مختار، یکی از جوانان خاندان ثقفی بود که از ابتدای درگیری میان خاندان اموی و هاشمی، طرف شاخه هاشمی قریش را گرفته بودند و در میان نزدیکان امام اول و دوم شیعیان بودند. عمویش، سعد بن مسعود ثقفی، عامل حضرت علی(ع) و امام حسن(ع) در مداین بود و بهدلیل حسن سلوک و رفتار نیکویش با مردم محلی شهرت داشت. خودِ مختار، در آن زمان که امام حسین(ع) قیام کرد و مسلم بن عقیل را برای بیعت گرفتن از مردم کوفه به این شهر فرستاد، به یاری او برخاست و از نزدیکان مسلم بود. زمانی که والی کوفه مسلم بن عقیل را به قتل رساند، مختار را نیز دستگیر و زندانی کرد.
ابن زیاد، در زندان با عصا چندان مختار را کتک زد که یکی از چشمانش نابینا شد. با این وجود، با وساطت خواهر مختار، صفیه که همسر عبدالله بن عمر خطاب بود و به خاندان اشرافی عربِ آن زمان تعلق داشت، از بند رست و آزاد شد. مختار پس از آزاد شدن، به عبدالله بن زبیر پیوست و برای مدتی از او در برابر امویان طرفداری کرد. اما خیلی زود از او برید و شروع کرد به دعوت کردن به اسم محمد بن حنیفه، که در این زمان در مدینه ساکن بود. مختار به کوفه رفت و به جنبشی پیوست که هم پیمانان قدیمی امام حسین(ع) سردمدارانش بودند. این هم پیمانان، همان کسانی بودند که پس از بگیر و ببندهای ابن زیاد، سکوت کرده و از یاری به امام خودداری کرده بودند، و حالا، پس از واقعه کربلا از کردار خود پشیمان شده و توبه کرده بودند.
از اینرو نیز حرکت ایشان قیام توابین نامیده میشد. رهبر ایشان، سلیمان بن صُرَد بود که رئیس شیعیان کوفه به شمار میرفت. والی اموی کوفه، وقتی از دامنه دار شدنِ این قیام خبردار شد، سلیمان را زندانی کرد. اما سلیمان از زندان به دوستش رفاعة بن شداد نامه نگاشت و او با یاری مختار ثقفی و ابراهیم بن مالک اشتر – فرزند سپهسالار حضرت علی(ع)، در کوفه شورش کردند و سلیمان را از زندان رهاندند. مختار در این هنگام بهعنوان رهبر قیام کوفه اسم و رسمی یافته بود و رهبر قیام دانسته میشد.
مختار هم سرداری دلاور بود و هم سازمان دهندهای لایق. او به سرعت از میان ایرانیانِ کوفه که جمعیتی بسیار داشتند و موالی نامیده میشدند، یارگیری کرد. موالی، در اصل به معنای هم پیمان بود، اما در این معنی خاص، به بردگانی اطلاق میشد که آزاد شده بودند و پس از آن به قبیله ارباب سابق خود منسوب میشدند. موالی در این هنگام نوعی شهروند درجه دوم و نیمه برده محسوب میشدند و قوانینی سخت محدودکننده بر ضدشان وجود داشت. با توجه به این که بیشتر این موالی فرزندانِ سربازانِ ارتش ساسانی یا اسیرانی بودند که در زمان هجوم اعراب از شهرهای ایرانی به بردگی گرفته شده بودند، از موقعیت خویش ناراضی بودند و گذشته از انگیزه پررنگ دینی، به دلایل اجتماعی نیز برای پیوستن به قیامی از این دست آمادگی داشتند.مختار با بسیج ایرانیان موفق شد در قلب سرزمین های خلافت اموی، نیرویی بزرگ و مقتدر را بر ضد امویان بسیج کند.
