ايده‌آل ما اين است كه هر كلاس درس و هر محفل دانشگاهي يك كرسي آزادانديشي است. كرسي آزادانديشي بايد به سكه رايج در دانشگاه تبديل شود و جريان پيدا كند.»
سيدضيا هاشمي با تأكيد بر اينكه آزادانديشي منحصر به برگزاري كرسي‌هاي آزادانديشي نيست ولي اين كرسي‌ها راهكاري براي توسعه جريان گفت‌وگو و نقد سالم در دانشگاه‌هاست، افزود: «از ابتداي انقلاب تاكنون دغدغه تقويت آزادي بيان و آزادانديشي توأم با ادب وجود داشته و امروزه نيز تقويت آزادانديشي به‌ويژه در دانشگاه‌ها دغدغه مقام معظم رهبري است.
وزارت علوم از هر اقدامي كه براي هموار شدن ميسر كرسي‌هاي آزادانديشي باشد، حمايت مي‌كند.» معاون فرهنگي و اجتماعي وزير علوم درباره لغو يا به جنجال كشيده‌شدن برخي كرسي‌هاي آزادانديشي چنين اظهارنظر كرد: «اينكه نسبت به كرسي‌هاي آزادانديشي واكنش نشان داده مي‌شود نشانگر اهميت و اثرگذاري كرسي‌هاي آزادانديشي است و بنابراين نمي‌توانيم نسبت به اين موضوعات واكنش انفعالي داشته باشيم. البته در مسير توسعه اين كرسي‌ها حتما موانعي نيز در اين راه وجود دارد كه پيش‌تر به آنها اشاره كرده‌ام، اين موانع بايد كاهش پيدا كند و البته همه اين موانع با بخشنامه و تذكر حل نمي‌شود و نيازمند ممارست و تلاش بيشتر است.»
وي در توضيح آخرين وضعيت ماده واحده مصونيت قضايي كساني كه در كرسي‌هاي آزادانديشي حضور دارند هم گفت: «اين ماده واحده در شوراي اسلامي شدن دانشگاه‌ها مراحل لازم را طي كرده و اميدواريم در سطوح بالاتر و در شوراي‌عالي انقلاب فرهنگي نيز تصويب و ابلاغ شود كه با قدرت بيشتري از شركت‌كنندگان در جلسات آزادانديشي حمايت شود.»
- مخالفت با برخي كرسي‌ها
معاون فرهنگي و اجتماعي وزارت علوم به برخي انتقاد‌ها درباره مخالفت هيأت‌هاي نظارت بر برخي تشكل‌هاي دانشجويي درخصوص برگزاري كرسي‌هاي آزادانديشي چنين واكنش نشان داد: «تأكيد و توصيه ما به دانشگاه‌ها اين بوده كه هيچ تبعيضي بين تشكل‌هاي دانشجويي نباشد، هر تشكل قانوني دانشجويي بايد از حمايت و همكاري نهادهاي رسمي دانشگاه‌ها برخوردار باشد. البته شايد در مقام عمل برخي دانشگاه‌ها در موارد خاصي به اين نتيجه برسند كه يك كرسي با توجه به شرايط خاص زماني و مكاني امكان برگزاري نداشته باشد. اين موارد در شرايط خاصي و به ندرت رخ مي‌دهد و قابل دفاع است. اما به‌طور كلي اين موضوع بايد تسهيل شده و هرگز نمي‌پذيريم كه درخصوص برخي تشكل‌هاي دانشجويي به يك رويه تبديل شود.»
هر چند همچنان عده‌اي از فعالان دانشجويي و استادان به كارنامه وزارت علوم در اين زمينه انتقاد دارند اما معاون فرهنگي اجتماعي وزارت علوم تأكيد كرد: «مهم‌ترين هدف اين معاونت در دوران كنوني برگزاري مطلوب كرسي‌هاي آزادانديشي است. ملاك ما فقط اجراي قانون مصوب اين كرسي‌هاست نه سليقه مديران دانشگاه‌ها.»
- وزير علوم: با وضعيت مطلوب فاصله داريم
دكتر محمد فرهادي، وزير علوم با تأكيد بر اينكه از برگزاري اين كرسي‌ها در همه حوزه‌ها حمايت مي‌كند، به خبرنگار همشهري گفت: «برگزاري كرسي‌هاي آزادانديشي در دانشگاه‌ها نسبت به سال قبل جهش نسبي خوبي داشته است ولي هنوز با نقطه مطلوب فاصله زيادي داريم و بايد بهتر شود. البته كرسي‌هاي آزادانديشي فقط به حوزه‌هاي سياسي، اجتماعي و فرهنگي ورود پيدا كرده و معتقديم بايد به حوزه پژوهش نيز ورود پيدا كند.»