خردسالي امام، سبب بروز اختلافات در بدنه شيعيان شد و آن را منافي امر عظيم امامت مي‌دانستند. اين تحير تا آنجا بود كه شخصيتي مانند يونس‌بن‌عبدالرحمن هنگام اندوه ديگر بزرگان شيعه براي امام رضا(ع)، ديگران را اينگونه خطاب مي‌كند كه از گريه و زاري دست برداريد... بياييد فكري بينديشيم تا زماني كه اين كودك بزرگ شود، مسائل ديني خويش را از چه‌كسي بپرسيم؟
از علل مشتبه شدن امر امامت بر رهروان اهل‌بيت(ع) پس از شهادت امام هشتم مي‌توان به درگيري‌هاي شديد كلامي بين شيعيان اماميه، وجود فرقه‌هاي متعدد با رويكردهاي متفاوت نظير اهل حديث، زيديه، اسماعيليه، واقفيه، فطحيه، غاليان و قدرت يافتن مكتب معتزله در بغداد اشاره كرد. مخالفان امامت امام جواد(ع) با رجوع به عقل ظاهربين خود، آن را غيرقابل توجيه دانسته و از اين‌رو سراغ عبدالله‌بن‌موسي‌بن‌جعفر، برادر امام رضا(ع) رفتند و پس از آنكه دريافتند عبدالله از پاسخگويي به سؤالات آنان ناتوان است، امامت وي را نپذيرفتند. برخي از شيعيان نيز به واقفيه پيوستند؛ گروهي كه پس از شهادت موسي‌بن‌جعفر(ع) بر آن امام توقف كردند و از اطاعت امام رضا(ع) سر باز زده بودند.
با اين حال، بخش عظيمي از شيعيان راستين به امام‌جواد(ع) رجوع كردند و چون از مسئله سن امام پرسيدند، از امام جواد(ع) دلايلي بر انكار شرط بلوغ براي امامت مي‌شنيدند؛ مانند، نبوت حضرت عيسي(ع) در دوران شيرخوارگي، نبوت حضرت يحيي(ع) در دوران طفوليت و جانشيني حضرت سليمان(ع) از داوود(ع) در دوران كودكي.
در ادامه حيات امام(ع)، حضور ايشان در مناظرات مختلف با دانشمندان و شخصيت‌هاي بزرگ بود كه پيروزي‌هاي قاطعي در پي داشت. پاسخ‌هاي صريح و محكم امام‌جواد(ع)، نشان از جامعيت علمي امام(ع) در پرتو علم الهي داشت و خود دليلي ديگر بر امامت منصوص ايشان بود.
اين پيروزي‌هاي پي در پي، براي شيعيان اطمينان خاطر به‌وجود آورد كه امام محمدتقي(ع)، بي‌ترديد رهبر شيعيان است و ديگر اينكه، خردسالي خللي در امر امامت وارد نمي‌كند به‌همين دليل، پس از شهادت امام جواد(ع)، بدون شك و شبهه‌اي، امامت امام هادي(ع) را- كه در سنين كودكي به امامت رسيد- پذيرفتند.