نكته حائز اهميت براي اجراي اين گايدلاينها هماهنگي ميان بيمه‌ها، انجمن‌هاي علمي پزشكي و مديران وزارت بهداشت است. منظور از گايدلاينها در كشورهاي توسعه‌يافته اين است كه براي درمان بيماري چند راهنماي باليني وجود داشته باشد و بيمار در انتخاب يكي از آنها آزاد باشد.
مهم‌ترين پاشنه آشيل طرح تحول سلامت، كمبود اعتبارات است. به‌نظر مي‌رسد با اجرايي شدن اين دستورالعمل‌ها محل هدررفت منابع سلامت مشخص و طرح تحول قوت بيشتري بگيرد. با تدوين گايدلاينها خدمات سلامت در تمام حوزه‌هاي درمان سرپايي، جراحي، تغذيه، بازتواني، مامايي، خدمات دارويي ازجمله داروسازي باليني، تجويز آزمايش و تصويربرداري، خدمات طب مكمل و خدمات مختلف پيشگيري ازجمله طب تكامل كودكان در كشور استاندارد خواهد شد. به اعتقاد وزير بهداشت راهنماهاي باليني كمك بزرگي به سيستم سلامت كشور مي‌كنند. دكتر سيد‌حسن قاضي‌زاده هاشمي در اين‌باره گفت: به‌طور كلي اين طرح منجر به ارتقاي خدمات پزشكي و بهداشتي شده و خطاهاي پزشكي را كاهش داده و منابع هزينه‌اي را كنترل مي‌كند.
وي با بيان اينكه راهنماهاي باليني هم ريسك پزشك و هم ريسك بيمار را كاهش داده، افزود: راهنماي باليني در بخش‌هاي مختلف هم مانند آزمايشگاه و... ريسك را كاهش مي‌دهد. در عين حال احكامي كه در محاكم در حوزه پزشكي صادر مي‌شود با وجود اين راهنماهاي باليني عادلانه‌تر خواهد شد.
- گايدلاين‌هاي بومي و قابل اصلاح
معاون درمان وزارت بهداشت نيز معتقد است كه استفاده از راهنماهاي باليني منجر به كاهش خطاهاي پزشكي مي‌شود. محمد آقاجاني گفت: راهنماهاي باليني مي‌توانند در ارتقاي كيفيت خدمات، كاهش خطاهاي پزشكي و افزايش ارتقاي ايمني بيمار نقش‌آفريني كنند.
اجراي راهنماهاي باليني در كشورهاي توسعه يافته از چند دهه گذشته آغاز شده است. در عين حال اغلب كشورهاي در حال توسعه نيازمند تدوين اين گايدلاينها بودند اما اين كشورها بيشتر براساس نيازها، اولويت‌ها، قوانين، سياست‌ها و منابع‌شان اين راهنماهاي باليني را بومي‌سازي مي‌كردند. گايدلاينها در ايران نيز با همكاري متخصصان بومي‌سازي شده است.
آقاجاني با تأكيد بر اينكه راهنماهاي باليني بايد براساس نياز كشور يا درخواست دانشگاه‌ها و وزارت بهداشت توليد شوند، گفت: در عين حال اين راهنماها بايد براساس منابع ملي و داخلي مرتبا مورد بازنگري قرار گيرند. يكي از اقدامات مؤثر در اين زمينه ابتكار وزير بهداشت جهت تشكيل شوراي راهبري راهنماهاي باليني بود كه در حوزه توليد و اجراي آنها كمك مي‌كند.
علاوه بر تأكيدات معاون درمان، آنچنان كه باقر لاريجاني، معاون آموزشي وزير بهداشت در جلسه رونمايي از گايدلاينها گفت: اين دستورالعمل‌ها وحي منزل نيستند و با دريافت بازخورد اجراي آن از سوي جامعه پزشكي قابل اصلاح هستند. وي گفت: به دانشگاه‌هاي علوم پزشكي اجازه داده شده است با توجه به وضعيت بومي خود، اين دستورالعمل‌ها را به كمك 20هزار هيأت علمي خود بومي‌سازي كنند. علاوه بر آن با توجه به پويايي علم پزشكي، دستورالعمل‌هاي استاندارد خدمات پزشكي براساس يافته‌هاي جديد علمي به روز رساني مي‌شوند.
- ساماندهي پرداخت‌ها
وزارت بهداشت اميدوار است كه سازمان‌هاي بيمه‌گر نيز براي استقرار اين راهنماها همكاري كنند. محمد جواد كبير، رئيس سازمان بيمه سلامت كه به‌عنوان يكي از بيمه‌هاي پايه در كشور است از اين طرح استقبال كرد. وي گفت: اجراي گايدلاينها به‌تدريج نظام پرداخت‌ها را نيز سامان مي‌دهد. اعلام آمادگي مي‌كنيم تا درصورت مشخص شدن قلمرو كار راهنماها بتوانيم با استراتژي‌هايي مانند پرداخت‌هاي تشويقي به استقرار آنها كمك كنيم؛ البته بايد توجه كرد كه براي پياده‌سازي آنها به يك چارچوب مشخص نياز داريم و بايد هيأت‌هاي بورد هم در حوزه وزارت بهداشت و هم در حوزه نظام پزشكي را به‌عنوان يك ارزش تلقي كنند و در ارزشيابي دانشگاه‌ها رتبه‌اي براي آنها قائل شوند. حال بايد ديد بيمه‌ها با انعطافي كه دانشگاه‌هاي پزشكي در تدوين و تغيير استاندارد‌هاي درمان دارند كنار خواهند آمد و اجرايي‌شدن راهنماهاي باليني گرهي بر فرآيند درمان خواهد بود يا به مانند بسياري از كشورهاي پيشرفته، بيمار در فرآيند درمان حق انتخاب خواهد داشت و بيمه‌ها در انتخاب راه، همراه بيمار خواهند بود.