در مرحله جدید جنگ پس از عملیات رمضان و به موازات مباحثی که درباره استراتژی جنگ صورت می‌گرفت عملیات مسلم‌بن عقیل در تاریخ 9/7/1361 در منطقه سومار انجام گرفت که هدف آن آزادسازی ارتفاعات مشرف بر شهر سومار بود.
سردار غلامعلی رشید درباره اجرای عملیات در منطقه غرب معتقد بود: «باید از گسترش در دشت خودداری کنیم؛ زیرا این مسئله توان ما را می‌گیرد و خطوط پدافند جدیدی را بر ما تحمیل خواهد کرد. علاوه بر این می‌تواند این تصور را به وجود بیاورد که ما هدف بصره را نتوانستیم تامین کنیم و به علت شکست در جنوب به منطقه غرب آمده‌ایم». ایشان در عین حال اجرای عملیات را در منطقه غرب اجتناب‌ناپذیر می‌دانست و تاکید می‌کرد باید حتما موفق شویم در غیر این صورت وضعیت ما بدتر خواهد شد.
از نظر ایشان حرکت در غرب که تاکتیکی برای گرفتن زمان بود در چارچوب استراتژی کلی و تنها با تصرف ارتفاعات قابل قبول است؛ زیرا با تسلط بر ارتفاعات، دشمن نیروهایش را از جنوب به غرب خواهد کشاند و در نتیجه یکی از هدف‌های اصلی عملیات در غرب که کاهش تراکم نیروهای دشمن در جنوب است، تامین خواهد شد. بر این اساس، میزان تاثیرگذاری عملیات مسلم‌بن عقیل برای جابه‌جایی نیروهای دشمن باید بررسی شود. ولی شواهد نشان می‌دهد این عملیات در عین حالی که به لحاظ نظامی و روحی – روانی پیامدهای مثبتی داشت لکن موجب جابه‌جایی نیروهای دشمن از جنوب به غرب نشد.
در ادامه تحرکات جدید، عملیات محرم در تاریخ دهم آبان 1361 در منطقه عمومی موسیان روی ارتفاعات حمرین آغاز شد. مسئله مهم در این عملیات دستاوردهای آن بود که به آزادسازی 700 کیلومتر مربع از خاک ایران و تصرف 300 کیلومتر مربع از خاک عراق از جمله بخشی از منطقه نفتی زبیدات و چاه‌های نفتی عراق در این منطقه منجر شد. در این عملیات، عراقی‌ها از گاز شیمیایی استفاده کردند. با گزارش آن به آقای هاشمی، ایشان این اقدام عراق را «شروع حرکتی خطرناک» نامید و تاکید کرد: «عراقی‌ها هر کاری از دست‌شان برآید، انجام خواهند داد و باید برای دفاع از این سلاح خطرناک فکری بکنیم».
موفقیت در عملیات محرم و پیدایش دورنمای شهر العماره عراق از روی بلندی‌های جبال حمرین سبب گردید استراتژی جدید برای اجرای عملیات در غرب کشور با هدف جابه‌جایی نیروهای دشمن از جنوب به شمال و افزایش توان نظامی فراموش شود. چنانکه در جلسه با آقای هاشمی درباره تداوم و توسعه عملیات محرم و نیز آخرین تغییرات در سازمان رزم سپاه و استراتژی آینده جنگ بحث شد.
بنابر گزارش آقای هاشمی، روز 15 آبان شهید صیاد شیرازی در ملاقات با ایشان راجع به حساسیت منطقه عملیات محرم گفت‌وگو می‌کند و تشکیل حکومت انقلابی – اسلامی در عراق و در منطقه و در شهر العماره و حلفائیه را در صورت توسعه مناطق آزاد شده، ممکن می‌داند و قرار می‌شود سریعا ادامه عملیات محرم را تعقیب کنند. شهید صیاد شیرازی در خاطرات خود درباره پیامد دو عملیات مسلم بن عقیل و محرم می‌گوید: «دورنمای دو عملیات که انجام شد، نشان می‌داد که ما می‌توانیم با توان عمده‌ای که در دست داریم، عملیاتی گسترده را طرح‌ریزی کنیم».
