دوران ابتدایی را در اصفهان به تحصیل مشغول شد و در تمام سال‌های ابتدایی شاگرد اول بود، اما زمانی که پدرش به دلیل بیماری لاعلاجی دچار شد، به دلیل فقر مالی در ۱۲ سالگی از تحصیل دست شست و به کار پادویی در بازار اصفهان پرداخت.
پس از چند سال کار در بازار، شاگرد یک مغازه خرازی فروشی در چهار باغ اصفهان شد و این نقطه عطفی در زندگی‌اش به حساب آمد. از این زمان ضمن کار در مغازه با شرکت در کلاس‌های شبانه در هیجده سالگی، سیکل اول دبیرستان را به پایان برد و وارد کار معلمی شد.
پنج سال در روستاها و دهات استان اصفهان به شغل معلمی سرگرم بود. در این ایام به دلیل روح حقیقت جویش مدام با برخی مدیرانی که در پی سوء استفاده‌های مالی از دانش آموزان روستایی بودند درگیر می‌شد و همین امر سبب شد در این مدت به چند روستا انتقالش دهند که ْآخرینش روستای دولت آباد بود.
در این جا بود که بار دیگر شروع کرد به درس خواندن کرد. می‌خواست دیپلم ریاضی بگیرد اما لازمه‌اش این بود که به طور مرتب کلاس برود و او نمی‌توانست. ناچار به فکر دیپلم ادبی افتاد چون نیاز به حضور مرتب در کلاس نداشت و می‌توانست درس‌ها را پیش خودش بخواند و امتحان بدهد.
باطنی دیپلم ادبی‌اش را در تابستان ۱۳۳۶ گرفت، زمانی که بیست و سه ساله بود. بعد از آن برای رفتن به سربازی عازم تهران می‌شود اما اتفاقی تصادفی وی را از سربازی معاف می‌کند. بعد از آن وی در رشته اقتصاد دانشگاه حقوق قبول می‌شود اما به دلیل تنگنای مالی بعد از چند ماه به رغم آنکه در امتحان ورودی آن جا هم پذیرفته شده بود ترجیح داد با دریافت کمک هزینهً تحصیلی (ماهی ۱۵۰ تومان) در رشتهً زبان و ادبیات انگلیسی به تحصیل ادامه دهد.
در آن زمان شاگردان اول رشته های مختلف دانشگاهی را برای ادامهً تحصیل به خارج اعزام می‌کردند و او آن طور که خود می‌گوید به رغم آنکه در هیچ یک از سه سال شاگرد اول نشده بود، اما برآیند معدل سه ساله وی در بالاترین مرتبه قرار داشت و بدین ترتیب باطنی شاگرد اول شد.
در سال ۱۳۳۹ به استخدام دانشسرای عالی درآمد و در سال ۱۳۴۰ به انگلستان اعزام شد. دانشگاه لیدز او را به طور مشروط پذیرفت چون لیسانس زبان انگلیسی را از دانشگاه‌های ایران قبول نداشتند. اما در لیدز درجه ممتاز آورد و فوق لیسانس‌اش را همان جا گذراند. سپس از لیدز به لندن رفت چون می‌خواست با مایکل هالیدی که بزرگترین استاد زبانشناسی آن روز انگلستان بود کارکند.
دو سال با هالیدی کار کرد اما نتوانست رساله‌اش را به پایان برساند، حدودهشت ماه برایش وقت باقی مانده بود که از سفارت خواست بورس‌اش را تمدید کنند که به دلیل برخی گزارش‌ها از فعالیت‌های ضد رژیمش دولت وقت این کار را انجام نمی‌دهد و وی به تهران می‌آید و در همان فرودگاه بازداشت و تحت بازجویی قرار می‌گیرد. یکی از اتهاماتش این بود که در ماجرای ترور شاه در کاخ مرمر دست داشته است.
