سید جلال حسینی همچنین سابقه حضور در تیم ملی امید و تیم ملی بزرگسالان کشورمان را دارد.
وی در سال ۲۰۰۴ به تیم ملوان رفت و در یک سال حضور ۳۰ بازی انجام داد و ۵ گل به ثمر رساند. سپس وی به سایپا کرج پیوست و حدود ۴ سال پیراهن این تیم را پوشید و ۱۱۷ بازی انجام داد و ۸ گل زد.
حسینی در سال ۲۰۰۹ به سپاهان اصفهان رفت و پس از ۳ سال حضور و ۹۴ بازی، ۴ گل به ثمر رساند. وی سال ۲۰۱۲ به پرسپولیس رفت و در ۲۲ بازی یک گل به ثمر رساند. حسینی در سال ۱۳۹۳ در پایان لیگ برتر سیزدهم از پرسپولیس جدا شد و به باشگاه الاهلی دوحه پیوست.
سید جلال حسینی در فوریه سال ۲۰۰۷ پیراهن تیم ملی را به تن کرد و مقابل بلاروس اولین بازی ملی خود را انجام داد.
وی تا پایان دور مقدماتی جام‌جهانی ۲۰۱۴ برزیل ۷۵ بازی ملی انجام داد و ۵ گل به ثمر رساند و در جام جهانی ۲۰۱۴ برزیل هم حضور داشت. او در سال ۹۳ به لیگ قطر پیوست. او در تیر ماه سال ۹۴ به نفت تهران پیوست و بعد دوباره به پرسپولیس بازگشت.
سید جلال حسینی ۱۰ آذر ماه از تیم ملی خداحافظی کرد.
