گوشه‌هایی از پیام‌های تسلیت شخصیت‌های متخلف نظام در تسلیت فقدان آیت‌الله مشکینی در پی می‌آید:
دکتر احمدی‌نژاد، رئیس جمهور
حضرت آیت الله مشکینی با تقوای مثال زدنی، مکارم اخلاقی و حضوری پر ثمر در صحنه های مختلف انقلاب اسلامی، به عنوان اسوه علم، ایمان و عمل صالح در تاریخ ایران اسلامی درخشید و همواره الگویی برای روحانیت معزز در مسیر خدمتگزاری انقلابی و خالصانه باقی خواهد ماند.از خداوند متعال می خواهم آن مرحوم را با انبیاء و اولیاء الهی محشور و بهشت برین را جایگاه ایشان سازد.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
سهم و آثار ارزنده ایشان در تمام دوره های مجلس خبرگان ، حوزه های علمیه ، قوه قضائیه و امامت جمعه بر همگان مبرهن است و مطمئناً یاد و خاطره ایشان همیشه در دلها زنده خواهد ماند.با تسلیت این مصیبت بزرگ به حضرت ولی عصری (عج)، رهبری معظم انقلاب ، علما، فضلا، مدرسین و طلاب حوزه های علمیه، ملت شهید پرور ایران بویژه فرزندان و دامادهای مکرم و خاندان محترم، علو درجات ان فقیه عالی مقام را از درگاه باری تعالی مسالت می کنیم.
رئیس مجلس شورای اسلامی
ارتحال عالم ربانی و معلم ایمان و اخلاق و فقیه اهل بیت عصمت و طهارت حضرت آیت الله مشکینی ریاست محترم مجلس خبرگان را به محضر حضرت بقیه الله الاعظم ارواحنا له الفدا و مقام معظم رهبری و مراجع عظام تقلید و حوزه های علمیه و به همه ملت مسلمان تسلیت می گویم و برای آن محروم فقید علو درجات و برای اهل بیت محترم ایشان و بازماندگان ارجمندشان به ویژه آیت الله محمدی ری شهری صبر واجر مسئلت می کنم.رئیس قوه قضائیه
به واقع آن عالم بزرگوار یکی از یاران و ارادتمندان واقعی و یار مخلص لحظه لحظه های انقلاب و رهبری بود و همچون سربازی فداکار در موقعیت های گوناگون و در کوران حوادث انقلاب پیرو ولایت و ارمانهای انقلاب اسلامی بود.بدون تردید یاد و خاطره ان مجاهد نستوه فراموش نخواهد شد.
هیئت رئیسه مجلس خبرگان رهبری
ایت الله مشکینی بحق یکی از سرمایه های بزرگ انقلاب اسلامی و از استوانه های فقاهت و معرفت و جهاد و اجتهاد و فداکاری در راه خدا و از یاران دیرین امام راحل قدس سره و مقام معظم رهبری بودند و در طول عمر با برکت خویش همواره نمونه تقوی و فضیلت و زهد و ساده زیستی و تواضع و اخلاق کریمه اسلامی بوده و شاگردان فراوان و آثار ارزشمندی از خود بیادگار گذاشتند و زبان و بیان و قلم و انفاس قدسیه آن مرحوم همواره الهام بخش ، تاثیر گذار و انسان ساز بود یادش گرامی وراهش پر رهرو باد.مجلس خبرگان با اظهار تاسف از این ضایعه اسفناک علما و بزرگان و مسئولان لشکری و کشوری و مردم شریف تهران دعوت می کند برای تجلیل ازمقام شامخ علم و زهد و تقوی و ولایت در مراسم تشییع پیکر مطهر ان بزرگوار که خود نیز منتخب انهاست شرکت نمایند.