پيش‌تر نظام پرداخت ماليات در كشور به‌صورت علي‌الراس بود. ماليات علي‌الراس به اين صورت بود كه مأمور ماليات با برآورد درآمد سالانه يك واحد تجاري، مبلغي را به‌عنوان ماليات سالانه آن واحد تعيين مي‌كرد. از سال18 قرار شد پرداخت ماليات براساس خوداظهاري انجام شود. زماني تعيين مي‌شد تا براساس آن موديان مالياتي درآمد و هزينه سال قبل خود را به سازمان امور مالياتي اعلام نمايند. سازمان امور مالياتي پس از راستي‌آزمايي اظهارنامه‌ها، مبالغي را به‌عنوان ماليات تعيين مي‌نمود. مشكلي كه وجود داشت اين بود كه راستي‌آزمايي بسيار دشوار و حتي گاهي غيرممكن بود. سازمان امور مالياتي به بسياري از منابع اطلاعاتي دسترسي نداشت، ضمن اينكه بررسي حجم انبوه اظهارنامه‌ها نياز به زمان زيادي داشت و حجم كار بالايي بود كه سازمان امور مالياتي از عهده آن بر نمي‌آمد.
از طرف ديگر اصناف هم اعتراض‌هايي به راستي‌آزمايي‌ها داشتند. براي حل اين مشكل، سازمان امور مالياتي تفاهمنامه‌هايي را با اصناف مختلف امضا مي‌كرد و براساس آن، سالانه مبلغي را به‌عنوان ماليات واحدهاي هر صنف تعيين مي‌نمود. سازمان نظام پزشكي هم طبق همين روال تفاهمنامه‌اي با سازمان امور مالياتي امضا كرد. اين تفاهم ابتدا در سال 90صورت گرفت و بعد از آن هرساله تجديد مي‌شد و مبناي دريافت ماليات از پزشكان بود.
سال 92، سازمان نظام پزشكي نسبت به افزايش‌هايي كه سازمان امور مالياتي براي ماليات پزشكان درنظر گرفته بود، اعتراض كرد. عليرضا زالي با بيان اينكه ماليات بعضي از گروه‌هاي پزشكي، افزايش 10برابري داشته خواستار تجديد نظر مسئولان ماليات شد. مسئولان نظام‌پزشكي گفتند كه پزشكاني وجود دارند كه از آنها ماليات 700ميليون توماني گرفته شده است و اين مبلغ از مالياتي كه برخي كارخانه‌ها مي‌پردازند هم بيشتر است. از سوي ديگر مسئولان سازمان امور مالياتي مي‌گفتند درآمد واقعي پزشكان سه‌برابر درآمدي است كه در اظهارنامه‌هاي مالياتي بيان مي‌كنند كه اين نشان از فرار مالياتي گسترده اين قشر دارد.
8اسفند 92زالي در نامه‌اي به علي طيب‌نيا وزير اقتصاد، به عدم‌پايبندي سازمان امور مالياتي به مفاد تفاهمنامه و وضع ماليات علي‌الراس بر مطب برخي پزشكان اعتراض كرد. وي همچنين اعتراض كرد كه چرا سازمان امور مالياتي داروخانه‌ها و مطب‌ها را بنگاه اقتصادي به‌حساب آورده و از آنها خواسته است صندوق مكانيزه در واحد خود نصب نمايند.
اين اعتراضات ادامه پيدا كرد تا اينكه شكايت يك پزشك به ديوان عدالت اداري باعث شد تفاهمنامه بين 2سازمان نظام‌پزشكي و امور مالياتي ابطال شود. ديوان عدالت اداري اين تفاهمنامه را خارج از حدود اختيارات سازمان امور مالياتي دانست و رأي به ابطال آن داد. رئيس سازمان نظام پزشكي با ابراز تأسف از اين اقدام ديوان گفت: «تفاهم مالياتي ما در سال 93، بالاي 96درصد از جامعه پزشكي ماليات‌دهنده را پوشش داده بود، سازمان مالياتي كشور هم راضي بود.»
حسين وكيلي معاون سازمان امور مالياتي گفت: پس از اين رأي ديوان، سازمان امور مالياتي بايد تك‌تك به پرونده پزشكان رسيدگي كند تا مشخص شود هر پزشك چقدر مراجعه دارد. به اين ترتيب دوباره بحث راستي‌آزمايي اظهارنامه مالياتي پزشكان مطرح شد. البته برخي معتقد بودند وجود نظام بيمه‌اي مشكل ماليات پزشكان را حل كرده است. داريوش طاهرخاني عضو شوراي‌عالي نظام پزشكي با اين استدلال كه قريب به 100درصد شهروندان ايراني بيمه هستند و از طرفي همه خدمات پزشكي با بيمه انجام مي‌شود و سازمان‌هاي بيمه‌گر هم از حق‌الزحمه پزشكان ماليات مي‌گيرند، بحث ماليات پزشكان را پايان‌يافته دانست. اما وي اين نكته را ناديده گرفت كه اكثريت پزشكان در مطب‌هاي خود از پذيرش دفترچه‌هاي بيمه امتناع مي‌كنند و حق ويزيت خود را آزاد دريافت مي‌كنند. پايان اختلاف نظر در مورد ماليات پزشكان با اجراي قانون نظام جامع مالياتي عملي خواهد بود. براساس اين قانون همه واحدهاي صنفي بايد صندوق ماشيني داشته باشند و همه اطلاعات مالي آنها در اين صندوق مكانيزه ثبت شود. در كنار اين قانون، اجراي پرونده الكترونيك سلامت كه از الزامات قانون برنامه پنجم توسعه است، همه روال‌هاي مالي را شفاف خواهد كرد و امكان محاسبه دقيق ماليات پزشكان را فراهم مي‌كند. با اجراي پرونده الكترونيك سلامت ديگر نه پزشكان سازمان امور مالياتي را متهم به گرفتن ماليات‌هاي گزاف مي‌كنند و نه پزشكان متهم به فرار مالياتي مي‌شوند.
- اعتراض پزشكان به صدا و سيما درباره فرار مالياتي
جمعي از پزشكان، با ارسال نامه‌اي به رئيس سازمان صدا و سيما نسبت به هدف قرار دادن جايگاه اجتماعي پزشكان در تلويزيون اعتراض كردند. ازجمله مواردي كه اين پزشكان به آن اعتراض داشتند: در برنامه «شوق زندگي» شيوه‌هاي شكايت از پزشكان آموزش داده شد. در برخي سريال‌ها و برنامه‌هاي طنز مثل سريال «در حاشيه» مواردي از فريبكاري و بي‌سوادي كادر درمان و پزشكان به تصوير كشيده شد كه اعتماد مردم نسبت به كادر درمان را سست نمود. در برنامه «ذره‌بين سلامت» با موضوع بررسي ماليات پزشكان، پزشكان به فرار مالياتي و عدم‌تناسب ماليات با درآمد متهم شدند.