در سال 1973 محمد داوود خان، از خویشان پادشاه افغانستان، علیه وی دست به کودتا زد. محمد ظاهر از آن سال به بعد تا سال 2002 (سرنگونی رژیم طالبان در افغانستان) در خارج از این کشور اقامت داشت.
محمد ظاهر در آوریل سال 2002 که به افغانستان بازگشت، شاهد برقراری نظام جمهوری با تصمیم لوی جرگه در این کشور بود. او تا هنگام مرگ در کابل اقامت داشت اما در این مدت، چند بار برای انجام معاینات و معالجات پزشکی به خارج سفر کرد.
وی در مراسم ادای سوگند ریاست جمهوری حامد کرزای در دسامبر سال 2004 شرکت داشت.
محمد ظاهر روز 23 ژوئیه 2007 (اول مرداد 86) درگذشت.
