این ستاد وظیفه سیاست‌گذاری و فرماندهی همه نیروهای مسلح ایران از جمله ارتش، سپاه و نیروی انتظامی را برعهده دارد.
ستاد کل نیروهای مسلح نهادی نظامی است که مسئولیت هماهنگی میان همه قوای نظامی را در نظام جمهوری اسلامی ایران به عهده دارد. رئیس این نهاد توسط حضرت آیت‌الله خامنه‌ای فرمانده معظم کل قوا تعیین و منصوب می‌شود.
ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران بالاترین مرجع نظامی نیروهای مسلح در ایران است و وظیفه سیاست‌گذاری و فرماندهی همه نیروهای مسلح ایران از جمله ارتش، سپاه و نیروی انتظامی را برعهده دارد. این ستاد به‌طور مستقیم زیر نظر مقام معظم رهبری اداره می‌شود.
به علت وجود برخی اختلاف نظرها میان ستاد مشترک ارتش و فرماندهی سپاه که در جریان عملیات‌های نظامی به وجود می‌آمد مسئولان ارشد کشور در اواخر جنگ تحمیلی، تصمیم به تشکیل ستاد کل نیروهای مسلح گرفتند تا این ستاد به عنوان مرجع عالی‌تر، مسائل موجود را حل و فصل کند.
در ابتدای شکل‌گیری ستاد کل نیروهای مسلح، شخص نخست‌وزیر مسئولیت آن را بر عهده داشت. در سال ۱۳۶۸ "سرلشکر سیدحسن فیروزآبادی" به ریاست این ستاد منصوب شد و از آن زمان تاکنون این سمت را عهده‌دار است.