او علاوه بر کوفه، شهرهای موصل و بصره را نیز فتح کرد، و بخش مهمی از سرزمین اَراک (همان که معربش عراق است و در پهلوی قلب و سرزمین میانی معنا میدهد) را فتح کرد. او تعقیب و سیاست قاتلان امام حسین(ع) و هواداران حکومت اموی را آغاز کرد و شمر ذی الجوشن و عمرو بن سعد بن ابی وقاص- پسر سپهسالار اعراب در جنگ قادسیه- را دستگیر کرد و به قتل رساند. سرهای ایشان به علامت هواداری و تابعیت، به مدینه و نزد محمد حنیفه ارسال شدند. با این وجود محمد حنیفه از تأیید رسمی قیام ایشان خودداری کرد.
اندکی بعد، عبدالله بن زبیر که از سوی دیگر در برابر امویان علم طغیان برافراشته بود، مدینه را فتح کرد و از آنجا که محمد حنیفه با وی بیعت نمیکرد، او را در خانه اش بازداشت کرد و حتی قصد آتش زدن خانه اش را داشت. اما مختار چهارصد تن از مریدان خود را به مدینه فرستاد و ایشان وی را از خطر رهاندند. مریدان و هواداران مختار را در عراق خشبیه مینامیدند، از اینرو که گرزهایی چوبی سلاح اصلی شان را تشکیل میداد.
پیوستن نیروهای ایرانی به مختار چندان دامنه دار بود که وقتی سفیری از شام برای مذاکره با ابراهیم بن مالک اشتر وارد اردوی سپاه مختار شد، از زمانی که از دروازه اردو گذشت تا وقتی که با خودِ ابراهیم مذاکره کرد، یک کلمه عربی نشنید. به همین دلیل هم به تدریج گروههای عربی که هوادار وی بودند و به سنت جاهلی اشرافیت اعراب باور داشتند، به تدریج از گرد او پراکنده شدند. با این وجود کار مختار تا مدتی بعد پیش رفت. در نخستین روز از محرم سال 67 هجری، مختار و ابراهیم به همراه دوازده هزار تن از پیروانشان در کرانه رود خازَر در نزدیکی موصل، در نبردی بزرگ بر ابن زیاد و حصین بن نمیر که از بزرگترین دشمنان خاندان علوی بودند پیروز شدند، و ابن زیاد را به قتل رساندند.
پس از این نبرد، شکاف های درونی جبهه مختار به تدریج رخ نمود و وقتی مختار همراهی ابراهیم را از دست داد، به تدریج بختی واژگونه یافت. غم انگیز آن که عامل از میان بردن مختار، دشمنان اصلی اش یعنی امویان نبودند، که اعضای خاندان زبیر - هم پیمانان سابقش- به شمار میرفتند. مصعب بن زبیر، که سردارِ بزرگِ عبدالله بن زبیر بود و از خلافت برادرش هواداری میکرد، به کوفه تاخت و در شرایطی که توانسته بود در میان پیروان مختار تفرقه ایجاد کند، ایشان را در نبردی سهمگین در هم شکست.
مختار و ایرانیانِ هوادارش، به ارگ کوفه عقب نشستند و در آنجا چندان مقاومت کردند که مختار در جنگ کشته شد. آنگاه، هفت هزار از ایرانیانِ محاصره شده و خانواده مختار با این شرط که به جانشان تعرض نشود، تسلیم شدند. مصعب به ایشان امان نامه داد، اما به محض آن که به آنها دست یافت، دستور داد هفت هزار ایرانی را به قتل برسانند، و زنِ مختار – اسماء بنت نعمان- را هم که حاضر نشد شوهرش را در برابر مردم لعن کند، گردن زد. به این ترتیب قیام مختار پس از دو سال فرو مرد. هرچند کامیابی چشمگیر آن در این مدت و انتقامی که از قاتلان خاندان امام حسین(ع) گرفت، دیباچهای شد برای قیام های دیگر، که در نهایت به سرنگونی نظام اموی انجامید.