقه
- بررسی میزان وابستگی کشورهای صنعتی به نفت صادراتی از تنگه هرمز به وسیله تخمین تابع تقاضا برای نفت منطقه خلیج فارس
- بررسی منحنی فضایی زیست محیطی کوزنتس در کشورهای آسیایی (مطالعه موردی: گاز دی اکسید کربن و ذرات معلق)
- اقتصاددانان رفتاری و نظریه‌های آن‌ها
این عضو هیئت علمی دانشگاه تهران 5 سال پس از عضویت هیئت علمی دانشگاه تهران، با دعوت حجت‌الاسلام والمسلمین علی یونسی به صورت مأمور به خدمت در وزارت اطلاعات مشغول شد و پس از اتمام دوره ماموریت، به پیشنهاد وزیر اطلاعات وقت، عهده‌دار ریاست دانشکده وزارت اطلاعات شده و قریب یک سال در این سمت فعالیت کرد.
- سوابق کاری:
- جهاد سازندگی (۵۹- ۵۸)
- بنیاد مسکن انقلاب اسلامی (۶۲- ۵۹)
- وزارت بازرگانی (۶۳ - ۶۲)
- کارشناس اقتصادی نخست‌وزیری (۶۸- ۶۳)
- مدیرکل بررسی‌های اقتصادی مرکز بررسی‌های استراتژیک (۷۳ - ۶۸)
- معاون اقتصادی وزارت اطلاعات (۸۱ - ۷۸)
- عضو هیأت علمی دانشگاه تهران (از ۷۳ تا کنون)
- رئیس سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی (85 - 84)
- رئیس دانشگاه تهران (29 بهمن 1392 - ۱۷ بهمن ۱۳۸۶)
- رئیس کنسرسیوم محتوای ملی (92 - 90)
فرهاد رهبر سپس در دوران محمود احمدی‌نژاد، به عنوان رئیس سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی منصوب شد و در فرآیند انحلال سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کنار گذاشته شد.
او از بهمن ماه 1386 از سوی محمدمهدی زاهدی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری به ریاست دانشگاه تهران منصوب و جایگزین آیت‌الله دکتر عباسعلی عمید زنجانی شد. سپس حکم او به تأیید شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید و عنوان سی‌ویکمین رئیس دانشگاه تهران را از آن خود کرد.
این عضو هیئت علمی دانشگاه تهران که تا 29 بهمن 1392 عهده‌دار ریاست دانشگاه تهران بود و پس از شش سال ریاست به عنوان رکورددار ثبات مدیریت در دانشگاه تهران شناخته شد و در نهایت با تصمیم رضا فرجی‌دانا وزیر علوم، تحقیقات و فناوری دولت یازدهم، از این سمت برکنار شد.
فرهاد رهبر در تير ماه 96 از سوي علي اكبر ولايتي رئيس هيئت موسس و هيئت امناي دانشگاه آزاد اسلامي به عنوان گزينه پيشنهادي عضويت در هيئت امناي اين دانشگاه به شوراي عالي انقلاب فرهنگي معرفي شد. وي در روز سه‌شنبه 20 تير ماه در صحن اين شورا مورد اعتماد اعضا قرار گرفت و به عضويت هيئت امناي دانشگاه آزاد درآمد. فرهاد رهبر تیرماه 96 به عنوان رئیس دانشگاه آزاد اسلامی معرفی شد.
فرهاد رهبر 28 مرداد ماه از ریاست دانشگاه آزاد اسلامی برکنار شد.