مدت‌هاست که میان 2دستگاه عظیم دولتی یعنی معاونت علمی ریاست‌جمهوری و وزارت علوم، تحقیقات و فناوری موازی‌کاری وجود دارد.هردو دستگاه، خود را متولی سیاستگذاری در حوزه علم، فناوری و پژوهش می‌دانند. هیچ‌یک نیز حاضر نیست به نفع دیگری کوتاه بیاید.
نتیجه این چالش و اختلافات طی سال‌های گذشته چیزی جز هدر‌دادن بودجه‌های علم و پژوهش نبوده است.سهم بودجه پژوهشی از تولید ناخالص داخل طی سال‌های اخیر هیچگاه به 3درصد تعیین‌شده در برنامه چهارم و پنجم توسعه نرسیده و پروژه‌های متعددی به‌صورت تکراری میان دانشگاه‌ها و مراکز علم و فناوری به انجام رسیده است.
از همه اینها گذشته نیروهای متعددی در سطوح صف و ستاد در هردو دستگاه کارهای یکسانی را انجام می‌دهند که عملا اتلاف نیرو و سرمایه به‌شمار می‌رود.معاونت علمی ریاست‌جمهوری، خود را نهادی فرداستی تلقی می‌کند و سعی دارد بایدها و نباید‌ها را به مراکز دانشگاهی ابلاغ کند اما دانشگاه‌ها زیرنظر وزارت علوم هستند و از مدیریت عالی این وزارتخانه حرف‌شنوی دارند.
تقسیم بودجه‌ها میان دانشگاه‌ها، مراکز علم و فناوری، پارک‌ها، مراکز رشد و پژوهشگاه‌ها و ستادهای توسعه علم و فناوری به‌صورت عادلانه و دقیق صورت نمی‌گیرد و فرماندهی واحدی در این حوزه وجود ندارد. عجیب این است که با وجود آشکار‌بودن این تداخل کاری و اقدامات موازی، هیچ‌کس برای اصلاح این فرایند پا جلو نمی‌گذارد. با تشکیل دولت جدید، خبرهایی در مورد احتمال حذف معاونت علمی ریاست‌جمهوری و واگذاری وظایف آن به وزارت علوم شنیده شد اما این خبرها به واقعیت نپیوست.
اکنون معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم از برگزاری مذاکرات و گفت‌وگوهایی میان 2نهاد مذکور برای رفع موازی‌کاری‌ها و اختلافات خبر داده و گفته: «در این زمینه یک جلسه مشترک میان معاون علمی ریاست‌جمهوری، وزیر علوم و معاونان ذی‌ربط شکل گرفت که طی آن تأکید شد تا هر یک از دستگاه‌ها با انجام وظایف قانونی خود در جهت تقویت این وظایف گام بردارند که در واقع این موضوع، توافق کلی جلسه بود.
همچنین با توجه به برخی موازی‌کاری‌های صورت گرفته توسط این‌دو دستگاه، مقرر شد کارگروهی متشکل از هر دودستگاه تشکیل شود تا روی عناوینی که اقدامات مشترک روی آنها صورت می‌گیرد یا احیانا مباحثی که تعریف و تبیین مشخصی ندارد، بررسی و پس از ارائه راهکارها، وظایف هر دستگاه به‌طور مشخص دسته‌بندی شود و نتایج حاصل، مبنای حرکت قرار گیرد. اعضای این کارگروه متشکل از 2عضو از وزارت علوم و 2عضو از معاونت علمی و یک نفر بین‌الطرفین بوده که نخستین جلسه کارگروه، هفته جاری برگزار می‌شود و قرار است که تا یک‌ماه آینده، نتایج جلسات این کارگروه اعلام شود.»
واقعیت این است که شورای‌عالی علوم، تحقیقات و فناوری موسوم به «عتف» بخش عمده‌ای از وظایفی را که معاونت علمی ریاست‌جمهوری انجام می‌دهد بر‌عهده دارد و می‌توان سایر وظایف و ماموریت‌های جزئی دیگر این معاونت را به شورای عتف محول کرد و در عوض بودجه‌های اختصاص‌یافته به یک دستگاه عریض و طویل اداری و ستادی را صرف پژوهش و توسعه علم در کشور کرد.
در شرایطی که نهادهای دانشگاهی و علمی کشور با کمبود شدید بودجه مواجه هستند، مصرف بودجه‌های پژوهشی در امور اداری و ستادی امری نادرست محسوب می‌شود و بهتر است هرچه زودتر معاونت علمی ریاست‌جمهوری منحل شود.