اما پس از چندی بر اثر تحولات بعدی فعالیت آن عملا متوقف شد.
از طرف شخصیت‌های مختلف اقدامات همه‌جانبه‌ای برای تأسیس دانشگاه شکل گرفت و بلافاصله در دی ماه همان سال دکتر مصطفی حبیبی و دکتر خانبابا بیانی از دانشگاه تهران مأموریت یافتند برای تأسیس دوباره دانشگاه در تبریز، به این شهر عزیمت کنند.
این هیأت پس از تأئید لزوم تأسیس دانشگاه و پیگیری استاندار وقت و مردم آذربایجان، ۶ میلیون ریال بودجه برای تأسیس دانشگاه تصویب شد. اما باز هم تغییرات هیأت دولت این اقدامات را مسکوت گذاشت تا اینکه با پافشاری دوباره سرانجام دکتر بیاتی به ریاست دانشکده‌های ادبیات و پزشکی کار آموزش خود را شروع کردند.
تا تیرماه ۱۳۲۸ ساختمان‌های دانشگاه به شکل استیجاری در سطح شهر پراکنده شده بود ولی به علت نیاز به تمرکز دانشگاه و توسعه آن در تیرماه همان سال در زمینی به مساحت ۲۴۷ هزار متر مربع کلنگ بنای دانشگاه به دست دکتر زنگنه، وزیر فرهنگ وقت به زمین زده شد.
بلافاصله ۵ میلیون اعتبار برای شروع آن از طرف دولت تصویب شد وکارهای ساختمانی آغاز شد.
اما بدلیل رسیدن فصل سرما، عملیات اجرائی نیمه کاره ماند تا اینکه در اردیبهشت ماه ۱۳۲۹ با آغاز فصل کار عملیات اجرائی هماهنگ با ساختمان بیمارستان ۱۵۰ تخت خوابی شروع به فعالیت نمود و ۱۵ سال بعد دانشکده‌های پزشکی و کشاورزی و سپس سایر دانشکده‌ها به این محل نقل مکان کردند.
این دانشگاه در وادی امر با دو دانشکده ادبیات و پزشکی شروع به کار نمود و با گذشت زمان دانشکده‌ها، آزمایشگاه‌ها، کارگاه‌ها، آموزشکده‌های آن یکی پس از دیگری تأسیس می شدند و تبریز آهسته آهسته به جایگاه واقعی خود نزدیک می‌شد.
همچنین علاوه بر دانشگاه تبریز که بعدها به دو دانشگاه یعنی تبریز و علوم پزشکی تبریز تقسیم شد دانشگاه هنر اسلامی، تربیت معلم آذربایجان، صنعتی سهند، آزاد اسلامی و سایر دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی نیز تأسیس شدند تا آذربایجان را بعنوان دومین شهر بزرگ دانشگاهی کشور پس از تهران و بزرگترین قطب علمی شمالغرب کشور مطرح سازند.
این دانشگاه با بیش از ۱۱ هزار دانشجو و حدود ۵۰۰ نفر هیأت علمی ۲۰۰ آزمایشگاه تخصصی و عمومی که برخی در دنیا و برخی خاورمیانه منحصر به فرد هستند، موزه تاریخ و فرهنگ، حوزه جانورشناسی، حوزه زمین شناسی، مرکز پردازش تصاویر ماهواره‌ای و مراکز و موسسات تحقیقاتی و پژوهشی بزرگ، پتانسیل بسیار بزرگی را در کشور فراهم نموده تا در راستای اهداف والای جمهوری اسلامی به کار گرفته شود.