در واقع نطفه عملیات گسترده در منطقه جنوب که هدف‌اش تعیین سرنوشت جنگ بود، براساس نتایج دو عملیات محدود، به ویژه عملیات محرم در جبهه میانی، شکل گرفت و در جلسات ارتش و سپاه بحث و بررسی استراتژی جنگ و عملیات گسترده آغاز شد.
در مباحث جدید که به نوعی ادامه بحث‌های قبلی درباره استراتژی جنگ بود، تحت تاثیر پیروزی‌های حاصل از دو عملیات مسلم‌بن عقیل در سومار و محرم در موسیان، فرماندهی وقت سپاه بر ضرورت «تغییر در شیوه جنگ» تاکید کرد و اهداف نظامی با رویکردی استراتژیک و با هدف تعیین سرنوشت جنگ اینگونه مطرح شد:
«پیشروی به نقاط زیر جنگ را به مرحله جدیدی می‌کشاند که بتوانیم خواسته‌های خود را بر دشمن تحمیل کنیم: 1- تصرف بصره (منطقه شرق بصره) 2- تصرف منطقه العماره – علی غربی 3- زیر آتش قرار دادن بغداد».
نظر به اینکه پس از عملیات رمضان افزایش توان ضرورت یافت و اساسا با همین هدف عملیات‌های محدود طراحی شد، آقای رضایی به ضرورت تقویت توان رزمی و تناقض آن با محدودیت زمان اشاره و نتیجه‌گیری می‌کند: «در حال حاضر باید همین شیوه چند ماه قبل را عمل کنیم». سپس ایشان خطاب به اعضای جلسه می‌گوید: «شیوه جنگ ما چگونه باشد، آیا باز مثل سابق عمل کنیم یا باید شیوه جنگ را تغییر دهیم و آیا زمانش رسیده است یا نه؟».
در مرحله جدید وضعیت سیاسی به نادیده گرفتن ملاحظات نظامی منجر شد و به تصرف منطقه العماره – علی غربی در یک طرح بزرگ نظامی و در ادامه پیروزی‌های عملیات محرم در جبال حمرین توجه شد. پس از بررسی‌های اولیه، طرح پیشنهادی فرماندهی وقت سپاه در جلسه شورای عالی دفاع که در مجلس شورای اسلامی تشکیل شد، ارائه شد. آقای هاشمی معتقد بود این طرح وسیع و مشکل است و مدتی وقت لازم دارد. نظر به همین ملاحظات طرح مقداری محدود شد ولی تصورات جدیدی را مبنی بر تعیین سرنوشت جنگ به وجود آورد؛ چنانکه آقای هاشمی پس از گزارش شهید صیاد شیرازی، در دفتر یادداشت خود می‌نویسد: «به ظن قوی (این عملیات) سرنوشت‌ساز است».
به موازات تعمیق طراحی عملیات در منطقه العماره، تدریجا اختلاف‌نظری که پس از عملیات رمضان بین سپاه و ارتش ایجاد شده بود، آشکار شد. (3) در گذشته هماهنگی فرماندهی سپاه با فرماندهی نیروی زمینی ارتش در روند جنگ موجب تسریع می‌شد ولی با آشکار شدن اختلافات و تاثیرات آن، تدریجا دامنه اختلاف سپاه و ارتش به تهران کشیده شد. آقای هاشمی در دفتر خاطرات خود در این زمینه می‌نویسد: «با آقای خامنهای تلفنی صحبت کردم. ایشان خواسته بود که امروز عصر در دفتر ایشان با آقایان صیاد شیرازی و محسن رضایی که برای مشورت در امری از جبهه آمده‌اند، مذاکره کنیم. شب درباره مطلب مهم آقایان صیاد شیرازی و محسن رضایی پرسیدم و کار مهم آنها مشورت برای رفع اختلاف در طرح عملیات بود». در حالی که این موضوع در روز جمعه 8 بهمن 1361 و تنها 9 روز قبل از آغاز عملیات رخ داده بود، مجددا در تاریخ 13 بهمن آقای هاشمی در دفتر خود می‌نویسد: «ظهر به دفتر آقای خامنهای رفتیم. آقای صیاد شیرازی و محسن رضایی از جبهه آمدند. در نحوه عملیات آینده و نقطه آغاز اختلاف داشتند تا ساعت 4 بعدازظهر مذاکره کردیم و تصمیم یکطرفه شد.
