علی مطهری سخنان رئیس‌جمهوری درباره ارتباط عاملان حوادث کوی دانشگاه و بازداشتگاه‌ها با دشمن را در تعارض با بیانات رهبر معظم انقلاب خواند و گفت:

اگر قرار است به اتهام همه کسانی که در دامن زدن به حوادث اخیر نقش داشتند رسیدگی شود، همه باید پاسخگوی رفتار و گفتارهای انتخاباتی خود باشند.

نماینده مردم تهران در گفت‌وگو با مهر با اشاره به اظهارات رئیس‌جمهور در نماز جمعه تهران مبنی بر اینکه کارهایی که در کوی دانشگاه و بازداشتگاه و امثال آن  انجام شد هم اجزای سناریوی دشمن بود و توسط وابستگان به جریان براندازی صورت گرفت ، افزود: برای من هم خیلی روشن نبود که مقصود رئیس‌جمهوری چیست.

شاید ایشان می‌خواهد مسئولیت رسیدگی به این تخلفات را از خود به‌عنوان رئیس شورای‌عالی امنیت ملی و مدیر بحران سلب کند.

وی با بیان اینکه رئیس‌جمهوری باید بیشتر در این مورد توضیح می‌داد، تاکید کرد: کمیته ویژه مجلس باید با جدیت کار خود را ادامه دهد. سخنان صریح مقام معظم رهبری در چند روز گذشته مؤید این مسئله است که تخلفات و بلکه جنایاتی توسط معدودی از ماموران صورت گرفته است اما حرف‌های رئیس‌جمهوری منافی با این فرمایشات رهبری است.

به هرحال تعدادی از ماموران و مسئولان آنها متهم هستند و باید محاکمه شوند. همین‌طور قضاتی که بازداشت‌شدگان را به جاهایی مثل کهریزک فرستادند باید محاکمه شوند. عضو کمیسیون فرهنگی مجلس گفت: کشور در شرایط خاص و حساسی است.

بحث دولت آقای احمدی‌نژاد و شخص آقای موسوی مطرح نیست. هم‌اکنون اساس نظام درخطر است. همه باید بکوشیم تا آنجا که ممکن است فضا را آرام کنیم و از احساس و هیجان پرهیز نماییم. باید فضا را منطقی و معقول کنیم.

اگر بناست رهبران حوادث اخیر محاکمه شوند، باید همه کسانی که در این حوادث دخیل بودند محاکمه شوند.