این جشنواره توسط بنیاد سینمایی فارابی و زیر نظر وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی برگزار می‌شود.
در سال‌هایی که از طول عمر این جشنواره می گذرد، آیین نکوداشت شخصیت های مهم سینمای جهان برگزار شده است. از شخصیت هایی که در مقام داور نیز با جشنواره فیلم فجر همکاری داشته اند، می توان به عنوان نمونه به فولکر شلوندورف، کریشتف زانوسی، رابرت چارتف، سمیح کاپلان اوغلو، بروس برسفورد، پرسی ادلون، پل کاکس، شیام بنگال، بلا تار، یان تروئل، هلما سندرس برامس، الیا سلیمان، آنییژکا هولاند، آندری زویاجینتسف، رستم ابراهیم بکف و … اشاره کرد.
جشنواره فیلم فجر، جایگزینی برای جشنواره بین‌المللی فیلم تهران بود که تا پیش از انقلاب اسلامی ایران در ایران برگزار می‌شد و در آن فیلم‌های برگزیده سینمای ایران در کنار آثار سینمای بین‌المللی به رقابت می‌پرداختند. بعد از انقلاب، این جشنواره تعطیل شد و بعد از ۴ سال جشنواره فیلم فجر، هم‌زمان با روزهای دهه فجر جایگزین آن شد.
نخستین دوره جشنواره فیلم فجر از ۱۲ تا ۲۲ بهمن سال ۱۳۶۱ به دبیری حسین وخشوری برگزار شد.
جشنواره فجر تا سال ۱۳۷۴ فقط به تولیدات سالانه‌ی سینمای ایران می‌پرداخت. از سال ۱۳۷۴ جشنواره به صورت بین‌المللی برگزار می‌شود و علاوه بر سینمای ایران، در بخش بین‌الملل به بررسی فیلم‌هایی از سینمای جهان می‌پردازد. در بخش‌های رقابتی این جشنواره، شرکت کنندگان برای کسب جایزه‌ی مخصوص که «سیمرغ بلورین» نام دارد با هم رقابت می‌کنند. دیپلم افتخار و لوح زرین از دیگر جوایز این جشنواره می‌باشند. طی سالیان اخیر مسابقه‌های سینمای مستند، فیلم کوتاه و مسابقه مواد تبلیغاتی و اطلاع‌رسانی نیز به بخش‌های سینمای ایران اضافه شده‌است. در ابتدای جشنواره آیین بزرگداشت یک هنرمند برگزار می‌شود و در انتها هم جوایز ویژه و مردمی به فیلم انتخاب شده با رای مردم داده می‌شود. در سال ۱۳۹۳ بخش بین‌الملل جشنواره جدا شد.