برای تدوین این برنامه، شناسایی مسائل اصلی شهر تهران و اولویت‌بندی آنها و نیز شناسایی چالش‌ها و تغییرات مهم محیط پیرامون از سطوح جهانی تا منطقه پیرامون شهر در دستور کار قرار گرفت. علاوه بر این، با بررسی سریع در وضعیت موجود سازمان شهرداری و تدوین «گزارش تحویل و تحول شهرداری تهران» مهم‌ترین چالش‌های سازمانی،مدیریتی و مالی شهرداری تهران به‌عنوان سازمان متولی و مجری برنامه‌های توسعه شهری شناسایی شد و مسائل مهمی چون ساختار حکمروایی نادرست، بدهی‌ها و تعهدات مالی انباشته و بسیار بزرگ، تراکم غیرمتعارف نیروی انسانی، ساختار سازمانی گسترده، ناهماهنگ و ناکارآمد به‌عنوان مهم‌ترین مسائل درون شهرداری شناسایی و احصا شد.
براساس مجموعه مطالعات و بررسی‌های انجام‌شده و گفت‌وگوی مؤثر میان مدیران و کارشناسان شهرداری با اعضای شورای اسلامی شهر، این شورا در اسفندماه 1396مسائل و موضوعات کلیدی زیر را به‌عنوان دستور کار اصلی آینده شهر و محورهای اصلی برنامه سوم شهر تهران تصویب و به شهرداری ابلاغ کرد:
- کاهش آلودگی‌های زیست‌محیطی
- بهبود نظام حمل‌ونقل همگانی و کاهش ترافیک
- کاهش نابرابری‌های فضایی و بهبود شاخص‌های عدالت‌اجتماعی و فضایی
- کاهش آسیب‌های‌اجتماعی، بهبود سلامت شهری و دستیابی به انسجام و پایداری فرهنگی و اجتماعی
- صیانت از باغ‌ها، نوسازی بافت‌های فرسوده، صیانت از بافت تاریخی، حفاظت از حریم و بهبود سیما و منظر شهری
- بازسازی مالیه شهری، ایجاد و تقویت سازوکارهای سرمایه‌گذاری و توسعه کسب‌وکارهای شهری
- بهبود حکمروایی شهری، هوشمندسازی، شفافیت، ایجاد سازوکارهای مشارکت فراگیر شهروندان و نظارت‌پذیری
«لایحه برنامه سوم توسعه شهر تهران (1402-1398)» محصول فعالیتی 9ماهه با پیوستاری از مطالعات یادشده تا سازماندهی و ترسیم گردش کار، تدوین مدل راهنما و روش‌شناسی، انجام تحلیل‌های کارشناسی، برنامه‌ریزی راهبردها و تدوین برنامه عملیاتی شامل اهداف، سیاست‌ها، شاخص‌های سنجش و نهایتا احکام قانونی است.
این فرایند فشرده و چندوجهی با مشارکت صدها نفر از مدیران و کارشناسان و صاحب‌نظران شهری انجام‌شده و رویدادی مثال‌زدنی و کم‌نظیر در تاریخ برنامه‌ریزی توسعه و مدیریت شهری کشورمان به‌شمار می‌رود.
برنامه سوم به‌طور منطقی هم برنامه توسعه شهر تهران است و هم برنامه اصلاحات ساختاری شهرداری تهران. برای اجرای مؤثر برنامه و تحقق اهداف، اصلاحات موردنیاز در ساختار تشکیلات و سازماندهی منابع انسانی، نظام تأمین مالی، نظام مدیریت و روش‌ها و فرایندها و فناوری انجام مأموریت‌های شهرداری تهران پیش‌بینی شده و مهم‌تر از همه شهرداری ملزم شده است که دامنه و اولویت‌بندی مأموریت‌ها و وظایف و دامنه و نوع ابزارها و اختیارات را به‌روشنی بازتعریف کند.
از این‌رو فروگذاری تصدی‌های غیرمأموریتی، واگذاری تصدی‌های غیرضرور، تمرکززدایی، چابک‌سازی سازمانی، دستیابی به شفافیت، پاسخگویی و نظارت‌پذیری و مشارکت حداکثری، تحول سازمانی بر مبنای فناوری‌های نوین و توانمندسازی منابع انسانی به‌طور متناسب با اهداف و راهبردهای برنامه، مورد توجه قرار گرفته است.
در این برنامه ایجاد نظام نوآوری شهری، هوشمندسازی، بهره‌مندی از فناوری‌های نوین چه در کسب‌وکار و تولید ثروت و چه در مدیریت و سیاستگذاری چه به‌مثابه راهبرد توسعه و چه به‌عنوان ابزاری مؤثر برای ارتقای کیفیت زندگی و کاهش فقر و نابرابری و نیز بهبود حکمرانی شهری مورد توجه قرار گرفته است.
مهم‌ترین مأموریت برنامه سوم توسعه شهر تهران تحول بنیادین سرمشق و رویکرد از اقتصاد محلی و بسته و ناپویای مبتنی بر ساختمان به اقتصاد مبتنی بر دانش و فناوری‌های نوین و مقاوم و رقابت‌پذیر و هم‌پیوند با فرصت‌های فراملی و تحول نظام مدیریت از مدیریت ساخت و سازی به مدیریت سازوکاری و ارتقای کیفیت نهادی و توجه به دستاوردهای نهایی سیاستگذاری و آثار آن بر کیفیت زندگی احساس‌رضایت و تعلق اجتماعی و برخورداری و فرصت‌های برابر توسعه انسانی برای شهروندان است.