با تصويب اين ماده بخش اعظمي از درآمدهاي پايدار كلانشهرها كه از محل ماليات بر ارزش افزوده تأمين مي‌شد، كاهش مي‌يابد كه درباره تهران اين رقم به حدود 2هزار ميليارد تومان در سال مي‌رسد. اين در حالي است كه معاونان برنامه‌ريزي شهرهاي كشور نيز در نامه‌اي خطاب به نمايندگان مجلس خواستار توجه آنها به ماده6 برنامه ششم توسعه شده بودند. از سوي ديگر علي لاريجاني، رئيس مجلس شوراي اسلامي‌در جلسه علني عصر روز دوشنبه مجلس خواستار ارجاع ماده6 لايحه برنامه ششم براي تمديد اين قانون به كميسيون تلفيق شده بود. وي با اشاره به برخي اشكالات موجود در اين ماده به بند «ب» نيز اشاره كرده و گفته بود: اشكال سوم در بند «ب» اين ماده است؛ زيرا يك تقسيم‌بندي دولت داشت كه 20درصد اعتبارات به كلانشهرها تخصيص پيدا مي‌كرد كه اين ميزان به 12درصد تقليل يافت. رئيس مجلس به نمايندگان حاضر در صحن يادآور شده بود: با توجه به اينكه كلانشهرها مانند تهران با مشكلات بسياري مواجه هستند و از طرفي مي‌گوييم شهرداري بايد درآمد پايدار داشته باشد و به تراكم‌فروشي اقدام نكند اما با كاهش بودجه آن مشكلات بسياري را براي شهرداري‌ها رقم مي‌زنيم. لاريجاني تأكيد كرده بود: كلانشهر فقط تهران نبوده و شهرهايي مانند اصفهان، تبريز، مشهد و... نيز كلانشهر محسوب مي‌شوند و همه آنها نيز دچار مشكل خواهند شد. البته نمايندگان به هشدارهاي رئيس مجلس توجهي نكرده و مخالفت خود را با ارجاع اين ماده به كميسيون تلفيق اعلام كردند. صبح روز گذشته نيز در جلسه صبح نمايندگان با وجود مخالفت‌هاي برخي ديگر از نمايندگان به اين ماده رأي مثبت دادند.
اين در حالي است كه احمد اميرآبادي‌فراهاني، نماينده قم و عضو هيأت رئيسه مجلس شوراي اسلامي در انتقاد به مخالفت نمايندگان با پيشنهادهاي اصلاحي در لايحه برنامه ششم، گفت: ما نمايندگان همه ملت هستيم و شهر تهران هم به اندازه خودش مشكلاتي بزرگ ازجمله حاشيه‌نشيني دارد. وي تأكيد كرد: آنچه الان در مجلس رخ مي‌دهد، اين است كه تا پيشنهادي براي شهرهاي بزرگ ازجمله تهران مطرح مي‌شود، نمايندگان مخالفت مي‌كنند، اما درباره پيشنهادهاي مربوط به شهرهاي كوچك و روستاها همه موافقند.
در نهايت نمايندگان مصوب كردند كه عوارض ناشي از اجراي ماده 38 قانون ماليات بر ارزش افزوده و همچنين عوارض شماره‌گذاري خودروها پس از واريز به حساب خزانه كل كشور، هر‌ماه حداكثر تا پانزدهم‌ماه بعد به نسبت 12درصد سهم كلانشهرها، 53درصد ساير شهرها و 35درصد روستاها براساس شاخص‌هايي كه به موجب دستورالعملي كه توسط سازمان برنامه و بودجه و وزارت كشور ابلاغ مي‌شود، محاسبه و بين تمام شهرداري‌ها و دهياري‌ها توزيع شود.
مهرداد لاهوتي، عضو كميسيون برنامه و بودجه مجلس شوراي اسلامي به‌عنوان يكي از مخالفان تصويب اين ماده از لايحه برنامه ششم توسعه به همشهري، گفت: ماده 6بايد در قانون ماليات بر ارزش افزوده بررسي و اصلاح مي‌شد؛ نه در برنامه توسعه ششم كشور. وي در ادامه افزود: الان اتفاقي كه افتاده اين است كه سهم شهرداري‌ها از ماليات بر ارزش افزوده به حساب سازمان امور اقتصادي و دارايي واريز خواهد شد كه ما نگران هستيم سهم شهرداري‌ها به‌صورت كامل و دقيق پرداخت نشود. مهدي چمران، رئيس شوراي شهر تهران نيز ديروز و پس از تصويب اين ماده در صحن علني مجلس شوراي اسلامي، گفت: متأسفانه به هشدارهاي مديريت شهري در اين زمينه توجهي نشد. وي در ادامه افزود: با تصويب اين ماده، طبق برنامه ششم توسعه حدود 2هزار ميليارد تومان از اعتبارات شهر تهران كاسته مي‌شود.
رئيس شوراي شهر تهران خاطرنشان كرد: نگراني اصلي مديريت شهري درخصوص اين مصوبه علاوه بر وابسته كردن درآمد شهرداري‌ها به دولت، مسئله استقلال مالي است؛ به‌طوري كه نمايندگان شوراي شهر بحث گرفتن پول از خزانه را به‌عنوان يك مشكل اساسي با نمايندگان مجلس مطرح كرده بودند اما در تصويب اين ماده از لايحه برنامه ششم به اين موضوع توجهي نشد.
- تقسيم عوارض آلودگي هوا
نمايندگان مجلس همچنين در ادامه بررسي لايحه برنامه ششم توسعه مصوب كردند: 30درصدعوارض ارزش افزوده دريافتي از واحدهاي توليدي مستقر در شهرك‌ها و نواحي صنعتي شهرستان‌ها براي تأمين زيرساخت‌ها و ارائه خدمات در آنها و تكميل پروژه‌هاي نيمه تمام شهرك‌ها و نواحي صنعتي استان، در اختيار شركت شهرك‌هاي صنعتي استان قرار مي‌گيرد. با تصميم مجلس قرار است عوارض آلودگي واحدهاي توليدي موضوع قانون ماليات بر ارزش افزوده در هر شهرستان به نسبت جمعيت بين شهرداري‌ها، دهياري‌ها و فرمانداري‌هاي (براي روستاهاي فاقد دهياري) مناطق عشايري همان شهرستان توزيع شود.