همچنین بنیاد شهید به روند جاری در مدارس شاهد انتقاد دارد؛ تعداد دانش‌آموزان عادی این مدارس چندین برابر دانش‌آموزان شاهد است، ثبت‌نام در این مدارس از کانال‌های خاصی انجام می‌شود، تغییر مدیران مدارس بدون هماهنگی است، بدهی آموزش و پرورش بابت تحصیل فرزندان فرهنگیان در این مدارس هنوز پرداخت نشده و توسعه مدارس بدون ضابطه است.
رئیس بنیاد شهید و امور ایثارگران برخی از این مسائل را در اجلاس رؤسای آموزش و پرورش مناطق کشور به طور رسمی و با لحنی تند بیان کرد. او درباره نحوه ثبت‌نام مدارس شاهد گفت: گاهی اوقات برخی افراد مراجعه میکنند و خواهان این هستند تا فرزندشان در مدارس شاهد ثبت نام شود که بنده هیچ‌وقت ورود پیدا نکرده و دخالت نکردم، ولی می‌بینم همان افراد از کانال دیگری وارد می‌شوند و فرزند خود را در مدرسه شاهد ثبت‌نام میکنند.
مسعود زریبافان با بیان اینکه تمایل چندانی برای ورود به مسائل اجرایی مدارس شاهد نداریم با اشاره به تغییر مدیران مدارس شاهد تصریح کرد: مسئله مدارس شاهد یک تکلیف شرعی و قانونی است و هر تغییری که در آن بدون هماهنگی ایجاد شود، شرعاً و قانوناً اشکال دارد، همچنین گاهی اوقات شاهد ابلاغ بخشنامه‌هایی هستیم که با بنیاد شهید هیچ هماهنگی صورت نگرفته یا در بحث‌های حقوقی و املاک توقع هماهنگی داریم.
ثبت‌نام 480هزار دانش‌آموز
پس از برگزاری اجلاس رؤسای مناطق آموزش و پرورش، مدیرکل دفتر شاهد و ایثارگری وزارت آموزش و پرورش در گفت‌وگو با برخی خبرگزاری‌ها با اعلام پایان ثبت‌نام مدارس شاهد، از ثبت‌نام بیش از 480هزار نفر در این مدارس خبر داد که به گفته او شامل فرزندان ایثارگران، رزمندگان، جانبازان و برخی نخبگان می‌شود. مریم خلیلوند درباره روند ثبت نام دانش‌آموزان شاهد گفت: در استان‌هایی که جمعیت شاهد زیادی نباشد، دانش‌آموزان براساس اولویت ایثارگری امتیازبندی و ثبت‌نام می‌شوند اما در استان‌هایی مانند خوزستان که جمعیت ایثارگر انبوه است، برای دانش‌آموزان شاهد آزمون برگزار می‌شود.
افزایش تعداد مدارس شاهد در حالی است که آمار فرزندان خانواده معظم شهدا، ایثارگران و جانبازان در سن مدرسه هر سال کاهش می‌یابد ولی هر سال بر تعداد مدارس شاهد افزوده می‌شود، آیا تعداد دانش‌آموزان خانواده معظم شهدا، ایثارگران و جانبازان افزایش
190هزار نفری داشته است؟
ظرفیت خالی و توسعه مدارس
یکی از مسئولان بنیاد شهید و امور ایثارگران درباره اظهارات مدیرکل دفتر شاهد و ایثارگری وزارت آموزش و پرورش مبنی بر اینکه در استان‌هایی مانند خوزستان که جمعیت ایثارگر زیاد است، برای دانش‌آموزان شاهد آزمون برگزار می‌شود، به همشهری گفت: مدیران مدارس شاهد حق ندارند از دانش‌آموزان جامعه ایثارگری برای ثبت‌نام آزمون بگیرند و اولویت نخست با این دانش‌آموزان است.
او همچنین در واکنش به اینکه اگر در مدارسی که ظرفیت خالی باشد و هیچ فرزند شهید یا جانبازی در نوبت نباشد از قاریان و فرزندان فرهنگیان ثبت‌نام می‌شوند، این پرسش را مطرح کرد: دلیل افزایش چشمگیر جمعیت فرزندان فرهنگیان در مدارس شاهد که چند‌برابر فرزندان طرح شاهد است، خالی ماندن ظرفیت مدارس شاهد بوده است؟ اگر ظرفیت مدارس شاهد خالی می‌ماند چرا سیاست توسعه این مدارس دنبال می‌شود؟
مقام مسئول در بنیاد شهید با اشاره به مخالفت بنیاد شهید با توسعه ناموزون مدارس شاهد اظهار کرد: در خیلی از استان‌ها و مناطق کشور برای مثال به دبیرستان یا هنرستان برای تحصیل فرزندان طرح شاهد نیاز است اما آموزش و پرورش مدرسه ابتدایی یا راهنمایی تأسیس می‌کند. او با بیان اینکه در استان اردبیل 14مدرسه شاهد وجود داشت و اخیرا هم 15مدرسه به آنها افزوده شده، گفت: موضوع را از مدیرکل آموزش و پرورش استان اردبیل جویا شدم، گفت من به دستور وزیر آموزش و پرورش عمل کردم و دغدغه ما در این زمینه بیشتر ازشماست و ما در حال گسترش فرهنگ ایثار و شهادت هستیم.
81هزار دانش‌آموز شاهد
درحالی‌که مدیرکل دفتر شاهد و ایثارگری وزارت آموزش و پرورش تعداد دانش‌آموزان مدارس شاهد را 480هزار نفر اعلام کرده، این مقام بنیاد شهید تعداد کل دانش‌آموزان طرح شاهد را با احتساب فرزندان جانبازان 25تا 49درصد و دانش‌آموزان مدرسه ایثارگران بزرگسال را حدود 81هزار نفر اعلام کرد. او با اشاره به بدهی آموزش و پرورش از بابت تحصیل فرزندان فرهنگیان در مدارس شاهد گفت:
این بدهی مربوط به سال‌های پیش است که وزیر آموزش و پرورش قول پرداخت آن را داده بود اما تاکنون پرداخت نشده، البته آموزش و پرورش می‌خواهد هزینه هوشمندسازی مدارس شاهد را از محل بدهی‌اش کسر کند.این مقام بنیاد شهید با انتقاد از این کار اظهار کرد: این در حالی است که قانون برای هوشمندسازی همه مدارس بودجه درنظر گرفته است اما آموزش و پرورش می‌خواهد با ترفند خاصی این هزینه را به بنیاد تحمیل کند.