وی مقدمات موسیقی را از شش سالگی نزد پدرش، حسن مشکاتیان، آموخت و نخستین کنسرت خود را در سن هشت سالگی در مراسم گردهمایی دانش آموزان در مدرسه امیر معزی نیشابور ارائه داد.
پس از آن وی در جشنواره موسیقی که دراردوگاه رامسر برگزار می شد به دفعات شرکت کرد و در تمامی آنها مقامهای ممتاز را به دست آورد.
مشکاتیان سال 1353 در دانشکده هنرهای زیبای دانشگاه تهران قبول شد و همزمان به آموزش ردیف میززا عبدالله نزد نور علی خان برومند و ردیف موسیقی سنتی نزد دکتر داریوش صفوت پرداخت.
وی همزمان با آموزش ردیف مبانی موسیقی و موسیقی ایرانی را نزد اساتیدی چون دکتر محمدتقی مسعودیه، عبدالله خان دوامی، سعید هرمزی، یوسف فروتن ادامه داد.
مشکاتیان از سال 1354 همکاری خود را با مرکز حفظ و اشاعه موسیقی به عنوان مدرس و نوازنده سنتور و سرپرست گروه زیر نظر دکتر داریوش صفوت ادامه داد و درکنار آن به اجرای کنسرت های متعدد با خوانندگانی چون پریسا( فاطمه واعظی) و هنگامه اخوان پرداخت و در سال 1356 گروه عارف را تشکیل داد.
درهمین سال وی در آزمون باربد که به ابتکار استاد نورعلی برومند برگزار می شد شرکت کرد و به همراه پشنگ کامکار مقام اول در رشته سنتور را کسب کرد و نیز به همراه داریوش طلایی مقام ممتاز در ردیف نوازی را به دست آورد.
همکاری با رادیو زیر نظر هوشنگ ابتهاج (سایه) از دیگر فعالیتهای وی درسال 56 بود که با واقعه 17 شهریور 57 وی وگروهی دیگر از اهل موسیقی به صورت دسته جمعی از رادیو استعفا دادند.
در این سال وی به اتقاق گروهی دیگر از هنرمندان موسیقی و با همکاری گروه‌های عارف و شیدا مؤسسه چاووش را شکل داد که حاصل آن انتشار برخی از ماندگارترین قطعات موسیقی سنتی در سال‌های 57 تا 62 بود.
تصنیف مرا عاشق با صدای شهرام ناظری (روی شعری از مولانا) و چهار مضراب شورانگیز و قطعه نغمه در دستگاه شور، تصنیف ایرانی(با صدای شجریان در چاووش 6)، قطعه ده ضربی چهار گاه به نام پیروزی و تصینف رزم مشترک (باصدای شجریان در آلبوم چاووش 7)، و نیز اجرای قطعه در قفس استاد ابوالحسن صبا با تنظیم حسین علیزاده در همین آلبوم از دیگر فعالیتهای مشکاتیان دراین دوره بود.
پس از این دوره مشکاتیان همکاری خود با محمد رضا شجریان را پی می‌گیرد که حاصل آن آلبوم های سر عشق(درماهور) بیداد (دستگاه همایون) بر آستان جانان (در شور و بیات ترک)، نوا (مرکب خوانی در دستگاه نوا) ، دستان (در دستگاه چهار گاه) و نیز اجرای کنسرت‌های برون مرزی به همراه شجریان در کشورهای اروپایی که تا سال 1366 به طول انجامید.
از سال 67 مشکاتیان همکاری خود با خوانندگان دیگری را هم در دستور کار خود قرار می‌دهد که شهرام ناظری (آلبوم لاله بهار)، علی جهاندار (آلبوم صبح مشتاقان)، علیرضا افتخاری (مقام صبر)، ایرج بسطامی (موسم گل، افشاری مرکب، مژده بهار،وطن من)، علی رستمیان و حمید رضا نوربخش (کنسرت گروه عارف) از جمله آنها بوده‌اند.
مشکاتیان در فستیوال موسیقی روح زمین در لندن شرکت کرد و مقام نخست این جشنواره را به دست آورد.
برخی از کارهای مشکاتیان نیز با تنظیم چهره هایی چون محمد رضا درویشی (جان عشاق و گنبد مینا) و کامبیز روشن روان (دود عود) منتشر شدند که در هر سه این آلبوم‌ها محمد رضا شجریان آواز خواند.
برخی از مهمترین قطعات ساخته شده توسط مشکاتیان از سوی علیرضا جواهری نت نویسی وبه بازار موسیقی عرضه شد.
مشکاتیان از سال 1376 اجراهای صحنه ای و انتشار آلبوم را متوقف کرد و تا تابستان سال 84 کنسرتی در کشور اجرا نکرد. در تابستان 84 وی به فکر تجدید ساختار گروه عارف و شیدا بر‌آمد که حاصل آن اجرای کنسرتی در تالار کشور با صدای شهرام ناظری بود.
مشکاتیان علاوه بر ساز سنتور که ساز تخصصی وی است با سه تار هم آشنایی کافی دارد و همنوازی سه تار در آلبوم سر عشق را خود وی انجام داده است.
خانه موسیقی در هشتمین سالگرد خود مراسمی در تالار کشور برگزار کرد و از مقام هنری این هنرمند نامی تجلیل به عمل آورد.
این هنرمند نامی کشورمان، 29 شهریور 88 دارفانی را وداع گفت.