چندی بعد همان رساله‌ای را که قرار بود در لندن از آن دفاع کند، با جرح و تعدیل‌هایی به فارسی برگرداند و با عنوان «توصیف ساختمان دستوری زبان فارسی» در دورهً تازه تأسیس دکترای زبانشناسی دانشگاه تهران از آن دفاع کرد و دکترایش را گرفت.
از این رو بهتر دید خود را به دانشگاه تهران که تازه رشتهً زبان شناسی دایر کرده بود منتقل کند. در این زمان دکتر محمد مقدم رئیس دپارتمان زبان شناسی دانشگاه بود و هم او بود که زمینه انتقال محمدرضا باطنی را به دانشگاه تهران فراهم کرد. از همان روز اول که پا در دانشگاه تهران رشته زبان شناسی گذاشت، متوجه شد، تقریبا هیچ کس نمی‌داند زبان شناسی یعنی چه. همه فکر می‌کردند زبان شناس کسی است که چندین زبان خارجی می‌داند، یا دربارهً ریشهً لغات اطلاعات وسیعی دارد. افراد دانشگاهی ایران هم از زبان شناسی تصور فیلولوژی یا فقه اللغه داشتند.
باطنی برای زدودن چنین تصویر اشتباهی تلاش‌های فراوانی صورت داد و از همان ابتدا اولین مقاله را با این عنوان نوشت که «زبان شناسی چیست؟». از آن پس مقاله‌های بسیاری نوشت و کتاب های متعددی در زمینه زبان شناسی از او به چاپ رسید که پاره‌ای از آن‌ها بارها و بارها تجدید چاپ شده است.
دکتر باطنی در زمان ریاست عالیخانی بر دانشگاه تهران یک سال به عنوان مأمور خدمت، ریاست اداره آموزش دانشسرای عالی را بر عهده گرفت و به وضعیت آن جا سر و سامانی داد. در آن یک سال به قدری موفق بود که پس از پایان ماموریت، دکتر عالیخانی از او خواست که ریاست اداره آموزش دانشگاه تهران را برعهده گیرد. دکتر باطنی قبول این پیشنهاد را مشروط به اجرای بی چون و چرای برنامه خود و اجرای مقررات و آئین نامه آموزشی کرد.
اما بسامان کردن امور آموزش، و اجرای آیین نامه، همان گونه که دکتر باطنی پیش بینی کرده بود، سبب بروز تنش هایی در دانشگاه شد. تنش ها بالا گرفت و انعکاس آن به کنفرانس انقلاب آموزشی که هر سال با حضور شاه در رامسر برگزار می شد، رسید. پس از کنفرانس رامسر، عالیخانی را از ریاست دانشگاه تهران برداشتند و آنطور که دکتر باطنی می‌گوید همه چیز به سرجای اولش برگشت و از کوشش های یک ساله او برای بسامان کردن وضعیت دانشگاه و اجرای آئین نامه چیزی برجا نماند.
باطنی به تدریس برگشت اما ساواک دیگر چنین استادانی را در محیط دانشگاه تحمل نمی‌کرد. حسین کاظم زاده وزیر وقت علوم او را صدا کرد و از او خواست به وزارت علوم منتقل شود. به وی گفت که ساواک نسبت به او حساس شده و بهتر است چندی در دانشگاه نباشد تا آبها از آسیاب بیفتد.
با وساطت کاظم زاده یک حکم مأموریت مطالعاتی یک ساله برای فرانسه گرفت. برای سال بعد هم یک بورس تحقیقاتی فولبرایت داشت. راهی فرانسه و سپس دانشگاه برکلی در آمریکا شد.
بدین ترتیب دو سال گذشت اما هنوز اوضاع برای بازگشت به دانشگاه تهران مساعد نبود. نامه‌ای به نوأم چامسکی در ام. آی. تی در ماساچوست نوشت و ضمن تشریح وضع خود تقاضای بورس کرد. اگر چه بورسی دریافت نکرد اما توانست مدتی به عنوان استاد مهمان در ام. آی. تی بماند. اوضاع که عادی شد، به ایران و به کار تدریس در دانشگاه تهران بازگشت.
