نحوه ثبت اختراع در ایران و قوانین مربوط به آن از جمله مسائلی است که همواره مورد مناقشه مسوولان، کارشناسان و همچنین مخترعان ایرانی بوده است. قانون جدید ثبت اختراعات که سال گذشته به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید و اکنون برای یک دوره آزمایشی 5 ساله اجرا می‌شود، اگرچه تا حدی ایراد‌های قانون قبلی را رفع کرده است، اما همچنان با انتقاد‌هایی از سوی صاحب‌نظران مواجه است. ثبت اختراع در قوه قضاییه از مواردی است که برخی کارشناسان نسبت به آن اتقاد دارند.
«تاکنون ثبت اختراع در قوه قضاییه صورت می‌گرفت ولی با اقداماتی که صورت گرفته زمینه واگذاری ثبت اختراعات به قوه مجریه فراهم شده است تا قوه مجریه در کنار قوه قضاییه مراحل ثبت، حفظ، تجاری سازی و پیگیری جرائم را بهتر انجام دهند.» این را دکتر بهزاد مشیری عضو شورای سیاستگذاری وزارت دادگستری می‌گوید.
وی در گفتگو با مهر به فعالیتهای شورای سیاستگذاری مالکیت فکری در وزارت دادگستری اشاره می‌کند: در این شورا که وزارت علوم و پارک فناوری تهران در کنار سایر نهادها و وزارتخانه‌ها عضو هستند، سیاستگذاری در حوزه مالکیت فکری انجام می شود و شورا طرحهای ارزیابی اختراع‌ها را پیگیری می‌کند.
مشیری با اشاره به مصوبه مجلس در زمینه ثبت اختراع می‌گوید: هر چند که با این مصوبه ثبت اختراعات در داخل و خارج هدفمند شده است ولی به دلیل خود اظهاری ثبت اختراعات مشکلات عدیده ای در این زمینه وجود دارد.
مدیر مالکیت فکری پارک فناوری دانشگاه تهران با بیان اینکه در دنیا ثبت اختراعات در قوه مجریه انجام می‌شود، ادامه می‌دهد: این امر در کشور ما در قوه قضاییه صورت می‌گیرد، اما با اقداماتی که در این زمینه صورت گرفته است زمینه‌های واگذاری ثبت اختراعات به قوه مجریه فراهم شده است تا قوه مجریه در کنار قوه قضاییه مراحل ثبت، حفظ، تجاری سازی و همچنین پیگیری جرائم را بهتر انجام دهند.
عضو شورای سیاستگذاری وزارت دادگستری مرجع ارزیابی کننده طرحهای تحقیقاتی را وزارت علوم می‌داند: اخیرا سازمان پژوهشهای علمی و صنعتی ایران به عنوان مرجع تایید کننده طرحهای اختراعی، سامانه ثبت اختراعات را راه اندازی کرده است.
علاوه بر این، پارک فناوری دانشگاه تهران، دانشگاه امیرکبیر، علم و صنعت، دانشگاه فردوسی مشهد و پارک فناوری خراسان، پارکهای فناوری گیلان، آذربایجان شرقی و یزد، شهرک علمی و تحقیقاتی اصفهان و دانشگاه یزد به عنوان مرجع منطقه‌ای ارزیابی کننده اختراعات تعیین شده‌اند که لازم است این مراجع ساماندهی شوند.