وی در باشگاه‌های تراکتور سازی، کشاورز، آرمینیا بیله فلد آلمان، النصر امارات، چارتون انگلستان، السد قطر و پرسپولیس تهران سابقه بازی دارد.
در مراسم بهترین‌های فوتبال سال ایران، کریم باقری با کسب بالاترین امتیاز از بین بهترین‌های فوتبال سال 87، مرد سال فوتبال ایران شد.
کریم باقری در 16 خرداد سال 1372 برابر تیم ملی پاکستان در جام اکو، اولین بازی ملی خود را انجام داد و 80 بازی ملی و 47 گل در کارنامه ملی خود دارد.
باقری در سال 1387 از تیم ملی خداحافظی کرد اما با بازیهای شگفت‌انگیزی که همان سال در لیگ برتر در تیم پرسپولیس انجام داد، علی دایی؛ مربی وقت تیم ملی را وادار کرد تا از او بخواهد در تیم ملی در مسابقات مقدماتی جام جهانی 2010 او را یاری کند.
کریم باقری با شرکت در دیدار دوستانه ایران و برزیل در 15 مهر 1389 با دنیای فوتبال ملی وداع کرد.
همچنین وی که یکی از محبوبترین بازیکنان تاریخ فوتبال ایران است، در سال 1389 هم‌زمان با 8 آذر و بازی تاریخی با استرالیا از فوتبال خداحافظی کرد. او پس از 18 سال بازی در تیم‌های مختلف کفش‌هایش را آویخت.
برخي از افتخارات کریم باقری:
- طلای سیزدهمین دوره بازیهای آسیایی (۱۹۹۸ بانکوک)
- قهرمان جام اکو (۱۹۹۲ تهران)
- حضور در جام جهانی (۹۸ ــ فرانسه)
- مقام سومی جام ملت‌های آسیا (۱۹۹۶ امارات)
- قهرمانی با پرسپولیس (لیگ ۱۳۷۵)
- قهرمانی بوندس‌لیگا همراه با بیله فلد (۹۸ ــ99)
- قهرمان جام باشگاه‌های عرب
- مقام سومی جام باشگاه‌های آسیا با السد
- بازیکن ماه آسیا
- زننده بهترین گل ماه آسیا
- برترین بازیکن جام باشگاه‌های عرب (2001)
- عضو تیم ستارگان آسیا در دیدار با ستارگان فیفا (1997)