بدین ترتیب اندیشه تاسیس یک شرکت مستقل کشتیرانی در محافل بانکی و بازرگانی کشور قوت گرفت. برخی از مسئولان را به مطالعه و بررسی طرح تاسیس نخستین و بزرگترین شرکت کشتیرانی ایرانی واداشت.
به ویژه اینکه نیاز به یک حمل و نقل دریایی منظم و ملاحظاتی چون موقعیت جغرافیایی خاص ایران، داشتن مرزهای طولانی آبی دسترسی به آبهای گرم و حساسیت حیاتی حمل و نقل کالا از طریق دریا نیز بر اهمیت این موضع می‌افزود. بر این اساس مطالعاتی از سوی سیستم بانکی و سازمان برنامه و بودجه در این زمینه انجام شد.
نتیجه این مطالعات که از سال ١٣٤٠ آغاز شده بود, در اولین اجلاس مجمع عمومی موسسین در مرداد ١٣٤٦ تصویب و شرکتی با نام شرکت کشتیرانی ملی آریا فعالیت خود را از همان زمان آغاز به کار کرد.
فعالیت کشتیرانی آریا درسال ١٣٤٧ با دو فروند کشتی کوچک با ظرفیت‌های هزار و یک هزار و 550 تن درحوزه خلیج فارس و ٤ فروند کشتی اقیانوس پیما با نام‌های آریاسپ، آریافر، آریاناز و آریاگام با ظرفیت ٦١ هزار و ٢٥٢ تن در مسیر خلیج فارس – اروپا، خلیج فارس – آسیا و خلیج فارس آمریکا و بالعکس شروع شد.
صرفنظر از وضعیت مالی شرکت که پس از پیروزی انقلاب اسلامی در بهمن ماه 1357 مورد بررسی قرار گرفت، تا پایان سال ١٣٥٦ تعداد کشتی‌های ناوگان آریا به ٤٢ فروند و به ظرفیت کل ٥٢٥ هزار‌تن افزایش یافت که نشان دهنده افزایش حجم حمل و نقل دریایی توسط شرکت خطوط کشتیرانی آریا و نقش موثر آن در اقتصاد کشور بوده است.
با پیروزی انقلاب اسلامی ایران و تغییر ساختار اقتصادی و سیاسی کشور در 15 دی ماه ١٣٥٨، خطوط کشتیرانی آریا به کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران (سهامی عام) تغییر نام یافت و به‌عنوان یکی از شرکت‌های وابسته به وزارت بازرگانی به فعالیت تجاری خود ادامه داد.
در آغاز جنگ تحمیلی و محاصره اقتصادی کشور حدود ١٦ فروند از ناوگان این شرکت از قبیل آریابوم، آریا‌جهان، آریا‌شاد و آریا‌امید مورد اصابت دشمن قرارگرفت و خسارات عمده‌ای به ناوگان ملی کشور وارد شد.
هم اکنون کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران، دارای ١١٥ فروند کشتی با ظرفیت بالغ بر 3.3 میلیون DWT (واحد اندازه گیری ظرفیت یک کشتی) است که با بهره گیری از 6 هزار نفر کادر دریایی مجرب و هزار نفر پرسنل کارآمد در‌بخش خشکی موجبات حمل بیش از ٢٢ میلیون تن کالا در سال را فراهم کرده است.
کشتیرانی ایران و هند، کشتیرانی والفجر، موسسه آموزشی کشتیرانی، خدمات ماشینی کشتیرانی، کشتیرانی دریای خزر، کشتیرانی جنوب - خط ایران، کشتیرانی ایران و مصر و نیر شرکت اوسیس فریت، ایرینوست شیپ، خدمات دریایی و مهندسی کشتیرانی، ایرایتال، شرکت حمل و نقل ریلی و موسسه خدمات رفاهی کشتیرانی شرکت‌های زیر نظر کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران هستند.
در ضمن سازمان بازنشستگی کشوری و سازمان تامین اجتماعی از جمله سهامداران کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران هستند.
