وی از سال ۱۳۲۳ تحصیلات حوزوی خود را آغاز کرد و موفق به اخذ درجه اجتهاد در محضر آیت‌الله کاشف الغطاء و آیت‌الله سیدمحمدتقی خوانساری شد.
محقق در سال ۱۳۲۷ وارد دانشگاه تهران شد و دوره دکتری الهیات را در سال ۱۳۳۷ به‌پایان رساند. در سال ۱۳۳۸ موفق به اخذ درجه‌ی دکتری در رشته‌ی زبان و ادبیات فارسی از همان دانشگاه شد.
تدریس در دانشگاه‌های تهران، مشهد [فردوسی]، امام صادق (ع) ، شهید مطهری، تربیت مدرس و دانشگاه‌های لندن، مک گیل کانادا و مالزی از جمله سوابق آموزشی او هستند.
تصحیح دیوان ناصر خسرو، تألیف تحلیل اشعار ناصرخسرو، تصحیح و انتشار کتاب‌های وجود قرآن تفلیسی و لسان التزیل در زمینه‌ی علوم قرآنی، شرح منظومه سبزواری به عربی و ترجمه به انگلیسی، انتشار پرسش و پاسخ‌های ابوریحان و ابن سینا، الهیات شفای ابن سینا و رساله الحکومه، شرح باب حاوی عشر، فیلسوف محمد بن زکریای رازی و مفتاح الطب ابن هندو و بستان الاطباء این مطرن از جمله تألیفات محقق در حوزه‌های علوم قرآنی، فلسفه، کلام و ادبیات هستند.
بنیان‌گذاری و تأسیس انجمن استادان زبان و ادب فارسی و مؤسسه مطالعات اسلامی دانشگاه مک گیل کانادا، شعبه تهران از دیگر فعالیت‌های او هستند.
مهدی محقق تاکنون به پاس خدمات فرهنگی، سوابق آموزشی و تألیفات خود از سال ۱۳۴۹، موفق به کسب ۱۴ نشان، مدال و تقدیرنامه شده است، که از جمله آن‌ها به جایزه بهترین کتاب سال در سال‌های ۴۹ و ۶۹، لوح تقدیر و استادی ممتاز در سال ۷۲ از دانشگاه بین‌المللی مالزی، و لوح تقدیر و جایزه در سال ۷۷ در دوازدهمین جشنواره خوارزمی می‌توان اشاره کرد.
کسب نشان دانش در سال ۷۹، جایزه پیشکسوتان در سال ۸۰، جایزه چهره‌های ماندگار در سال ۸۰، فرمان‌های عضویت در مجمع اللغه العربیه مصر، فرهنگستان علوم اسلامی هندوستان و مجمع اللغه العربیه دمشق، عضویت در فرهنگستان علوم اسلامی در سال ۶۷ و مشاور علمی بین‌المللی بیت الحکمه پاکستان در سال ۷۴ از دیگر موفقیت‌های محقق بوده‌اند.
*آخرین بروز رسانی ۱۱ اسفند ۱۴۰۰