آقای صیاد شیرازی کوتاه آمد ولی آقای رضایی مقاومت کرد. به خاطر اینکه عمده نیروهای رزمنده در اختیار سپاه است و با ملاحظات سیاسی و نیاز به سرعت بیشتر برگشتند».
سرانجام عملیات در دهه فجر و با نام والفجر در تاریخ 17/11/1361 و با رمز یاالله آغاز شد. امیدواری اولیه برای تعیین سرنوشت جنگ در انتخاب زمان و نام عملیات بسیار موثر بود. به‌رغم موفقیت اولیه، تدریجا گزارش‌های ارسالی به تهران ناکامی در عملیات را بیان می‌کرد. چنانکه دو روز بعد از آغاز عملیات در جلسه شورای عالی دفاع که در تاریخ 19 بهمن در تهران تشکیل شد، آقای هاشمی در دفتر یادداشت خود می‌نویسد: «گزارش‌ها حاکی از محقق نشدن اهداف مرحله اول و توقف کار است». بعدها شهید صیاد شیرازی در خاطرات خود درباره این عملیات می‌گوید: «عملیات والفجر مقدماتی، عملیاتی بود که در یک شب وضعیت‌اش مشخص شد».
آقای هاشمی در مقدمه کتاب «پس از بحران» درباره این عملیات به موانع جدیدی که عراقی‌ها در مرحله جدید جنگ از آن استفاده می‌کردند و تجربه نداشتن رزمندگان برای عبور از این موانع اشاره می‌کند و می‌نویسد: «البته نباید نقش اختلاف‌نظر فرماندهان ارتش و سپاه را در نحوه انجام عملیات نادیده بگیریم که یکی بیشتر به شیوه کلاسیک جنگ می‌اندیشید و دیگری بر شیوه ابتکاری انقلابی و شهادت‌طلبانه پای می‌فشرد». در نتیجه عملیات والفجر مقدماتی موفق نبود.
افزایش انتظارات در مسوولان و مردم برای تعیین سرنوشت جنگ، با آشکار شدن نتایج عملیات والفجر که با توجه به همین ملاحظه به «والفجر مقدماتی» تغییر نام یافت، سبب شد در مذاکرات مرحوم سیداحمدآقا خمینی با آقای هاشمی بررسی شود. آقای هاشمی در این زمینه می‌نویسد: «قرار شد من مصاحبه‌ای بکنم و به‌گونه‌ای اخبار جنگ را بگویم که انتظارات مردم را که بر اثر تبلیغات روز اول حمله بالا رفته بود، هدایت کنم و وضع موجود را توجیه نمایم و روحیه بدهم».
ناکامی عملیات والفجر مقدماتی پیامدهای مهم داشت. نخست آنکه نگرانی نسبت به نتیجه عملیات سبب شد تا به نوشته آقای هاشمی دکتر روحانی از مجلس با اعزام بازرس ضعف کار فرماندهی را تعقیب کند. همچنین اختلاف ارتش و سپاه را گسترش داد. (4) چنانکه آقای هاشمی درباره جلسه در دفتر امام با حضور فرماندهان سپاه و نیروی زمینی و رئیس‌جمهور و آقای موسوی اردبیلی می‌نویسد: «آقای صیاد (شیرازی) از سپاه گله داشت، اثر بدی روی ارتشی‌ها گذاشته چون تعداد نیروهای سپاه با حضور مردم از طریق بسیج کمی بیشتر از ارتش شده و سپاه می‌خواهد تصمیم‌گیرنده اصلی باشد». ایشان همچنین درباره جلسه با دفتر مشاورت ارتش می‌نویسد: «عصر از دفتر مشاورت (ارتش) آمدند و گزارش‌ها و نظریاتی ارائه دادند» و «نگرانی ارتشی‌ها را از رشد سپاه گفتند».
