گستردگی حوزه اجرایی این قانون موجب شده است تا نگرانی و ابهام درباره میزان افزایش قیمت‌ها به نهادها و دستگاه‌های دولتی و عمومی نیز کشیده شود. در این میان، شهرداری‌ها که بزرگ‌ترین و گسترده‌ترین سازمان‌های خدمات عمومی به‌شمار می‌روند، به‌دلیل بر عهده داشتن وظایف متنوع و گسترده در حوزه مدیریت شهری و نداشتن سهم کافی از اعتبارات و بودجه دولتی، با مشکلات و موانع بسیاری در مقایسه با سایر نهادها و ارگان‌ها برای انجام وظایف روبه‌رو هستند که از مهم‌ترین این مشکلات، پیش‌بینی و ایجاد منابع درآمدی مناسب و تعیین سهم شهروندان و دولت در تامین هزینه‌های مربوط به ارائه خدمات و عمران و نوسازی شهرها‌ست.
اجرای قانون هدفمند کردن یارانه‌ها از نیمه دوم امسال که باعث افزایش هزینه‌های اداره شهر بر اثر حذف یارانه‌های انرژی می‌شود، موجب شد تا شهرداری‌های کلانشهرها پیامدهای اجرای این قانون را به‌طور ویژه بررسی کنند و برای ترازکردن هزینه‌ها و درآمدهای خود به‌دنبال راهکارهایی بگردند.
براساس نتایج به‌دست آمده از این بررسی، اجرای قانون هدفمند کردن یارانه‌ها تاثیر فراوانی در افت خدمات شهرداری و به تبع آن مدیریت شهری می‌گذارد.
محمدرضا واعظ‌مهدوی، معاون هماهنگی و برنامه‌ریزی شهرداری تهران، اجرای این قانون را موجب تحمیل 8 هزار میلیارد تومان بار مالی به شهرداری‌های کشور می‌داند و می‌گوید: «از این مبلغ 4 هزار میلیارد تومان فقط متوجه شهرداری تهران خواهد شد. به عبارت دیگر، درصورت اجرای این قانون باید 8 هزار میلیارد تومان بابت خسارت به شهرداری‌ها پرداخت شود یا تعرفه‌ها افزایش یابد. چرا که در غیر این صورت راهی جز توقف عملیات عمرانی شهرداری‌ها باقی نمی‌ماند.»
اما علی آقامحمدی، معاون « نظارت و هماهنگی در سیاست‌های اقتصادی معاون اول رئیس‌جمهوری» براین باور است که با اجرای این طرح هیچ یارانه‌ای حذف نمی‌شود بلکه محل آن جابه‌جا می‌شود و به همین دلیل میزان و وضع منابع درآمدی شهرداری‌ها نیز دستخوش تغییراتی نخواهد شد.
به گفته وی، لازم است شهرداران برای رفع مشکلات و محدودیت‌های مالی ناشی از اجرای این قانون، متناسب با وضع محیطی و محلی، در زمینه شناسایی و جذب سرمایه‌گذاری‌های خارجی و بخش خصوصی تلاش و برنامه‌ریزی کنند و به عبارت دیگر، رفع مشکلات مالی شهرداری‌ها نیازمند نگاهی تازه و اجرای طرح‌ها و برنامه‌های جدید از سوی شهرداران است.
سیدعلی میرنجاتی، مدیر دبیرخانه شهرداران کلانشهرهای کشور نیز بر این باور است که صرف‌نظر از آثار و پیامدهای تورمی قانون هدفمند کردن یارانه‌ها، اجرای آن درصورت پیش‌بینی نشدن منابع جایگزین، تبعات منفی در ارائه خدمات و ایفای وظایف شهرداری‌ها که از منابع مالی دولتی چندان بهره‌مند نیستند، به همراه خواهد داشت.
وی با یادآوری ناپایدار بودن درآمد شهرداری‌ها و مشکلاتی که این نهادها در تامین هزینه‌های جاری و عمرانی خود با آن مواجهند، می‌گوید: «با توجه به وضع موجود شهرداری‌ها که متوسط تحقق بودجه آنها 70 درصد است و براساس بررسی‌های کارشناسان، پیش‌بینی می‌شود اجرای قانون هدفمند کردن یارانه‌ها فقط در زمینه انرژی هزینه‌های شهرداری‌ها را 40 تا 60 در صد افزایش دهد که با توجه به نوع مدیریت شهرداری‌ها که مبتنی بر درآمد و هزینه است، به‌نظر می‌رسد از یک سو هزینه شهرداری‌ها در زمینه خدمات شهری و حمل‌ونقل افزایش پیدا کند و از سوی دیگر درآمدشان به‌دلیل تورم ناشی از اجرای قانون، حداقل در سال‌های اول کاهش یابد.»
