مسائلی چون وحی، نبوت، بعثت، از آن جمله‌اند. تنوع روش و رویکرد در پژوهش‌های اسلامی به‌ویژه در زمینه تفسیر آیات قرآن کریم، موجب پیدایش مکتب‌های تفسیری ادبی، روایی، فلسفی، کلامی، عرفانی، فقهی و علمی شده است.
اکنون این سؤال مطرح می‌شود که آیا پاسخ هر یک از دانش‌ها و کاربست روش‌ها به حل مسئله‌ای واحد معتبر است؟ پژوهشگر در علوم اسلامی در مواجهه با این روش‌ها در حل یک مسئله اسلامی چه موضعی باید داشته باشد؟
مواضع پژوهشگر نسبت به کاربست روش‌ها و دانش‌های اسلامی در حل مسئله‌ای واحد
مواضع پژوهشگر در علوم اسلامی را می‌توان در موارد ذیل جمع‌بندی کرد.
اختیار یک دانش و روش و نفی دانش‌ها و روش‌های دیگر
موضع نخست اینکه پژوهشگر به یکی از علوم و روش‌ها بسنده کرده و از دیگر روش‌ها با دیده انکار، چشم‌پوشی کند. چنین موضعی نزاع بین صاحبان دانش‌ها و روش‌ها را به همراه دارد که نزاع متکلم با فیلسوف یا فیلسوف و عارف در حل مسئله واحد از این مقوله است. برخی تصور کرده‌اند که استفاده از علوم اسلامی متعدد در حل یک مسئله اسلامی امری غیرممکن است و بدین‌جهت نوشته‌اند «ممکن است شخصی، زمانی متکلم باشد و بعداً فیلسوف شود و سپس به عرفان گرایش یابد، اما همزمان در تنظیم یک جهان‌بینی، نمی‌توان از 2 یا 4روش بهره گرفت؛ برای اینکه مبانی، مسائل، ابزار و اهداف آنها فرق دارد.»
این نظرگاه به نمایاندن بعدی از ابعاد یا بطنی از بطون آموزه اسلامی مورد پژوهش می‌انجامد و پژوهشگر را از دریافت همه حقیقت آن محروم می‌سازد. توصیف دین اسلام به «اسلام چیزی نیست جز اخلاق»، «اسلام چیزی نیست جز ایدئولوژی» و «اسلام، چیزی نیست جز معارف اسلامی» هر یک بیانگر، نادیده‌انگاری تنوع روشی و نارسایی در جامع‌نگری در فهم حقیقت دین اسلام است.
جمع‌آوری آراء عالمان علوم اسلامی در زمینه مسئله واحد در منظومه علوم و معارف اسلامی
پژوهشگر ضمن اخذ آرای گوناگون عالمان گستره‌های متفاوت علوم اسلامی، هر یک را در منظومه معارف اسلامی برای حل آن مسئله کنار هم قرار می‌دهد، بدون اینکه بین آنها تعاملی مؤثر و پویا برقرار کند.اگرچه پژوهشگر دارای این موضع از هیچ‌یک از علوم اسلامی روش‌ها غفلت نمی‌ورزد ولی به‌جهت عدم‌ایجاد تعامل مؤثر بین داده‌های علوم گوناگون اسلامی به تولید روشی نو و دیدگاهی جدید دست نمی‌یابد.
جمع‌آوری آرای عالمان علوم اسلامی در زمینه مسئله واحد و ایجاد تعامل پویا و مؤثر بین آنها
پژوهشگر ضمن اخذ آرا و نظریات گوناگون عالمان علوم اسلامی در حل یک مسئله اسلامی، بین آنها تعامل مؤثر برقرار می‌سازد؛ یعنی با تصرف در آنها و تألیف و تلفیق روشمند بین آنها به رهاورد جدیدی دست می‌یابد.
تعـریـف پژوهـش‌هـای میان‌رشته‌ای در علوم اسلامی
شناسایی تنوع روش‌ها و دانش‌های اسلامی مبتنی بر تعامل روشمند و اثربخش بین شاخه‌ها و گستره‌های گوناگون علوم اسلامی در حل مسئله واحد به پژوهش‌هایی می‌انجامد که می‌توان از آن به‌عنوان پژوهش‌های میان‌رشته‌ای یاد کرد. بنابراین، بحث‌های خداشناسی از ناحیه عرفا و مباحث اثبات صانع و اوصاف او در دانش کلام و الهیات به معنی‌الاخص در فلسفه، مسئله واحدی است که با رویکردهای گوناگون و روش‌های متفاوت مورد بحث قرار می‌گیرد. چنان‌که پژوهشگر بتواند بین روی‌آوردهای علوم اسلامی و روش‌های هر یک، در حل یک مسئله، گفت‌وگوی مؤثر برقرار سازد به‌نحوی که به تحلیل روشمند، جامع و عمیق بینجامد، پژوهشی میان‌رشته‌ای را تحقق بخشیده است.
نسبت بین پژوهش‌های میان‌رشته‌ای و تعلق مسئله مورد پژوهش به شاخه‌ای از شاخه‌های علوم اسلامی
چنان‌که در مباحث پیشین آموخته‌ایم، غرض از پژوهش‌های میان‌رشته‌ای در علوم اسلامی، نمایاندن تمامی ابعاد یک مسئله اسلامی است. لذا بهره‌گیری از دانش‌های اسلامی دیگر و روش آنها برای نمایاندن بُعد یا ابعادِ دیگر، آن مسئله را از تعلق به علمی معین خارج نمی‌کند. پژوهش جامعه‌شناسان اسلامی در زمینه تحول پایبندی به فرهنگ و ارزش‌های اجتماعی اسلامی، متعلق به گستره و شاخه جامعه شناسی اسلامی است؛ اما جامعه‌شناسان اسلامی با پژوهش‌های میان رشته‌ای، به گستره‌های دیگر نیز توجه می‌کنند تا به‌نظریه‌ای جامع در زمینه تحول التزام عملی به فرهنگ و ارزش‌های اجتماعی اسلامی دست پیدا کنند.
برخی از نویسندگان در زمینه روش‌شناسی مطالعات دینی، حکمت متعالیه را نمونه‌ای از پژوهش‌های میان رشته ای دانسته و نوشته‌اند: «ملاصدرای شیرازی، پیشرو تفکر میان‌رشته‌ای در حوزه مطالعات دینی است که با به چالش خواندن فلسفه، کلام، عرفان و علوم تفسیری، به روی آوردی ژرف در حکمت متعالیه دست‌یافته است. حکمت متعالیه در وضع، روی‌آوردی متعالی و حاصلِ چالش بین رشته‌ها در حل مسئله واحد الهیاتی است. ملاصدرا در غالب مواضع، به تلفیق روشمند آرا نیز می‌پردازد؛ امّا در مواضعی نیز می‌توان نمونه‌هایی از حصرگرایی را در آثار وی نشان داد که البته این نمونه‌ها بسیار اندک است.» بنابراین ملاصدرا توانسته است بین دانش‌های اسلامی و روش‌های پژوهش هر یک، در حل مسئله اسلامی تعاملی تأثیر‌گذار برقرار کند و با نادیده انگاشتن کاربست دانش و روش واحد (حصرگرایی)، راهی جدید در مطالعات و پژوهش‌های اسلامی گشوده است.