گسترش اختلافات ارتش و سپاه باعث شد تا ساختار جدید فرماندهی برای هماهنگی ارتش و سپاه ایجاد شود. آقای هاشمی درباره این موضوع در کتاب خاطرات خود از جلسه با مرحوم احمدآقا خمینی می‌نویسد: «عصر احمدآقا آمد و راجع به جنگ و وضع کشور و سپاه صحبت کردیم، برای سپردن اختیارات فرماندهی کل قوا به آقای خامنهای، مشورت کرد، نظر موافق دادم». ایشان در جای دیگری می‌گوید: «به این نتیجه رسیدیم که باید کسی بالاتر از اینها (ارتش و سپاه) باشد که به اینها فرمان بدهد. این شخص از نظر همه ما امام بود ولی ایشان نمی‌خواستند وارد مسائل عملی جنگ شوند. بحث شد که کس دیگری بیاید. من و آیت‌الله خامنهای مطرح شدیم. آیت‌الله خامنهای رئیس‌جمهور بودند و مصلحت نبود که ایشان به جبهه بروند. در حادثه ترور آسیب‌دیده بودند و وضع جسمی ایشان مناسب جنگ نبود.
تعبیر دیگر امام(ره) این بود که مجلس دو نایب‌رئیس دارد و رئیس مجلس خودشان باید اداره کنند، لذا مرا انتخاب کردند». آقای هاشمی در مقدمه کتاب پس از بحران نیز درباره تعیین فرماندهی عالی جنگ می‌نویسد: «در سال‌های بعد، امام به این نتیجه رسیدند که برای کل جنگ فرماندهی واحدی ایجاد کنند که همه نیروها را تحت امر داشته باشد و این قرعه به نام اینجانب افتاد که با حفظ مسوولیت‌ام در مجلس که خود کاری مهم و سخت بود، این مسوولیت بعد از عملیات والفجر مقدماتی شروع شد و تا آخر جنگ ادامه داشت». ایشان در گفت‌وگوی دیگری می‌گوید: «پس از عملیات والفجر مقدماتی که موفق نبود، من به فرماندهی جنگ رفتم. مشکل هماهنگی ارتش و سپاه دوباره به وجود آمده بود».
علاوه بر این، تصور پایان دادن به جنگ با پیروزی در یک عملیات تا اندازه‌ای مخدوش شد و آقای هاشمی در نماز جمعه تهران طی تحلیلی از اوضاع جنگ به سیاست جنگی ایران مبنی بر اینکه «حزب بعث باید برود» اشاره و اعلام کرد: این نکته را می‌گویم که باید اکنون در میدان جنگ زیاد مقاومت کنیم. ممکن است جنگ طولانی باشد. این را می‌گویم که ملت ایران به خودش وعده ندهد که قضیه فردا و پس‌فردا تمام می‌شود.
در عین حال، بلافاصله پس از اتمام عملیات والفجر مقدماتی و بررسی علل ناکامی آن در جلسه شورای عالی دفاع در اسفند 1361، تلاش برای اجرای عملیات سبب شد تا طرح نهایی را ارتش تا چند روز دیگر ارائه دهد. در واقع عملیات والفجر مقدماتی براساس پیشنهاد سپاه انجام شد و پس از بررسی علل ناکامی عملیات، طرح عملیاتی والفجر 1 را ارتش ارائه داد و پیشنهاد آن تصویب شد. شهید صیاد شیرازی در خاطرات خود در همین زمینه می‌گوید: «با یک جلسه فوری و فوق‌العاده در قرارگاه کربلا به دنبال عملیات بعدی رفتیم و اسمش را هم والفجر 1 گذاشتیم».
عملیات والفجر 1 در شمال غربی منطقه قبلی– ارتفاعات حمرین تا فکه- طراحی شد. هدف اصلی در این عملیات تک به جبال حمرین و تکمیل تصرف آن و تصرف جبل فوقی و سپس پیشروی در عمق بود. عملیات در تاریخ 21/1/62 آغاز شد. با توجه به نتایج عملیات والفجر مقدماتی، مقرر شد تا نتیجه عملیات روشن نشده است از اعلام عملیات و تبلیغات خودداری شود. در عین حال، با توجه به سر و صدای عراقی‌ها، احمدآقا خمینی پیشنهاد کرد که خبر عملیات اعلام شود. سرنوشت عملیات والفجر 1 همانند عملیات والفجر مقدماتی در روند جنگ و اتمام آن تاثیری نداشت.
