امام محمد باقر(ع)، رهبر شیعیانی بود که بعدها با نام اثنی عشری شهرت یافتند و زید، جنبشی دیگر را در عالم سیاست پدید آورد که با نام خودش به زیدیه شهرت یافت.
زید معتقد بود که امام باید لزوما در شرایط ظلم قیام کند و از این‌رو از شیوه برادر پیروی نکرد و شورشی مسلحانه را در عراق سازمان داد.قیام زید پس از ده ماه در سال 121 هجری در شهر کوفه سرکوب شد. والی اموی کوفه که یوسف بن عامر نام داشت، چندان در کشتار پیروان او خشونت به خرج داد که بخش مهمی از خانواده‌های ایشان از کوفه کوچیدند. یوسف پس از به قتل رساندن زید، جسد او را به دار آویخت و آن را به مدت پنجاه ماه به همان وضع نگه داشت. بعد هم جسد را سوزاند و نیمی از خاکسترش را در فرات ریخت و نیمی دیگر را به کشتزارها و به مردم کوفه پیام داد که حالا همگی زید را می‌خورید و زید را می‌آشامید!
فرزندان زید در زمان وقوع این وحشیگری‌ها، از کوفه گریختند. زید پنج پسر به نامهای محمد، عمر، عیسی، حسین و یحیی داشت که آخری در تاریخ از همه نامدارتر است. یحیی به خراسان گریخت و در آنجا با گروهی از خوارج روبه‌رو شد که می‌خواستند به او بپیوندند. اما یحیی به صلاحدید اطرافیانش ایشان را نپذیرفت و به بیهق رفت و برای مدتی در آنجا ماند. آنگاه، با صد و بیست تن از پیروانش به نیشابور رفت و در نبردی تماشایی حاکم اموی شهر – عمر بن زراره قسری- را که از سرداران بزرگ اموی و فاتح سرزمینهای ایران شرقی در زمان هجوم اعراب بود شکست داد و او را کشت. چیرگی یحیی بن زید بر نیشابور به فراگیر شدن جنبش وی انجامید و مردم خراسان از هر سو به او روی آوردند. نصر بن سیار، واپسین والی اموی خراسان ، سپاهیانی را برای سرکوب این قیام گسیل کرد که با خشونت بسیار خراسانیان را کشتار کردند. در نهایت، نصر خود به همراه سپاهی بزرگ به سوی یحیی رفت. دو سردار در رمضان سال 125 هجری در مرورود با هم روبه‌رو شدند و یحیی با وجود دلاوری سپاهیانش، در میانه نبرد کشته شد.
یحیی بن زید در میان مردم خراسان محبوبیتی بسیار داشت و شورشی که به پا کرد، مقدمه‌ای شد برای جنبش سیاه جامگان و بسیج عمومی مردم خراسان به دست ابومسلم خراسانی که در نهایت به نابودی حکومت اموی انجامید. به تعبیری، قیام یحیی در نیشابور را باید پیش درآمدِ جنبش ابومسلم دانست. چنان که مورخان ثبت کرده اند، مردم خراسان چندان از کشته شدن یحیی بن زیدِ نوجوان آزرده شدند که در سالمرگ وی، در خراسان پسری‌زاده نشد، مگر آن که اسمش را زید یا یحیی بگذارند!