ملکیان تحصیل در رشته مهندسی مکانیک را در دانشگاه تبریز به سال ۱۳۵۲ آغاز کرد، اما دغدغه‌های فلسفی و کلامی وی را رها نکرد و سبب شد تا وی رشته فنی را رها و به سراغ فلسفه برود. او تحصیل در حوزه و دانشگاه را هم‌زمان پی گرفت.
ملکیان در سال ۱۳۶۵ در رشته فلسفه موفق به اخذ مدرک لیسانس شد و با اینکه تنها یک گام تا دفاع از پایان نامه کارشناسی ارشد فلسفه اسلامی دانشگاه تهران فاصله داشت از ادامه تحصیل انصراف داد. سپس به قم رفت و سالیانی نیز به تحصیل در حوزه علمیه قم پرداخت. وی از شاگردان موسسه امام خمینی(ره) بود که زیر نظر آیت‌الله محمد تقی مصباح یزدی اداره می‌شود و مدتی هم در این موسسه به تدریس پرداخت. ویرایش کتاب «جامعه و تاریخ» آیت‌الله مصباح یزدی از نتایج این همکاری است.
مدتی بعد به تهران عزیمت کرد. در قم از محضر بزرگانی چون آیت‌الله جوادی آملی، انصاری شیرازی و بهاءالدینی بهره برد.
وی اکنون به تدریس فلسفه در مراکز پژوهشی قم از جمله دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم و دانشگاه‌هایِ تهران اشتغال دارد و تابه‌حال چندین پایان نامه دانشگاهی با هدایت و مشاوره او به سرانجام رسیده است. روش وی در طرح مسائل فلسفی، تحلیلی و در محتوا وجودگرایانه است.
اما آنچه که در چند سال اخیر به وجه ممیزه ملکیان از دیگر روشنفکران و اهل اندیشه تبدیل شده است، پی‌گیری مباحث معنوی در حوزه اخلاق و دین است که برخی از دیدگاه‌هایش را در کتاب‌هایی چون معرفت و معنویت و یا راهی به رهایی و مهر ماندگار می‌توان جست و جو کرد.
به گفته ملکیان روشنفکران باید به تقلیل مرارت و تقریر حقیقت سرگرم باشند وگفته‌ای معروف دارد که "من نه دل نگران سنّتم، نه دل نگران تجدّد، نه دل نگران تمدّن، نه دل نگران فرهنگ و نه دل نگران هیچ امر انتزاعی از این قبیل. من دل نگران انسان‌های گوشت و خون داری هستم که می‌آیند، رنج می‌برند و می‌روند. "
سعی کنیم که اولاَ: انسان‌ها هرچه بیشتر با حقیقت مواجهه یابند، به حقایق هرچه بیشتری دست یابند؛ ثانیاَ هرچه کمتر درد بکشند و رنج ببرند و ثالثاَ هرچه بیشتر به نیکی و نیکوکاری بگرایند و برای تحقّق این سه هدف از هرچه سودمند می‌تواند بود بهره‌مند گردند، از دین گرفته تا علم، فلسفه، هنر، ادبیات و همه دستاوردهای بشری دیگر.»
راهی به رهایی، مشتاقی و مهجوری، مهر ماندگار، سیری در سپهر جان از جمله کتاب‌های ملکیان است که عمدتا از سوی انتشارات نگاه معاصر به بازار کتاب عرضه شده است.
دو ترجمه نگریستن از ناکجا به هرکجا و زندگی گابریل مارسل هم از جمله آثاری است که وی برگردان فارسی کرده است.
نگارش مقدمه‌های عالمانه بر برخی کتاب‌های حوزه کلام و اخلاق از دیگر فعالیت‌های فکری مصطفی ملکیان به شمار می‌رود.
ملکیان سخنرانی‌های متعددی در زمینه‌های گوناگون فکری و فرهنگی ایراد کرده است که برخی ازآنها به صورت کتاب هم انتشار یافته‌اند.
ازجمله این آثار مجموعه‌ای چهار جلدی تاریخ فلسفه است که وی در کلاس‌های دانشگاهی بیان کرد و به صورت جزوه‌ای در شمارگانی محدود انتشار یافت که بعدها با مخالفت ملکیان جمع آوری شد. وی هم اینک سرگرم تکمیل این مجموعه و افزودن منابع و استنادات علمی به آن است.
*آخرین بروزرسانی ۱۳ اسفند ۱۴۰۰