این مرکز آموزش عالی در سال 1371 از دانشگاه تبریز منتزع و مدتی به صورت مجتمع آموزش عالی به فعالیت خود ادامه داد و در سال 1375 با تبدیل آن به دانشگاه تحت عنوان دانشگاه محقق اردبیلی موافقت به عمل آمد.
با این حال، تا سال 1378 در ساختار تشکیلاتی این دانشگاه فقط 6 گروه آموزشی مصوب تحت عناوین زراعت و اصلاح نباتات، ماشین آلات کشاورزی، امور دامی، عمران، معماری و معارف اسلامی وجود داشت و هیج دانشکده ای در ساختار سازمانی دانشگاه پیش بینی نشده بود.
پس از اخذ مجوز قطعی از شورای گسترش آموزش عالی برای تاسیس دانشکده علوم (در سال 1376)، دانشکده کشاورزی (در سال 1377)، دانشکده فنی (در سال 1378) آموزشکده کشاورزی مغان (در سال 1378) و موافقت اصولی برای تاسیس دانشکده ادبیات و علوم انسانی (در سال 1378)، با پی گیری مسئولین دانشگاه ساختار دانشگاه محقق اردبیلی توسعه پیدا نمود.
نمودار سازمانی جدید با لحاظ دانشکده ها و همچنین افزایش تعداد معاونت ها و مدیریت ها و گروههای آموزشی در تاریخ 9/11/1378 ابلاغ گردید.
این دانشگاه در مرکز استان (شهر اردبیل) واقع شده و به عنوان تنها دانشگاه جامع دولتی استان محسوب می‌گردد.
در سال تحصیلی 88 - 87 این دانشگاه در 87 رشته فعال بوده که از این تعداد 2 رشته در مقطع دکتری، 37 رشته در مقطع کارشناسی ارشد، 37 رشته در مقطع کارشناسی یا کارشناسی ناپیوسته و 11 رشته در مقطع کاردانی و با تعداد پنج دانشکده، یک آموزشکده در سه شهر اردبیل، نمین و مغان بیش از پیش در جهت گسترش فعالیتهای آموزشی و پژوهشی گام بر می‌دارد.
