این شورا به عنوان نهاد فرابخشی سیاستگذار علوم، تحقیقات و فناوری کشور، بر اساس ماده 99 قانون برنامه سوم توسعه و مواد 3 و 4 قانون تشکیل وزارت علوم، تحقیقات و فناوری (مصوب مرداد 1383) تشکیل شده است و اولین جلسه خود را در 13 اسفند سال 1383 به ریاست رئیس جمهوری وقت تشکیل داد.
در این شورا 7 وزیر، روسای سازمان مدیریت و برنامه ریزی، بانک مرکزی، فرهنگستان علوم، نمایندگان روسای دانشگاه‌ها، انجمن‌های علمی و تعدادی از صاحبنظران بخش‌های تولیدی و خدماتی دولتی و خصوصی عضویت دارند و انجام وظایف دبیرخانه‌ای این شورا طبق قانون به وزارت علوم محول شده است.
کمیسیون دائمی شورای عالی بر اساس ماده 9 آیین نامه داخلی شورای مزبور و به منظور استمرار و سرعت بخشیدن به فرایند تصمیم گیری و کارشناسی اولیه دستور کارهای شورای عالی تشکیل شده است.
وظایف و اختیارات کمیسیون دایمی طبق ماده 10 آیین نامه داخلی شورای عالی عبارت است از: تصمیم گیری، بررسی و اظهار نظر در مواردی که از طرف شورای عالی تفویض اختیار و یا ارجاع می شود.
دومین جلسه شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری و اولین جلسه این شورا در دولت نهم 3 اردیبهشت سال 1385 برگزار شد.
این شورا مصوبات لازم در مورد تحقیقات و فناوری، آموزش عالی و مکانیزم‌های اجتماعی جهت هماهنگی و نظارت بین دستگاه‌ها و اعتبارات تحقیقاتی را تعیین می‌کند.
سومین جلسه شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری در 19 مهرماه 1385 برگزار و در آن مقرر شد دستگاه‌های اجرایی بخشی از اعتبارات خود را برای اجرای تحقیقات دانشگاهی اختصاص دهند.
بر اساس مصوبات این جلسه، شرکت‌های دولتی از این پس باید بخشی از اعتبارات تحقیقاتی خود را از طریق دانشگاه‌ها هزینه کنند.
در این جلسه در حدود 11 کمیسیون تخصصی انرژی، فرهنگ و هنر، علوم انسانی، علوم پایه، کشاورزی، آب و منابع طبیعی، کمیسیون سلامت، تغذیه و بهداشت برای شورای عالی در نظر گرفته و مصوب شد.
در ساختار تشکیلاتی شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری، شوراهای تخصصی انرژی، عمران، حمل و نقل، کشاورزی و آب، صنایع و معادن، دفاع و امنیت و سیاست خارجی، هنر، فرهنگ و اجتماعی، اقتصاد بازرگانی و بهداشت و سلامت طراحی شدند و هر یک از این شوراها اعضایی از وزارتخانه های مرتبط داشتند.
دبیرخانه شورای عالی علوم تحقیقات و فناوری نیز در معاونت پژوهشی وزارت علوم با تشکیل کمیسیون‌های دائمی شورا و جلساتی با حضور معاونین آموزشی و پژوهشی وزارتخانه‌های مختلف بر فعال نگاه داشتن شورای عتف تلاش می‌کند.