در پي فرمان حضرت آيت‌الله خامنه‌اي، رهبر انقلاب اسلامي در تيرماه سال 1381، اين ستاد تاسيس شد.
ابتدا محل اين ستاد در وزارت كشور بود اما در سال 1383 به عنوان يك نهاد مستقل به زير مجموعه نهاد رياست جمهوري افزده شد.
محمد باقر قاليباف، محمدرضا نقدي، غلامحسين الهام، سعيد مرتضوي، فداحسين ملكي و حبيب‌الله حقيقي تاكنون عهده‌دار رياست اين ستاد بوده‌اند.
حسن روحاني، رئيس‌جمهوري اسلامي ايران در دوم اسفند سال 96 علي مويدي خرم‌آبادي را به رياست اين ستاد برگزيد.