به گفته میرنجاتی، به دلیل ساختار درآمدی شهرداری‌ها که به‌طور متوسط 70 درصد آن از محل عوارض ساخت و ساز تامین می‌شود، به‌نظر می‌رسد با توجه به رکود فعلی در بخش ساخت و ساز و درصورت اجرای قانون هدفمندسازی، شهرداری‌ها از وصول 70 درصد درآمدهای خود اطمینان نخواهند داشت.
شهردار تهران، نیز چندی پیش در بیان تبعات طرح هدفمندسازی یارانه‌ها بر مدیریت شهری، اثرات اجرای این طرح را جبران‌ناپذیر ارزیابی و اظهار عقیده کرده بود که تنها در 2 شهر تهران و مشهد، برآورد ریالی پیامد اجرای این طرح بالغ بر 55 هزار میلیارد ریال خواهد بود.
ابراهیم بازیان، شهردار ارومیه، نیز با تایید ایجاد مشکلات مالی برای شهرداری‌ها درصورت اجرای قانون هدفمندسازی یارانه‌ها، بر لزوم حمایت از نهاد‌های عمومی غیردولتی تاکید می‌کند و می‌گوید: «برای همراهی شهرداری‌ها با دولت و فراهم کردن زمینه‌های توفیق در اجرای این طرح بزرگ، تسریع در روند پیگیری و تصویب لایحه منابع درآمدی شهرداری‌ها از سوی دولت می‌تواند مؤثر باشد.»
از سوی دیگر، با توجه به اینکه شهرداری‌ها متولی اصلی اجرای طرحهای عمرانی و توسعه شهری هستند، هدفمند‌شدن یارانه‌ها در افزایش هزینه عملیات عمرانی شهرداری‌ها نیز نقش غیرقابل انکاری خواهد داشت.
مدیر دبیرخانه کلانشهرهای کشور در این زمینه تصریح می‌کند: «شهرداری‌ها به‌دلیل وظایفی که در اجرای طرحهای عمرانی و توسعه شهری بر عهده دارند، بیشترین مصرف‌کننده انرژی محسوب می‌شوند و پیش‌بینی می‌شود با اجرای قانون مذکور، به‌دلیل افزایش
قابل توجه هزینه‌ها با مشکلات زیادی مواجه شوند. با اصلاح قیمت حامل‌های انرژی و حذف یارانه‌های پرداختی، هزینه تولید بنگاه‌های اقتصادی به‌شدت افزایش می‌یابد و این وضع، شاخص عمومی قیمت‌ها را بالا می‌برد که این افزایش در فعالیت‌های «انرژی‌بر» مانند حمل‌ونقل و تولید مصالح ساختمانی که نقش عمده‌ای در خدمات‌رسانی و طرحهای عمرانی شهرداری‌ها دارد، بیش از سایر موارد است.»
براساس بررسی‌ها، حذف یارانه‌ها از بخش حمل‌ونقل عمومی، با 2 اثر مستقیم و غیرمستقیم بر خدمات این بخش از فعالیت‌های شهرداری‌ها همراه خواهد بود.
افزایش قابل توجه قیمت تمام شده سفر با وسایل نقلیه عمومی اثر مستقیم اجرای طرح هدفمندسازی به‌شمار می‌رود و تاثیر غیرمستقیم آن نیز مقرون به صرفه نبودن استفاده از خودروی شخصی و افزایش تقاضای سفر با وسایل نقلیه عمومی خواهد بود. همچنین افزایش هزینه‌های حمل‌ونقل منجر به «مکان گزینی» خانوارها و صنایع در نزدیکی مرکز شهر می‌شود و تقاضا برای سکونت در مراکز شهرها افزایش می‌یابد.
از سوی دیگر کارشناسان شهرداری کلانشهرها پیش‌بینی کرده‌اند که درصورت اجرای قانون هدفمندسازی یارانه‌ها، حداقل 30 درصد درآمد ناشی از عوارض بخش ساختمان که خود 70 درصد از درآمد شهرداری‌ها را تشکیل می‌دهد، کاهش یابد.
محسن کوشش‌تبار، معاون برنامه‌ریزی و توسعه سازمان شهرداری‌ها و دهیاری‌های کشور، با تایید نگرانی شهرداری‌ها از پیامدهای قانون هدفمندسازی یارانه‌ها می‌گوید: «اجرای مواد 8 و 11 قانون هدفمندسازی یارانه‌ها می‌تواند امکانی به‌وجود آورد که دولت به شهرداری‌ها برای جبران کاهش منابع درآمدی آنها کمک کند.»