اما واقعیت این است که در میان وجوه مذکور، نظام آموزشی که به گونه‌ای بنیادی بر سایر موارد سایه افکنده و شیوه گزینش دانشجو، مقطع تحصیلی، جایگاه استاد و نحوه و محتوای آموزشی را مشخص می‌کند و به تبع آن فضای آموزشی و قاعدتا شیوه رفتاری و ویژگی‌های مدیریت نهاد آموزشی را ترسیم می‌نماید، اهمیتی فراتر از موارد پیش گفته دارد.
دکتر محمدمهدی اصفهانی در این باره گفت: محصول نهایی فعالیت این مجموعه در گروه علوم‌پزشکی، دانش‌آموختگانی‌اند که با کوله‌باری از دانش و مهارت و به تناسب شرایط عهده‌دار خدمات آموزشی، پژوهشی و به‌طور عمده خدمات پزشکی می‌گردند. اینکه برای ارائه خدمات مشخص، چه سطحی از تحصیلات با گذراندن چه میزان از دروس نظری و عملی و با کسب چه توانمندی‌هایی مورد نیاز است، توسط نظام آموزشی صورت می‌گیرد.
برای مثال وقتی پرکردن قطعات یک پازل برای کسب عنوان دانش آموختگی کافی است، این سؤالات قابل طرح است که پر کردن هر یک از قطعات پازل با کسب چند درصد از اهداف آموزشی مربوط میسر است؟ آیا پرشدن یک پازل واقعا مترادف کسب مجموعه آگاهی‌ها و مهارت‌های ضروری برای ارائه خدمات تعریف شده است یا نه؟ همین‌طور برای برنامه‌های آموزش مداوم گروه پزشکی نیز سؤالات مشابهی در این زمینه وجود دارد.
به‌عنوان نمونه چند درصد این امتیازات باید مشخصا همسو با زمینه تخصصی فراگیر باشد تا بتوان به ارتقاء‌علمی و مهارتی باور داشت؟ فقه اسلامی با طرح قاعده پیشرو و پیش‌برنده ضمانت طبیب و خانواده علوم پزشکی انتظار دارد که دانش‌آموختگان علوم پزشکی با برخورداری از حد قابل‌قبول علمی و عملی و مراعات عرف عملی زمان و اعمال دقت و رعایت حقوق مشروع گیرندگان خدمت و در شرایط ضرورت با اخذ برائت - و اگر واقع‌گرایانه‌تر بنگریم - خود را در جایگاه امین قرار دهند تا در قبال پیامدهای ناخوشایند احتمالی که ناشی از کاستی‌های حرفه‌ای نیست ضامن نباشد.
استاد دانشگاه علوم‌پزشکی ایران در ادامه سخنرانی خود گفت: با توجه به مباحث یادشده نمی‌توان از مسئولیت‌های انفرادی و سیستماتیک در بحث ضمانت پزشکی غفلت کرد و به عبارت دیگر درصورت وقوع پیامدی ناخوشایند مثلا در یک رفتار درمانی به استیضاح و توبیخ و مجازات پزشک یا پیراپزشکی که مباشرتاً در آن نقش دارد بسنده کرد و مسئولیت نظام آموزشی را که دانش‌آموختگان علوم‌پزشکی محصول برنامه‌ریزی، فعالیت و تائید شایستگی توسط آن هستند، به تغافل سپرد، حتی اگر نتوان در استیضاح نظام آموزشی به افراد مشخص به‌عنوان مباشر و متهم رسید.
طرح این مسئله مستلزم بازنگری در مصادیق ضمانت پزشکی به‌خصوص در شرایط پیشرفت‌های سریع علمی امروز و طبعا طبقه‌بندی موارد ضمانت در گروه ضمانت انفرادی، ضمانت سیستماتیک و ضمانت سیستمیک است.
یادآوری این نکته نیز که دامنه عملکرد اخلاق پزشکی گسترده‌تر از فقه پزشکی و گستره فقه پزشکی به لحاظ اعتقاد به نظارت الهی وسیع‌تر از قانون پزشکی است، جای تامل دارد؛ چرا که بنا به ضرب‌المثل لاتینی مصادیق جرم و مجازات با تعریف قانونی آن مشخص می‌شود و در موارد سکوت قانون یا فقدان تعریف مشخص، مسکوت می‌ماند و البته اخلاق پزشکی اسلامی هم فراتر از وظیفه اخلاقی با رویکرد مکارم اخلاق فراتر از وظیفه شرعی به رسالت تتمیم مکارم اخلاقی می‌نگرد و حتی اگر در مواردی نیز فقه تکلیف ویژه‌ای مشخص نکرده باشد، تکلیف اخلاقی رفتار پزشکی و حرفه‌ای را معین می‌کند.
دکتر محمدمهدی اصفهانی در ادامه سخنرانی خود افزود: اگر چه عمیقا معتقدیم که در ژرفای فقه اسلامی بستر اخلاقی به‌صورت نهفته یا پیدا وجود دارد، اما اینکه با گشودن این بحث و ورود به عرصه آن چگونه می‌توان تا حد امکان پیوند اندیشمندان حوزوی و دانشگاهی را برای طرح مسئله و چاره‌جویی‌های منطقی و قابل دفاع بر پایه آموزه‌های اسلامی صورت داد و چگونه در درجه اول می‌توان در نظام آموزشی بازنگری کرد و سپس در وجوه دیگر یعنی دانشجو، استاد، محتوای آموزشی، فضای آموزشی و مدیریت به ارزیابی مجدد کارکرد نهاد آموزش پرداخت و پیش‌نیاز‌های لازم برای انجام و به سامان شدن این حرکت را بررسی کرد، بحثی است که هنوز ادامه دارد.