وی در جوانی به ارتش سودان پیوست و به مدرسه‌ای نظامی در قاهره رفت. او سریعا مدارج ترقی در ارتش را طی کرد و از سربازان چترباز شد.
بعدها و در جریان جنگ با صهیونیست‌ها در سال ۱۹۷۳ او به ارتش مصر پیوست. پس از بازگشت به سودان او به یکی از مقامات ارتشی در نیمهٔ جنوبی کشور منصوب شد و مسئول عملیات نظامی علیه ارتش آزادی بخش خلق سودان شد.
البشیر در سال ۱۹۸۹ در زمانی که یک سرهنگ ارتش سودان بود رهبری کودتای بدون خونریزی را برعهده گرفت و موفق به برکناری صادق المهدی نخست وزیر منتخب وقت شد و به قدرت رسید.
پس از به قدرت رسیدن خود را به عنوان رئیس «شورای فرمان انقلابی برای رهایی ملی» منصوب کرد.
این شوراً نهادی بود که او تأسیس کرده بود و تمام قدرت قانون‌گذاری و اجرایی در سراسر کشور را در اختیار داشت.
او سمت‌های ریاست جمهوری، نخست وزیری، فرماندهٔ نیروهای مسلح و وزارت دفاع سودان را شخصا در اختیار داشت.
البشیر در سال ۲۰۰۴ با امضای موافقت نامه‌ای به جنگ داخلی بین جنوب و شمال سودان پایان داد و به خاطر نقشش در نزاع دارفور مورد انتقاد قرار گرفت.
دیوان بین‌المللی کیفری مستقر در لاهه در ۴ فوریه سال ۲۰۰۹ حکم بازداشت عمر البشیر را به اتهام ارتکاب «جنایات جنگی و جنایت علیه بشریت» در دارفور، صادر کرد.
این نخستین بار بود که دادگاه رسیدگی به جرائم جنگی حکم بازداشت رهبری را که هنوز در راس کار است، صادر می‌کرد.
عمر البشیر در سال ۲۰۱۰ با پیروزی در نخستین انتخابات چند حزبی سودان طی ۲۴ سال گذشته در مقام خود به‌عنوان رئیس‌جمهوری کشور سودان ابقا شد.