وظیفه این سازمان در زمان تاسيس، برنامه‌ریزی و نظارت توسعه‌ای و راهبردی نظام اقتصادی و اجتماعی کشور بود و تا سال 1379 به كار خود ادامه داد اما در دولت نهم و در ۱۷ تیر ۱۳۷۹ با سازمان امور اداری و استخدامی کشور ادغام و سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور را تشکیل دادند.
سازمان جدید نیز در ۱۸ تیر ۱۳۸۶ با ادغام با چند معاونت ریاست‌جمهوری، به دو معاونت رئیس‌جمهوري يعني معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی و معاونت توسعه مدیریت و سرمایه انسانی تبديل شدند.
در ۴ مرداد ۱۳۹۵ و در دولت يازدهم، سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور مجدداً به دو سازمان برنامه و بودجه و سازمان امور استخدامی تجزیه گردید.
سازمان برنامه و بودجه يکى از عمده‌ترين ارکان اقتصادى اجتماعى و فرهنگى كشور است و به عنوان يکى از معاونت‌هاى رياست جمهورى اسلامى ايران انجام وظيفه مى‌کند.
- وظايف اين سازمان عبارتند از:
۱. انجام مطالعات و بررسى‌هاى اقتصادى و اجتماعى و پيش‌بينى منابع کشور به منظور تهيه و تنظيم سياست‌ها و برنامه‌هاى بلندمدت، ميان‌مدت و کوتاه‌مدت و همچنين بودجه‌هاى سالانه
۲. مطالعه و بررسى و انجام امور مربوط به برنامهريزى در چارچوب نظام برنامهريزى کشور
۳. پيشنهاد خط مشى‌ها و سياست‌هاى مربوط به بودجهٔ کل کشور به شوراى اقتصاد
۴. تخصيص منابع کشور براى فعاليت‌هاى جارى و عمليات عمرانى در چارچوب برنامه‌ها و سياست‌هاى توسعهٔ کشور
۵. تهيه و تنظيم بودجهٔ کل کشور با همکارى دستگاههاى ذيربط
۶. نظارت مستمر بر اجراى برنامه‌ها و پيشرفت سالانهٔ آنها
۷. تعيين ضوابط اقتصادي، اجتماعي، فني، و مالى به منظور ارزيابى فعاليت‌هاى انجام شده در دستگاههاى اجرايى
۸. ارزشيابى کارآيى و عملکرد دستگاههاى اجرايى کشور و گزارش آن به رئيس جمهورى
۹. تشخيص صلاحيت و طبقه‌بندى مهندسان مشاور و پيمانکاران و ارزيابى مداوم فعاليت‌هاى آنها
۱۰. تعيين معيارها و ضوابط و تنظيم اصول کلى و شرايط عمومى قراردادهاى مربوط به طرح‌هاى عمرانى
۱۱. تعيين و مشخص کردن وام‌ها و اعتبارات خارجى مورد نياز براى برنامه‌ها و طرح‌ها (مادۀ ۲۵ قانون برنامه و بودجه)
۱۲. اتخاذ روش مناسب براى اخذ گزارش از کليه دستگاه‌ها به منظور تهيه و ارائه گزارش‌هاى جامع عملکرد هر دوره از برنامه و انتشار اين گزارش‌ها براى اطلاع عموم
۱۳. تخصيص اعتبارات براى طرح‌ها و فعاليت‌ها براساس گزارش‌هاى ارزشيابى و نظارت
۱۴. بررسى و اظهارنظر دربارۀ گزارش‌ها و مسائلى که بايد در شوراى اقتصاد مطرح شود.
۱۵. انجام امور دبيرخانهٔ شوراى عالى انفورماتيک
۱۶. فراهم آوردن امکانات و تأمين آمارهاى مورد نياز و ايجاد هماهنگى در زمينهٔ فعاليت‌هاى اطلاعاتى و آمارى کشور
۱۷. کاربرد اطلاعات به دست آمده از ماهواره‌هاى منابع زمينى در مطالعه و بررسى و برنامهريزى
۱۸. نظارت بر انجام امور نقشه‌بردارى زمينى و هوايى در چارچوب قانون سازمان نقشه‌بردارى در حدود وظايف مربوط
۱۹. نظارت بر انجام امور مربوط به پژوهش در امر برنامهريزى و توسعه در قالب اساسنامهٔ مؤسسهٔ عالى پژوهش در برنامهريزى و توسعه