به‌عنوان مثال تعقیب کیفری قضات، تابع تشریفات خاصی است که مصونیت قضایی نامیده میشود یا نمایندگان سیاسی کشورهای خارجی مقیم جمهوری اسلامی ایران را نمی‌توان در ایران تحت تعقیب کیفری قرار داد که آن را مصونیت سیاسی می‌نامند. برای تعقیب نمایندگان مجلس نیز به لحاظ اهمیت شغلشان که وکلای ملت محسوب می‌شوند در قوانین کشورهای مختلف شرایط خاصی لحاظ شده که به «مصونیت پارلمانی» شهرت یافته است.
مصونیت پارلمانی دو وجه دارد؛ «عدم مسئولیت» و «مصونیت از تعقیب»؛ به عبارت ساده‌تر، نمایندگان در برخی مواقع نسبت به قول و فعل خود (که منطقا باید در راستای انجام وظایف نمایندگی باشد) اساسا مسئولیتی ندارند و بر این اساس چه در دوره نمایندگی و چه پس از اتمام دوره نباید نسبت به این اظهارات یا افعال تحت تعقیب قضایی قرار گیرند. مصونیت از تعقیب نیز به این معناست که اگرچه نماینده در مقابل افعال مجرمانه خود مسئول است و مانند سایر مردم باید در محضر قانون و در محاکم قضایی پاسخگو باشد، اما تشریفات رسیدگی و مجازات باید به گونه‌ای باشد که خللی در انجام وظایف قانونی نماینده ایجاد نکند؛ به این معنا که نماینده پارلمان، نماینده ملت محسوب میشود و ایجاد محدودیت در حضور او در مجلس و انجام وظایف تبعی سمت نمایندگی، در واقع محروم کردن ملت از بخشی از حقوقشان محسوب میشود.
در اینجا ذکر این توضیح ضروری می‌نماید که اساسا مصونیت به شخصیت حقوقی و شغل و منصب «نمایندگی» تعلق می‌گیرد، نه شخص «نماینده» و امتیازات فوق برای اشخاص دیده نشده بلکه برای سمت و مسئولیت آنان در نظر گرفته میشود. ضمن اینکه «مصونیت» به معنای معافیت از مجازات و رسیدگی نیست بلکه تنها نحوه رسیدگی به گونه‌ای تعیین میشود که مخل انجام وظایف نمایندگی نمایندگان نباشد.با این توضیح مختصر نگاهی خواهیم داشت به سابقه تاریخی شکل‌گیری مصونیت پارلمانی در جمهوری اسلامی ایران. در نخستین جلسات مجلس خبرگان قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران و حین تدوین آیین‌نامه داخلی این مجلس (جلسات هفتم و هشتم- 31 مرداد 58 )، بحث مصونیت برای نمایندگان مجلس خبرگان مطرح شد و پیشنهادهایی از طرف آقایان مقدم مراغه‌ای، میرمراد زهی و ربانی شیرازی درباره مصونیت نمایندگان این مجلس (مجلس خبرگان قانون اساسی) به هیأت رئیسه رسید که خواستار آن بودند در مورد مصونیت پارلمانی اعضای مجلس ماده‌ای در آیین‌نامه منظور شود؛ بدین‌ترتیب که «نمایندگان مجلس (خبرگان قانون اساسی) را نمی‌توان به مناسبت عقایدی که در مجلس اظهار می‌کنند- در مقام ایفای نمایندگی- تعقیب کرد» و خواسته شد این قید در قانون دیده شود که «حتی تا پایان دوره، این مصونیت را در خارج از مجلس داشته باشند»، با این استدلال که «شما باید آزادی ما را تأمین کنید تا بتوانیم آزادانه عقایدمان را بگوییم».
