او در سال 1965 پس از کودتایی که گفته می‌شد توسط کمونیست‌ها به ثمر رسیده است، در اندونزی به قدرت رسید.
سوهارتو سرانجام در ماه مارس 1967 جایگزین سوکارنو شد. طی دهه‌های 1970 و 1980 میلادی و پس از اجرای برنامه‌های مدرنیزاسیون، استاندارد‌های زندگی در اندونزی بالا رفت.
در سال 1975 ارتش اندونزی تیمور شرقی را به تصرف خود در آورد. در دهه 1990 میلادی بحران اقتصادی در آسیا بر اقتصاد اندونزی نیز تاثیر گذاشت.
سوهارتو در سال 1998 به دلیل افزایش بی سابقه قیمت‌ها و ناراضایی عمومی مجبور به کناره گیری از قدرت شد.
در سال 2000 نیز قضات دادگاه اعلام کردند که سوهارتو به دلیل وضعیت نامساعد جسمانی نمی‌تواند در دادگاهی که قرار است اتهامات مالی وی را مورد رسیدگی قرار دهد، حاضر شود.
خبرگزاری‌ها روز یکشنبه 27 ژانویه 2008خبر مرگ وی را مخابره کردند.