دکتر باطنی در فرصت مطالعاتی خارج از کشور به سر می‌برد که انقلاب شد. سال ۵۸ به ایران بازگشت، زمانی که ادارهً امور دانشگاه و دانشکده ها شورایی شده بود. او نیز به عنوان نمایندهً انتخابی استادان عضو شورای سرپرستی دانشکدهً ادبیات شد.
نزدیک به یک سال این وضع ادامه داشت تا آن که انقلاب فرهنگی شد. باطنی سپس به ترجمه روی آورد که کتاب فلسفه بوخنسکی یادگار این دوران است.
از اواسط دهه شصت از سوی انتشارات فرهنگ معاصر برای راه اندازی ومدیریت واحد پژوهش این انتشاراتی سرگرم کار شد که تا به امروز هم این همکاری ادامه دارد که حاصل آن انتشار عناوین مهمی در فرهنگ‌های دو زبانه است که آخرین آن فرهنگ پویا و فرهنگ افعال گروهی است. [فرهنگ پویای دکتر باطنی دربازار کتاب]
دکتر باطنی علاوه بر تدریس و تحقیق در رشته زبانشناسی کار با مطبوعات و نوشتن مقاله‌هایی در زمینه‌های مختلف اجتماعی و فرهنگی را هم پی گرفته است.
آثار دکتر باطنی عبارتند از :
تألیف در زمینۀ زبان شناسی
۱ - توصیف ساختمان دستوری زبان فارسی، انتشارات امیرکبیر
۲ - مسائل زبان شناسی نوین، انتشارات آگاه
۳ - نگاهی تازه به دستور زبان، انتشارات آگاه
۴ - چهار گفتار دربارۀ زبان، انتشارات آگاه
۵ - دربارۀ زبان، انتشارات آگاه
۶- زبان و تفکر، فرهنگ معاصر
۷ - پیرامون زبان و زبان شناسی، فرهنگ معاصر
ترجمه در زمینۀ زبان شناسی
۸ - زبان و زبان شناسی، رابرت هال، انتشارات امیرکبیر
۹ - زبان شناسی جدید، مانفرد بی یرویش، انتشارات آگاه
ترجمه‌های غیر زبان شناسی
۱۰- درآمدی بر فلسفه، بوخینسکی، انتشارات البرز
۱۱ - انسان به روایت زیست شناسی، آنتونی بارنت، با خانم نفرآبادی، نشر نو
۱۲- دانشنامۀ مصور، انتشارات آگاه
۱۳ - ساخت و کار ذهن، بلیک مور، فرهنگ معاصر
۱۴- خواب، یان اوزوالد، فرهنگ معاصر
۱۵ - مغز و رفتار، فرانک کمپ بل، فرهنگ معاصر
فرهنگ‌ها
۱۶ - فرهنگ انگلیسی – فارسی با دستیاری فاطمه آذرمهر، فرهنگ معاصر (ویراست اول)
۱۷ - فرهنگ معاصر انگلیسی – فارسی با دستیاری فاطمه آذرمهر، مهران مهاجر، محمد نبوی، فرهنگ معاصر (ویراست دوم)
۱۸ - فرهنگ دوجلدی انگلیسی- فارسی پویا، با دستیاری زهرا احمدی نیا، فاطمه محمدی، سپیده رضوی، فرهنگ معاصر (ویراست سوم) [فرهنگ پویا؛ دکتر باطنی زبانشناس و فرهنگ‌نویس]
۱۹ – فرهنگ فعل های گروهی پویا (phrasal verbs) انگلیسی – فارسی با دستیاری سپیده رضوی، زهرا احمدی نیا، روزبه افتخاری، فرهنگ معاصر
۲۰ - واژه نامه روان شناسی با دکتر محمد نقی براهنی و دیگران، فرهنگ معاصر.
*آخرین بروزرسانی ۱۳ اسفند ۱۴۰۰