در جلسه عصر این مجلس، آیت‌الله موسوی اردبیلی در مخالفت با این پیشنهاد گفت: «اصولا مصونیت به این معنی که سابق هم مرسوم بود؛ یعنی برای نمایندگان مجلس یک امتیازی قائل می‌شوند که اینها چون نماینده هستند، هر صحبتی بکنند یا هر کاری بتوانند بکنند و یک امتیازی نسبت به دیگران دارند که قابل تعقیب نیستند و کسی نباید با اینها کاری داشته باشد، یا از نماینده سلب مصونیت بشود، این تشریفات از مراسم دوره طاغوتی است. افرادی که در اینجا هستند باید حتی منزه‌تر از آنهایی باشند که مسئولیت را به عهده نگرفته‌اند و اگر یک وقتی حرفی یا مطلبی را گفتند که خلاف بود، نه‌تنها مصونیت نداشته باشند، بلکه مسئولیت بیشتری را باید احساس کنند و مؤاخذه آنها بیشتر باشد. حالا اگر شدت مجازات را تصویب نمی‌کنید، حداقلش باید مساوات بین نماینده با دیگران باشد، زیرا به عقیده من اگر حرف یا عمل قابل تعقیب است، نمایندگی هیچ‌گونه امتیازی نمی‌آورد».
در مقابل، آیت‌الله مکارم شیرازی اینگونه در مقام دفاع از مصونیت نمایندگان مجلس خبرگان قانون اساسی سخن گفت: «... ظاهرا در مورد مصونیت سوء تفسیر شده است، زیرا این مصونیت امتیازی برای نمایندگان نیست بلکه حفظ حقوق ملت است. معنی‌اش این است که بنده را کسی می‌خواهد از محیط این مجلس دور کند، شکایتی از من می‌کند و من را توقیف می‌کنند و نتیجتا نماینده مردم نمی‌تواند از حقوقشان دفاع کند. بنابراین مسئله حفظ حقوق مردم است و مربوط به نظام طاغوتی هم نیست، ... تأکید می‌کنم که ما باید کاری کنیم که تمام انحای آزادی در مملکت فراهم شود و مصونیت هم یک آزادی معقول و مشروع است که می‌خواهیم نماینده را به صرف اتهام توقیف نکنند».
در نهایت با این استدلال رئیس وقت مجلس که «در پیش‌نویس قانون اساسی اصل71 برای نمایندگان مجلس شورای ملی چنین مصونیتی پیش‌بینی شده است، در حالی که اهمیت مجلس حاضر کمتر از مجالس مقننه دیگر نیست» متن زیر به‌عنوان ماده30 آیین‌نامه داخلی مجلس خبرگان قانون اساسی که ناظر بر اقدامات نمایندگان این مجلس بود به تصویب رسید: «به هیچ عنوان و به هیچ دستاویز، کسی بدون اطلاع و تصویب مجلس خبرگان در مدت نمایندگی، حق تعرض به اعضای آن را ندارد. نمایندگان مجلس یا کارشناسانی که طبق پیش‌بینی در آیین‌نامه از آنان برای تبادل نظر دعوت میشود، به سبب اظهارات و نظرات نمی‌توان تعقیب کرد. اگر احیانا یکی از اعضای مجلس خبرگان علنا مرتکب جنحه و جنایتی شود و حین ارتکاب جنایت دستگیر شود، تعقیب او باید به اطلاع مجلس خبرگان برسد».بر این اساس مجلس خبرگان قانون اساسی هر دو وجه مصونیت پارلمانی را، آن هم به صورت مطلق برای خود در نظر گرفت. این مصونیت البته 10سال بعد نیز در شورای بازنگری قانون اساسی مجددا برای نمایندگان این شورا در نظر گرفته شد.
