مراسم تشییع پیکر او از مقابل خانه شاعران ایران (خیابان شهید کلاهدوز ؛ نبش خیابان شهید نعمتی) آغاز و به بهشت زهرا (س) ختم می‌شود.
پیشنهادهایی برای تشییع پیکر قیصر امین‌پور از مقابل دانشگاه تهران، تالار وحدت، خانه هنرمندان و دفن در قطعه هنرمندان بهشت زهرا (س) در کنار سیدحسن حسینی مطرح شد اما سهیل محمودی، شاعر، می‌گوید: «تصمیم نهایی درباره مکان تدفین او را خانواده‌اش اعلام خواهند کرد.»
گروه ادبیات فارسی دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران روز چهارشنبه، نهم آبان ماه به‌خاطر درگذشت قیصر امین‌پور تعطیل است.[خبر درگذشت امین‌پور...]
عبدالجبار کاکایی، شاعر، در یادداشتی که در اختیار خبرگزاری دانشجویان ایران گذاشته، می‌گوید: «قیصر امین‌پور بسیار بزرگ‌تر از کتاب‌هایش بود. قیصر معلم مهربانی و مدارا همه را تنها گذاشت. فرصت دوستی با او تمام شد. پرده تبسم معصومانه‌اش را جمع کردند.»
او ادامه می‌دهد: «مرگ دیرزمانی بود از بردن او چشم پوشیده بود، به‌خاطر دل بزرگش، روح سپیدش. مرگ با هیچ‌کس این همه مدارا نکرد بود و قیصر استثنا بود؛ کسی که دشمنانش هم دوستش داشتند و دوستانش... در حیاط بیمارستان دی گرد آمدند. غمگین‌ترین سه‌شنبه من بود. لعنت خدا به این سه‌شنبه‌ها!»
محمدعلی بهمنی، شاعر، هم به ایسنا می‌گوید: «قیصر امین‌پور جایگاه خود را در ذهن و زبان و قلب تمام دوستدارانش که اندک هم نیستند، تثبیت کرد. قبل از این‌که به جایگاه قیصر فکر کنیم، باید به خود قیصر امین‌پور بیاندیشیم، که این فرد چقدر در قلب و دل دوستداران خود توانست جایگاه والایی داشته باشد و ذهن و زبان و قلب مخاطب را از آن خود کند.»
قیصر امین‌پور حوالی ساعت 3 بامداد روز سه‌شنبه هشتم آبان‌ماه در سن 48 سالگی بر اثر ایست قلبی در بیمارستان دی تهران از دنیا رفت