در سال ۱۳۵۲ به دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران راه یافت و تحصیلات خود را در رشتهٔ تاریخ در دانشگاه تهران در مقطع کارشناسی ارشد ادامه داد.
در سال ۱۳۷۲ درجهٔ دکترای تخصصی تاریخ را از دانشگاه تربیت مدرس دریافت کرد و به مدت ۳ سال در دانشکده روابط بین‌الملل وزارت خارجه به تدریس تاریخ سیاست و تاریخ اسلام و اندیشه‌های سیاسی در اسلام و ایران پرداخت. وی در سال ۱۳۷۳ به گروه تاریخ دانشگاه تهران پیوست و در سال ۱۳۸۸ با درجة استادی بازنشست شد.
وی در حال حاضر عهده‌دار مدیریت علمی دانشنامه «جغرافیای تاریخی جهان اسلام» است. دکتر زرگری‌نژاد سرگرم تالیف روزشمار سیره نبوی است و دو کتاب «اندیشة سیاسی قاجار» و مجموعه چهار جلدی «رسائل سیاسی در عصر قاجار» را در دست انتشار دارد.
از مهم‌ترین آثار وی می‌توان کتاب‌های زیر را برشمرد:
تألیف:
- تاریخ تحلیلی اسلام
- تاریخ صدر اسلام (عصر نبوت) (کتاب برگزیده سال ۱۳۷۹)
- نهضت امام حسین و قیام کربلا، (کتاب برگزیده سال ۱۳۸۳)
- تاریخ تحلیلی اسلام از بعثت تا غیبت
- روزشمار تاریخ معاصر ایران
- خاطرات نخستین سپهبد ایران، سپهبد امیراحمدی
تصحیح:
- مآثر سلطانیه، نوشته عبدالرزاق دنبلی
- تاریخ احمد شاهی، نوشته محمود حسینی جامی
- شرح آسیای مرکزی و انتشار سیویلیزاسیون روسی در آن
- احکام‌الجهاد و اسباب‌الرشاد
- رساله احکام قانون اداره بلدیه، عبدالحسین لاری
- هفت رساله سیاسی از عصر قاجار
- رسائل مشروطیت، انتشارات کویر، تک جلدی
- رسائل مشروطیت، مؤسسه توسعه علوم انسانی، دو جلد
- سیاست‌نامه‌های عصر قاجار (رسائل سیاسی)، دو جلد
مصاحبه:
- تأملاتی در علم تاریخ و تاریخ نگاری اسلامی، گفتگوهای حسن حضرتی با غلامحسین زرگری نژاد، عطاء الله حسنی و سید هاشم آقاجری