با این حال و در موعد رسیدگی به اصول قانون اساسی، مجددا بحث‌های داغی در مجلس درخصوص مصونیت نمایندگان مجلس شورای ملی (مجلس شورای اسلامی کنونی) مطرح شد که مخالفت‌های جدی‌ای را بر انگیخت. برخی از نمایندگان با طرح این انتقاد که اساسا همه در برابر قانون برابرند و اسلام دادن امتیازات ویژه به افراد را مجاز نمی‌داند، موضوع مصونیت نمایندگان مجلس شورای ملی را با چالش‌های جدی مواجه کردند. در نهایت با ابتکار شهید بهشتی که به‌دلیل اشراف بر اصول حقوقی و قضایی به ضرورت و فلسفه وجود مصونیت پارلمانی برای نمایندگان اعتقاد داشت، ماده مذکور به 2قسمت تقسیم شد و برای هر کدام به صورت جداگانه رأی‌گیری انجام گرفت. قسمت اول که می‌گوید: «نمایندگان مجلس در مقام ایفای وظایف نمایندگی در اظهار نظر و رأی خود کاملا آزادند و نمی‌توان آنها را به سبب نظراتی که در مجلس اظهار کردهاند یا آرایی که در مقام ایفای وظایف نمایندگی خود دادهاند تعقیب یا توقیف کرد» و در واقع متضمن «عدم مسئولیت» نمایندگان در مقام ایفای وظایف نمایندگی‌شان بود به عنوان اصل 86 قانون اساسی به تصویب رسید و شق دوم که ناظر بر «مصونیت از تعقیب» نمایندگان پارلمان بود سرانجام پس از جرح و تعدیل‌های فراوان، با مخالفت نمایندگان مجلس خبرگان بی‌سرانجام ماند.
بر این اساس مجلس خبرگان قانون اساسی که پیش‌تر هر دو نوع مصونیت را- آن هم به‌طور مطلق- برای خود پذیرفته بود و حتی آن را به کارشناسانی که با این مجلس همکاری می‌کردند تسری داد ، این حق را برای نمایندگان مجلس قائل نشد. البته در همان جلسه شهید دکتر بهشتی در توضیح این تناقض گفت که «همان موقع هم عده‌ای مخالف و عده‌ای موافق بودند، منتها در آن موقع اولا ماده‌ای بود مربوط به یک امر موقت نه قانون اساسی و ثانیا این ماده آیین‌نامه مجلس خبرگان بود با 38رأی تصویب شده ولی چون برای تصویب اصول قانون اساسی به 48رأی احتیاج هست، این اصل در اینجا تصویب نشد. لذا مجلس هیچ رویه‌اش را عوض نکرد و این نتیجه دوگانه مربوط است به دوگانه بودن میزان رأی مربوط به تصویب یک مطلب». البته شهید بهشتی در ادامه این توضیح را هم ارائه کرد که «قسمت اول این اصل تصویب شد که باید آزادی اظهارنظر را برای نمایندگان در مجلس تضمین کند. این مسئله بسیار بنیادی تصویب شد.
این مسئله دوم را که قضایی است واگذار می‌کنیم به رأی مجلس شورای ملی» در ادامه این جلسه تصریح شد که این حق برای نمایندگان محفوظ است که در خصوص مصونیت از تعقیب خودشان قوانینی وضع کنند و اکنون پس از 32سال به‌نظر می‌رسد نمایندگان مجلس با تصویب قانون نظارت بر نمایندگان و گنجاندن این عبارت که «احضار نماینده توسط مقامات قضایی از طریق هیأت (نظارت مجلس) صورت می‌گیرد و چنانچه رسیدگی قضایی مستلزم بازداشت نماینده باشد باید مراتب به تأیید هیأت برسد» و تبصره 2 این ماده که تخلف از مفاد این ماده از سوی مراجع قضایی را مستوجب مجازات انتظامی از درجه 5 تا 7 دانسته، در مقام استیفای نیمه گمشده مصونیت نمایندگان، یعنی «مصونیت از تعقیب» نماینده برآمده‌اند؛ هر چند که برخی معتقدند این قانون ممکن است آسیب‌هایی نیز به وجه موجود مصونیت پارلمانی و به عبارت دیگر، اصل «عدم مسئولیت» نمایندگان وارد کند.