در مرحله جدید، با حضور فرماندهان سپاه و ارتش، نخست‌وزیر و رئیس‌جمهور، وضعیت جنگ بررسی شد. آقای هاشمی در دفتر خود در این خصوص می‌نویسد: «برای عملیات بزرگ آینده، 6 ماه وقت می‌خواستند که صحیح به نظر نرسید. از آنها خواستیم درباره عملیات کوچک برنامه‌ریزی کنند». تداوم اختلاف ارتش و سپاه همچنان یکی از مهمترین موضوعاتی است که آقای هاشمی در خاطرات خود به آن اشاره می‌کند و از تاثیرات آن در عملیات آینده می‌نویسد:
«شب در دفتر آقای خامنهای برای جنگ جلسه‌ای داشتیم. فرمانده نیروی زمینی و محسن رضایی بر سر فرماندهی عملیات اختلاف دارند. صیادشیرازی می‌خواهد وحدت فرماندهی باشد و آن هم از ارتش و برای سپاه گران است. قرار شد اولین عملیات را مثل گذشته مشترک انجام دهند اگر خواستند، عملیات جداگانه‌ای هم داشته باشند. ولی صیاد نمی‌خواهد یا نمی‌تواند عملیات مستقل انجام دهد و سپاه موافق است. اختلاف فرماندهان جبهه، مشکل‌ساز شده است».
در حالی که روند تحولات نظامی پس از فتح خرمشهر وضعیت مطلوبی نداشت بروز اختلاف میان سپاه و ارتش در نحوه طراحی و اجرای عملیات، دورنمای نامطلوبی را ترسیم می‌کرد و همین امر منشاء نگرانی (5) در تهران بود.
عملیات خیبر را سپاه در پاسخ به ضرورت «شکستن بن‌بست تاکتیکی جنگ» و بلوغ دفاعی ایران طراحی کرد. آقای هاشمی در دفتر خود در این زمینه می‌نویسد: «ابتکار از سپاه بود. فرماندهی سپاه معتقد است با عملیات کلاسیک عادی نمی‌شود دشمن را شکست داد و باید از نقاطی که دشمن غافل است به شیوه خاص سپاه وارد عمل شد. مثل همین (منطقه) هور، جزیره (مجنون) و... اما فرماندهی ارتش اینگونه عملیات را با آموزش‌ها، تجربه‌ها، ابزار و پرسنل خود، منطبق نمی‌دانند و مایل نیستند در آن شرکت کنند. مستقلا هم نمی‌توانند عملیات قابل توجهی انجام دهند. این تضاد، کار را به اینجا رسانده که فردی خارج از نیروهای مسلح – مثل من – مسوول هماهنگی و فرماندهی شود».(6) سپس ایشان نتیجه می‌گیرد: «دستور را عمل می‌کنند، اما چون اعتقادی به آن ندارند، بازده مطلوبی ندارد». از نظر آقای هاشمی عملیات خیبر «اهداف بسیار مهم و استراتژیک» داشت زیرا با استقرار نیروهای خودی در ساحل شرقی رودخانه دجله و قطع جاده بصره به بغداد و تصرف جزایر مجنون که ضامن تامین غرامت ایران بود، اهرم مناسبی در اختیار جمهوری اسلامی قرار می‌داد تا خواسته‌های خود را تامین کند و به جنگ پایان دهد.
3- اختلاف‌نظر ارتش و سپاه از مرحله سوم و چهارم عملیات رمضان تدریجا درباره موضوعات مختلف شروع شد و تا پایان جنگ ادامه داشت. حضور دائمی و تفکیک منطقه عملیاتی و ماموریت سپاه و ارتش با هدف کاهش اختلافات انجام شد.
4- آقای هاشمی بر این نظر است ناکامی در عملیات رمضان اولین شوک را بر نیروهای ما وارد کرد و همانجا اختلاف سپاه و ارتش در دو بعد فرماندهی جنگ و ساختار نظامی بروز کرد. (روزنامه کیهان، 14/11/82، ص 12)
5- آقای هاشمی رفسنجانی در کتاب «چالش و آرامش» بارها در مقدمه متن کتاب با اظهار نگرانی از اختلاف ارتش و سپاه به این موضوع اشاره می‌کند که تلاش برای رفع اختلافات و هماهنگی وقت زیادی را از ایشان و سایر مسوولان به خود اختصاص داد. درباره این موضوع در صفحات بعد توضیح داده خواهد شد.
6- آقای هاشمی قبل از سفر به منطقه برای عملیات خیبر حکم فرماندهی خود را از امام دریافت کرد.