در این‌باره شرکت «مدیریت منابع آب ایران» با دلایل و مستندات زیر اعلام می‌کند در این پروژه به ملاحظات زیست‌محیطی و رعایت کامل حقابه محیط‌زیست و کشاورزی توجه ویژه‌ای شده است و قرار نیست هیچ اتفاقی در جریان طبیعی رودخانه کرج رخ دهد. براساس توضیحات شرکت مدیریت منابع آب ایران، از همان ابتدای اجرای طرح انتقال آب به تهران، دغدغه‌ها و ملاحظات زیست‌محیطی در ارتباط با سرنوشت رودخانه کرج، پس از بهره‌برداری از تونل، برای مجریان و مسئولان مطرح بوده است. با پیگیری‌های به‌عمل‌آمده، این موضوع در مراجع مسئول از جمله سازمان حفاظت از محیط‌زیست، مجلس شورای اسلامی، سازمان بازرسی کل کشور، شورای اسلامی وقت شهر کرج و در نهایت هیئت دولت مطرح شد و پس از اطلاع‌رسانی و شفاف‌سازی ابهامات در جلسات متعدد در سطوح کارشناسی و مدیریتی، انتقال آب از طریق تونل به تصفیه‌خانه ششم تهران، به تصویب کمیسیون امور زیربنایی، صنعت و محیط‌زیست دولت رسید.
بر این اساس، مقرر شد با بهره‌برداری از تونل انتقال آب کرج‌ـ تهران، رژیم جریانی رودخانه کرج بر اساس شاخص‌های زیست‌محیطی تغییر نکند. در مصوبه هیئت دولت، سهم زیست‌محیطی رودخانه کرج نیز بر اساس مطالعات زیست‌محیطی که پیش از اجرای طرح صورت گرفته و به تأیید سازمان حفاظت محیط‌زیست کشور رسیده بود، مصوب شد و وزارت نیرو مکلف به تأمین آن شده است. هم‌چنین، بر اساس مطالعات انجام شده، آورد رودخانه کرج در سال‌های پر آب تا ۶۰۰ میلیون‌مترمکعب در سال و میانگین آورد ۵۵ ساله رودخانه مذکور به ۴۶۰ میلیون‌مترمکعب می‌رسد.
تخصیص سالانه آب شرب تهران و کرج از سد کرج، ۳۴۰ میلیون‌مترمکعب و زیست‌محیطی ۳۰ میلیون مترمکعب است که معمولاً برای باغ‌ها و کشاورزی استفاده می‌شود. با توجه به اینکه در مطالعات طرح به ملاحظات زیست‌محیطی و تعیین حقابه زیست‌محیطی پایین‌دست رودخانه کرج، بر اساس الگوهای مورد تأیید سازمان حفاظت محیط‌زیست، توجه ویژه‌ای شده است، بنابراین، طرح موضوعاتی از جمله مرگ رودخانه کرج و خشک شدن مسیر رودخانه در جاده «چالوس» و باغ‌های پایین‌دست و دیگر موارد مشابه، صحت ندارد. اکنون، تصفیه‌خانه‌های ۱ و ۲ تهران ظرفیت استفاده از این تخصیص را ندارد و تنها ۲۶۰ میلیون‌مترمکعب در سال از طریق رودخانه کرج را منتقل می‌کند.