زلایا از 27 ژانویه 2006 تا 28 ژوئن 2009 مقام ریاست جمهوری هندوراس را عهده دار بود.
او پسر یک تاجر ثروتمند بود که به رغم به پایان تحصیلات متوسطه تحصیلات خود در کالج را نیمه تمام گذاشت.زلایا در مزرعه خود به درخت بری و و تجارت چوب والوار مشغول بود.
مانوئل زلایا در سال ۲۰۰۵ میلادی در انتخابات ریاست جمهوری با اختلاف اندکی پیروز شد. قول او برای دوبرابر کردن تعداد پلیس‌ها و مبارزه با گروه های تبهکاری و رواج چنین گروه‌هایی در کشور، باعث محبوبیت او شد.
همچنین تمایل او به گرایش چپ سیاسی باعث شد تا او از آمریکا برای بی توجهی‌اش به فقر در هندوراس و کمک نکردن به این کشور، انتقاد کند.
سلایا در اوخر دوران زمامداری خود بر هندوراس، قصد داشت با برگزاری همه‌پرسی، قانون اساسی کشورش را اصلاح کند تا بتواند برای دوره‌ای دیگر در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند.
اما واحدهای زرهی ارتش هندوارس صبح روز یک‌شنبه 28 ژوئن 2009 ساعاتی پیش از شروع رای‌گیری‌ها، با حمله به محل سکونت رئیس‌جمهوری در تگوسیگالپا، او را دستگیر و از کشور تبعید کردند.
متعاقب خروج وی از کشور میچلتی رئیس سابق پارلمان هندوراس که از سوی کودتاچیان حمایت می‌شد در مقام رئیس جمهوری هندوراس سوگند خورد
