اگرچه در غیاب سخنگوی دولت، اسفندیار رحیم مشایی رئیس دفتر رئیس‌جمهوری یا محمدرضا رحیمی معاول اول احمدی‌نژاد، بارها گفته بودند گزینه‌های پیشنهادی وزارت آموزش و پرورش و نیرو تغییر نخواهند کرد، اما یک روز قبل از انتشار خبر انصراف آلیا، مجتبی ثمره هاشمی از احتمال تغییر این گزینه‌ها سخن گفته بود.
آلیا در نامه‌‌اش به رئیس‌جمهوری دلیل انصرافش را این‌گونه نوشته است:«بنا به مشورت‌هایی که با جمعی از همکاران محترم مجلس و دلسوزان نظام و انقلاب داشتم در جمع‌بندی به این نتیجه رسیدم که همچنان در مجلس در خدمت مردم و پشتیبان برنامه‌های دولت محترم که همانا تجلی اراده و رأی بی‌نظیر مردم است، باشم».
چندی پیش محمدتقی رهبر، رئیس مجمع نمایندگان روحانی مجلس در گفت‌وگو با همشهری، به‌دلیل مخالفت مراجع با وزارت بانوان، از توصیه نمایندگان به آلیا برای انصراف از تصدی پست وزارت آموزش و پرورش خبر داده بود. به‌نظر می‌رسد دلیل اصلی انصراف آلیا از تصدی پست وزارت آموزش و پرورش همان دلایلی باشد که زهره الهیان به استناد آن، از تصدی پست وزارت رفاه امتناع کرد.
پس از آنکه سوسن کشاورز و محمد علی آبادی به‌عنوان گزینه‌های وزارت آموزش و پرورش و نیرو نتوانستند از مجلس رای اعتماد بگیرند، پانزدهم شهریور ماه سال‌جاری رئیس‌جمهوری، فاطمه آلیا و علی ذبیحی را به‌عنوان جایگزین آنها معرفی کرد.
در آن زمان نام زهره الهیان به‌عنوان گزینه وزارت رفاه بر سر زبان‌ها افتاد، او باید جایگزین فاطمه آجرلو می‌شد که مجلس به او رای عدم‌اعتماد داده بود؛ اما الهیان بنا به‌نظر مراجع از تصدی این پست انصراف داد.
احمدی‌نژاد 18 شهریور نامه معرفی وزیران پیشنهادی آموزش و پرورش و نیرو را در حالی که نامه اعلام وصول شده و لاریجانی از برگزاری جلسات رای اعتماد در هفته آینده‌اش خبر داده بود، از مجلس پس گرفت و دلیل آن مصادف شدن جلسات رای اعتماد با لیالی قدر و تعطیلات تابستانی مجلس عنوان شد.
رئیس‌جمهوری در پاسخ به نامه آلیا مبنی بر عدم‌پذیرش پیشنهاد تصدی وزارت آموزش و پرورش این‌گونه نوشت: فرصت بسیار خوبی برای حضور بانوان در عرصه مهم تعلیم و تربیت که کار ویژه آنان است فراهم شد و متأسفم که امکان بهره‌مندی از تجربیات و توانمندی‌های ایشان فراهم نشد.